主要原因還是與汗位之爭有關。

忽必烈的父親是拖雷，爺爺是成吉思汗鐵木真。忽必烈排行老二，大哥是蒙哥、三第是旭烈兀，老四是阿里不哥。應該說，拖雷的四個兒子都很牛。成吉思汗死後，汗位由窩闊臺繼承。但是，窩闊臺資質一般，沒有安排好後事，本來是想將汗位給孫子失烈門，但是沒有紙面的東西留下。窩闊臺老婆又賊不是物，想把汗位給大兒子貴由。貴由根本就沒有當汗王的能力，把國家治理的亂七八糟。貴由死後，窩闊臺家族亂成一鍋粥，這樣黃金家族就推薦蒙哥繼承汗位，汗位就轉到了拖雷系。遺憾的是，蒙哥命短，1259年在合川東釣魚山下去世。這樣，蒙古又展開了汗位之爭！當時，最有可能當新汗位的就是忽必烈和阿里不哥。結果，哥倆就幹起來了，最後阿里不哥大敗，忽必烈繼承了汗位！

另外可能還有幾個原因：

1、忽必烈導致了蒙古帝國的分裂。

其實蒙古人恨這個忽必烈的核心原因就是因為忽必烈導致了蒙古帝國的分裂。當時拖雷死了之後，其實阿里不哥是主張讓亞歐大陸各地的成吉思汗的子孫們回來，參加這個忽裡勒臺大會，但是遭到了忽必烈的拒絕，最後的結果就是導致了蒙古帝國的分裂。

2、漢化。

忽必烈主要生活在漠南，也就是今日中國一代，所以非常喜歡漢文化。阿不裡哥則不然，之所以能夠得到如此多人支援，就是因為極力反對漢化，並說他想殺死所有的漢族人，在中原的田野上種草，放牧牛、羊和馬。作為遊牧民族，蒙古人民更喜歡阿里不哥的主張，然而阿里不哥卻被忽必烈給毒死了，所以非常恨他。

3、民族信仰。

當時忽必烈上臺後，就開始實行了漢化政策，各種教派信仰也出現了分歧，這樣不團結的蒙古帝國綜合實力越來越低，慢慢就開始出現分裂，蒙古人民的生活越來越糟。