1. 組織潰死：幹細胞填充後，在存活過程中因為沒有得到血液供應，導致脂肪尚未存活就爛掉，可能會化膿。

2. 組織石灰化，幹細胞填充後，在存活過程中因為血液供給量的不足，在凝結狀態下表面附著鈣質導致脂肪變成硬塊。（在南韓脂肪移植一般是做兩次的，如果第二次注入時候脂肪的儲存狀態不好，產生了變質，可能會導致石灰化）

3. 組織凹凸不平：這是因為幹細胞填充的不均勻導致。

4. 面板色素沉澱：如果術後淤青或者腫的很厲害，那麼淤青部位的鐵成分會黏著在面板表層並且氧化成褐色（跟黑眼圈形成原理相同）

5. 組織不對稱：通常在臉部幹細胞填充的情況下出現，主要原因是左右兩邊的存活率不同。

6. 組織吸收過度：因為脂肪存活率不夠大量幹細胞填充被吸收所以導致術後效果不佳。

7. 面板下垂：幹細胞填充或者填充量過多，會導致脂肪的下垂。

在實際治療當中其實還存在很多的技術難題，比如異體移植的排異等副作用，自體幹細胞治療也存在一些不同的副作用。針對不同的疾病幹細胞治療的效果不一樣，副作用也不盡相同，目前為止應該還無法做到完全無副作用。