農民專業合作經濟組織，我把它理解成農民企業，企業組織結構是企業組織內部各個有機構成要素相互作用的聯絡方式或形式，以求有效、合理地把組織成員組織起來，為實現共同目標而協同努力。 組織結構是企業資源和權力分配的載體，它在人的能動行為下，透過資訊傳遞，承載著企業的業務流動，推動或者阻礙企業使命的程序。由於組織結構在企業中的基礎地位和關鍵作用，企業所有戰略意義上的變革，都必須首先在組織結構上開始。

另外也可以這樣理解，組織結構，百科給出的定義是指對於工作任務如何進行分工、分組和協調合作。 是表明組織各部分排列順序、空間位置、聚散狀態、聯絡方式以及各要素之間相互關係的一種模式，是整個管理系統的“框架”。簡而言之，組織結構是一個組織內各構成要素以及它們之間的相互關係，它描述組織的框架體系。它的內容主要涉及企業部門構成、基本的崗位設定、權責關係、業務流程、管理流程及企業內部協調與控制機制等。

農民專業合作社的組織結構可以分為兩種，一種是鬆散型，就是一群農民選個帶頭的當法人，生產都是各家生產各家的，只是統一組織銷售和生產物資採購，賣的錢還是各家歸各家，買東西也都是各出各的錢，只相當於原來各家去買是零售，大家合在一起是團購，這樣買的時候節約成本，賣的時候方便聯絡客商議價；另外一種是企業化結構，大家把自己的生產物資拿出來入股，統一生產管理，統一銷售，然後按股份比例分紅。如果按章程來說組織權利架構就需要成立社員代表大會（相當於股東會），然後是理事會（相當於董事長），以後是經理管理層。