第1集 雲霄飛車殺人事件
第13集 奇妙的尋人殺人事件
第54集 電玩公司殺人事件
第128集 黑衣組織十億元搶劫事件
第129集 來自黑暗組織的女子集大學教授殺人事件
第176集 與黑暗組織的再會（灰原篇）
第177集 與黑暗組織的再會（柯南篇）
第178集 與黑暗組織的再會（解決篇）
第230集 迷一樣的乘客（前篇）
第231集 迷一樣的乘客（後篇）
第271集 隱藏匆忙中的省略（前篇）
第272集 隱藏匆忙中的省略（後篇）
第286集 工藤新一紐約事件（事件篇）
第287集 工藤新一紐約事件（推理篇）
第288集 工藤新一紐約事件（解決篇）
第307集 沒有聲音的證詞（前篇）
第308集 沒有聲音的證詞（後篇）
第309集 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
第310集 與黑暗組織的接觸（追跡篇）
第311集 與黑暗組織的接觸（決死篇）
第338集 四臺保時捷（前篇）
第339集 四臺保時捷（後篇）
第340集 廁所隱藏的秘密（前篇）
第341集 廁所隱藏的秘密（後篇）
第345集 與黑暗組織的直面對決集滿月之夜的二元推理
第425集 黑色的衝擊!黑衣組織的魔爪伸來的瞬間
第462集 黑暗組織的影子集年幼的目擊者
第463集 黑暗組織的影子集奇妙的照明
第464集 黑暗組織的影子集謎樣的高額報酬
第465集 黑暗組織的影子集珍珠的流星
第491集 紅與黑的碰撞集開端
第492集 紅與黑的碰撞集血緣
第493集 紅與黑的碰撞集疾呼
第494集 紅與黑的碰撞集冥土
第495集 紅與黑的碰撞集昏睡
第496集 紅與黑的碰撞集侵入
第497集 紅與黑的碰撞集覺醒
第498集 紅與黑的碰撞集攪亂
第499集 紅與黑的碰撞集偽裝
第500集 紅與黑的碰撞集遺言
第501集 紅與黑的碰撞集嫌疑
第502集 紅與黑的碰撞集潔白
第503集 紅與黑的碰撞集決死
第504集 紅與黑的碰撞集殉職
第509集 紅白黃色與偵探團
第510集 柯南VS雙重暗號之謎
第511集 推理對決!新一VS衝矢昴
第542集 魚兒消失的一角巖（前篇）
第543集 魚兒消失的一角巖（後篇）
第563集 偵探團VS劫匪團集騷動
第564集 偵探團VS劫匪團集沉默
第578集 召喚危機的紅色前兆
第579集 黑色13的暗示
第580集 逼近的黑之時限
第581集 搖曳的紅色目標
第622集 緊急事態252（前篇）
第623集 緊急事態252（後篇
第1集 雲霄飛車殺人事件
第13集 奇妙的尋人殺人事件
第54集 電玩公司殺人事件
第128集 黑衣組織十億元搶劫事件
第129集 來自黑暗組織的女子集大學教授殺人事件
第176集 與黑暗組織的再會（灰原篇）
第177集 與黑暗組織的再會（柯南篇）
第178集 與黑暗組織的再會（解決篇）
第230集 迷一樣的乘客（前篇）
第231集 迷一樣的乘客（後篇）
第271集 隱藏匆忙中的省略（前篇）
第272集 隱藏匆忙中的省略（後篇）
第286集 工藤新一紐約事件（事件篇）
第287集 工藤新一紐約事件（推理篇）
第288集 工藤新一紐約事件（解決篇）
第307集 沒有聲音的證詞（前篇）
第308集 沒有聲音的證詞（後篇）
第309集 與黑暗組織的接觸（交涉篇）
第310集 與黑暗組織的接觸（追跡篇）
第311集 與黑暗組織的接觸（決死篇）
第338集 四臺保時捷（前篇）
第339集 四臺保時捷（後篇）
第340集 廁所隱藏的秘密（前篇）
第341集 廁所隱藏的秘密（後篇）
第345集 與黑暗組織的直面對決集滿月之夜的二元推理
第425集 黑色的衝擊!黑衣組織的魔爪伸來的瞬間
第462集 黑暗組織的影子集年幼的目擊者
第463集 黑暗組織的影子集奇妙的照明
第464集 黑暗組織的影子集謎樣的高額報酬
第465集 黑暗組織的影子集珍珠的流星
第491集 紅與黑的碰撞集開端
第492集 紅與黑的碰撞集血緣
第493集 紅與黑的碰撞集疾呼
第494集 紅與黑的碰撞集冥土
第495集 紅與黑的碰撞集昏睡
第496集 紅與黑的碰撞集侵入
第497集 紅與黑的碰撞集覺醒
第498集 紅與黑的碰撞集攪亂
第499集 紅與黑的碰撞集偽裝
第500集 紅與黑的碰撞集遺言
第501集 紅與黑的碰撞集嫌疑
第502集 紅與黑的碰撞集潔白
第503集 紅與黑的碰撞集決死
第504集 紅與黑的碰撞集殉職
第509集 紅白黃色與偵探團
第510集 柯南VS雙重暗號之謎
第511集 推理對決!新一VS衝矢昴
第542集 魚兒消失的一角巖（前篇）
第543集 魚兒消失的一角巖（後篇）
第563集 偵探團VS劫匪團集騷動
第564集 偵探團VS劫匪團集沉默
第578集 召喚危機的紅色前兆
第579集 黑色13的暗示
第580集 逼近的黑之時限
第581集 搖曳的紅色目標
第622集 緊急事態252（前篇）
第623集 緊急事態252（後篇