有機肥料是指以有機物為主的自然肥料，多是人和動物的糞便以及動植物殘體，一般分為農家肥、綠肥和腐殖酸肥三類。

　　農家肥是農戶將人畜糞便以及其它原料加工而成的，常見的有廄肥、堆肥、沼氣肥、燻土和草木灰等。收穫植物及其加工殘物也是一類具有較好應用價值的農家肥，其中大豆餅、棉籽餅等餅粕類養分含量比較高，特別是氮都在5%以上。稻草和秸稈養分較低，一般總養分在2--3%。

　　綠肥是利用其植物體的全部或部分作為肥料。常見的綠肥作物有紫雲英、苜蓿、豌豆、毛苕子和紫穗槐等。

　　腐殖酸類肥料是利用泥炭、褐煤、風化煤等原料加工而成。這類肥料一般含有機質和腐殖酸，氮的含量相對比磷鉀要高，能夠改良土壤，培肥地力，增強作物抗旱能力以及刺激作物生長髮育。

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當有機肥進入到土壤之後，可以改善土壤的養分的狀況，經過微生物的分解和轉化，能夠變成農作物所吸收利用的有效的養分，土壤的供肥能力就會提高，並且有機肥料中的有機酸和鈣、鎂、鐵、鋁能夠形成穩定性強的絡合物，有機肥料，可以減少鋁的毒害，其中有機酸和鹽對土壤酸鹼有緩衝的作用。有機肥料還可以在微生物的作用下形成腐殖酸，可以將土粒結合在一起，形成比較穩定的團粒的結構，增加土壤的透氣性，比較有利於農作物的生長。並且有機肥可以適用於農作物、果樹蔬菜等。