正因為甲殼亞門的動物如此多型，因此要找到一個共同的特徵不很簡單。

甲殼亞門與氣管類動物（包括六足亞門的昆蟲等陸地生活的節肢動物）相對比較特殊的是它們有兩對觸角和適應在水中生活的鰓。

不過這些特徵實際上是節肢動物一開始共有的特徵，六足亞門的動物這些器官後來變化了。

另一個古老的特徵是甲殼亞門動物分叉的足，這樣的足在化石中的三葉蟲就已經有了。

氣管類的動物後來沒有這樣的足了。

幾乎所有的甲殼亞門的動物有一種特別的幼蟲狀態（無節幼體）。

這些幼體典型地分三個帶足或觸鬚的節，它們的無節幼體眼是單數的。

在觸角和足的基部甲殼亞門有特別的，袋狀的排洩器官。

此外所有的甲殼亞門的幹細胞分裂時的特徵相同。

　　與其他所有節肢動物一樣，甲殼亞門的軀幹由數個節組成。

第一個節是頭部的口前葉，最後一節是尾部的尾板。

透過不同的適應方式，這個基本的構造方式可以形成非常不同的特別結構。

尤其外肢的變化可以非常大（比如演化為口器、吸盤和生殖器等非常不同的器官）。

一些節可以融合到一起形成比較大的軀幹部分（體段）。

總的來說甲殼亞門動物的軀幹可以分三個大部分：頭部由口前葉和可能六個節融合後而成。

胸部和腹部各由不同數量的節組成。

胸部和腹部的區分主要由外肢的組合體現出來。

腹部一般沒有外肢或只有演變了的外肢。

有時頭部和胸部可能也會融合到一起而組成一個頭胸部。