先來說一下尼安德特人。遠古時代，尼安德特人生活在歐亞大陸上，具備極高的技能值。約50000年前，現代人類的先祖走出非洲大草原，與尼安德特人發生小範圍的跨種族結合，至使後代的人類繼承了一部分尼安德特人的基因。

與現代人類相比，尼安德特人最大的不同就在於他們有著更加強大的大腦視覺系統，更低的社交興趣。藉助核磁共振成像技術，科學家發現，現代人中的尼安德特人基因的確參與了大腦視覺空間系統的發育。這也就是說，一個人身上的“尼安德特人”基因越多，他的視覺皮層就可能越發達，他對空間的視覺觀察能力也可能會越強。同時，這很可能也就意味著他的社交能力也越弱。

自閉症主要的典型表現包括：社交障礙、言語交流障礙和遊戲興趣缺乏，多存在刻板重複動作，並必須保持生活環境和方式的固定等。 具體來說，由於偏離社會的和社會功能的缺失，自閉症患者在交往中不能像正常人那樣按照直觀的方式去理解別人的意圖，而多表現較為自閉，脫離群體。

雖然自閉症的特質與尼安德特人的特點有一定的相似。但在華盛頓醫學院最新的一項研究中得到的結論是，目前已知的現代人類與尼安德特人最大的遺傳學差異導致人類更容易患上孤獨症，即自閉症。

孤獨症是一種遺傳性發育障礙，染色體異常被認為在其中發揮著作用。其中，人類16號染色體上16p11.2區域，與孤獨症、精神分裂等疾病密切相關。研究人員確認定位於16號染色體16p11.2上的這段結構，在約28000年前首次出現在我們祖先的基因組上。這個結構在其他靈長類動物如猩猩及我們近親尼安德特人上未曾看到。

考古研究表明，尼安德特人第一次出現在40萬年前，大約在3萬年前滅絕，所以從時間上來說，尼安德特人不可能具備自閉症基因，更不可能是尼安德特人的基因遺傳導致現代人的自閉症。