影響肯定是多方面的，揀主要的說幾點吧。

一、在中央層面，軍機處權力擴大了

太平天國起義之前，軍機處相當於皇帝的秘書處，並不執掌六部，但到了太平天國運動期間，出於政治、軍事上的實際需要，咸豐皇帝不得不從皇權中分出一部分權力交予軍機處，軍機處權力較之前大了許多。

二、地方士紳權力擴大了

在對付太平天國的過程中，清政府號召民間自辦團練。在辦團練的過程中，地方士紳擁有了自己的武裝力量，話語權得到了提升。“地方公事，官不能離紳士而有為”成為了新常態。

三、地方督撫專權漸成，漢族官僚獲得了較多的話語權

在咸豐朝以前，總督主管軍政，巡撫主管行政，布政使主管財政，按察使主管司法，相互牽制，沒有誰能一個人說了算。

太平天國運動期間，因八旗、綠營太不中用，到了1860年，清廷不得不任命曾國藩為兩江總督，節制江、浙、皖、贛四省軍務，李鴻章、左宗棠、李續宜、沈葆禎分任四省巡撫。這就算開了口子，再以縫不上了，此後，地方督撫逐漸全面掌權，布政使、按察使逐漸成為了督撫的屬員。督撫成為了獨霸一方的二皇帝。漢族官僚掌握了槍桿子，自然也就挺直了腰桿子，在朝中有了較多的話語權。

這個，還有一個深遠影響，是致命的。一是漢人的離心力，二是地方權大不掉。這兩個，決定了清末革命黨推翻滿清的宣傳鼓動，及武昌起義後諸多省份的紛紛獨立。一句話，它其實隱含了清王朝最後的分崩離析及民國年間的紛亂割據。

四、推動了洋務運動的發展，促進了軍事近代化

在太平天國運動之前，清廷儘管已經經歷了一次鴉片戰爭，但依然以“天朝上國”自居，但在同持有洋槍洋炮的太平軍作戰和同洋人的接觸過程中，曾國藩、李鴻章等人親身感受到了西方“輪船之速，洋炮之遠”，對中西差距有了較為深刻的認識，透過鍛造軍工企業、購買洋槍洋炮等，開啟了大清的洋務運動，促進了大清的軍事近代化。

太平天國運動本身是一次逆歷史潮流的大規模暴亂，持續時間長、涉及範圍廣，給老百姓帶來了沉重的災難。

然後，從歷史的程序來看，太平天國運動為滿清垮臺奠定了基礎，是多米諾骨牌倒下的第一塊。

滿清以少數異族統治中原，打破了外來政權佔據中原不超過百年的歷史規律。這主要取決於兩個方面，一是滿清有意識融入中華文明，繼承了中華文明的道統，贏得了絕大多數漢族知識分子的擁護；二是土豆、紅薯、玉米等外來高產作物的推廣，極大地緩解了糧食危機，而中國古代的老百姓，只要不餓死，一般不會鋌而走險。同時，滿清雖然名義上提倡滿漢平等，但實際上卻重滿輕漢。尤其到了乾隆年間，朝廷有意識打壓漢族官員，進一步鞏固了自己的統治。如果不出意外，滿清政權很可能會如羅馬帝國，延續幾百年甚至上千年。

但是，兩個意外打破了這種局面，一是西方列強的出現，給了滿清政權前所未有、極大的統治壓力。二是太平天國運動，趁滿清虛弱之際，異軍突起，佔據了東南半壁江山。更重要的是，太平天國運動撕破了滿清八旗、漢綠營的紙老虎，導致了漢族軍閥武裝的崛起。等到了捻軍擊斃僧格林沁，滿清手裡已沒有精銳部隊，地方政府也大多被漢族官員控制，滿清皇室已無力有效統治國家。比如，八國聯軍進北京，而東南各省竟然作壁上觀，不僅抗旨拒絕勤王，更膽大包天私下跟列強簽訂東南互保條約。

到了辛亥革命，滿清皇室已完全失去了對國家的控制。區區幾百新軍竟鬧得天翻地覆，各省督撫紛紛獨立，滿清被迫和平退位。歸根到底，這一切的源頭就是太平天國運動。如果沒有太平天國運動，就沒有湘軍、淮軍的崛起，就沒有洋務運動，也就沒有北洋新軍……