在日常農業生產中，枯草芽孢桿菌主要用於防治植物的真菌性病害，對一些細菌性病害也有效果；一些菌株對導致食品腐敗及採後果實病害的細菌、黴菌和酵母菌也有一定的抑制作用。對於枯草芽孢桿菌敏感的致病菌有嫌刀菌、麴黴屬、鏈格抱屬和絲核菌屬等。

該菌用於防治豆類、麥類、棉花、花生和苗木的根部病害，蔬菜、水果上發生的細菌和真菌性病害。可防治的病害種類有：大豆根腐病，水稻紋枯病、稻瘟病，小麥赤黴病、紋枯病，棉花灰黴病、枯萎病、立枯病、霜黴病、炭疽病、疫病，菸草青枯病，茄子灰黴病，番茄灰黴病、葉黴病，黃瓜白粉病，蘋果黴心病，苗木的根腐病和枯萎病等。

枯草芽孢桿菌作為一種生物活性製劑，是透過在植物體內或表面迅速繁殖佔位，搶佔生存空間，結合繁殖時產生殺滅病菌繁殖體和及對細菌、真菌等病原體產生生長抑制的抗生素物質等，進而達到殺滅體表或體內病菌，保護農作物健壯生長的目的，當前也是農作物綠色防控技術及有機農業種植中經常使用的主要藥劑。

枯草芽孢桿菌藥劑目前以可溼性粉劑為主，兼有少量可分散油懸浮劑，水劑、懸浮劑和微囊粒劑，枯草芽孢桿菌通常以每克藥劑中含有多少個活芽孢表示其含量多少，一般活芽孢數量越多，效果越好，目前等級生產的活芽孢數量最高10000億個，最少1億個，其中以1000億個的最多。枯草芽孢桿菌使用方法多樣，即可根施，衝施，也可以噴施等，雖然枯草芽孢桿菌對多種作物的多種病害都有很好的效果，但是截止目前登記生產糧食作物有4中8個病害，蔬菜作物有5種13種病害，而經濟作物可以使用作物有8種14個病害，果實可以使用的作物有2種5種病害。其具體登記使用的作物和防治物件具體如下：

糧食作物：小麥赤黴病、全蝕病，水稻紋枯病、稻曲病、稻瘟病、白葉枯病，玉米大斑病和馬鈴薯晚疫病。

蔬菜：黃瓜白粉病、枯萎病、灰黴病、霜黴病、根腐病，大白菜軟腐病、根腫病，辣椒枯萎病，番茄灰黴病、青枯病、立枯病、黃萎病和茄子黃萎病。

果樹：柑橘潰瘍病、綠黴病、青黴病，蘋果輪紋病、白粉病。

因為不同含量、不同廠家使用時具體用量及使用方法有所不同，生產上使用枯草芽孢桿菌時應根據標籤使用說明和推薦使用方法及劑量進行使用，以確保防效，不宜超作物和超登記防治物件使用，以免出現效果不好等現象。