始皇帝有子23人，女兒10人。大部分直系子女是被胡亥殺死的，還有部分孫子輩是被項羽滅亡秦國時所殺。

極少部分血親（包括漏網的孫子輩和外孫輩的後裔）先是遷居到了北韓，一部分定居在北韓，被北韓的姓氏所同化。還有大部分又東渡日本，到日本的初期他們中有些人掌管日本朝廷的財務工作，還有部分為天皇養蠶織絹，天皇賜姓、叫其中一部分人改姓“太秦公”。

現在日本京都附近的太秦就是日本秦氏的初居地。到九世紀時，日本秦氏已分支成太秦公、秦、秦冠、河內秦、山城秦等15個姓氏，到現在，日本秦氏已分化出總共44個姓。

明治維新時日本政府要求所有的日本人都必須有姓（此前很多的日本百姓沒有姓、沒有學名大名、只有小名）並且強迫部分秦始皇的後代改姓羽田、波多等姓，京都的秦氏家廟（祠堂）及有關的歷史文獻也遭到破壞，但有記錄留下。

據史料記載，秦始皇13歲即王位，22歲開始親理朝政，39歲時統一中國。49歲時去世。一共有兒子23人，但是留下姓名的只有四個。公子扶蘇（長子）、公子高、公子將閭、胡亥（秦二世）秦始皇有10個女兒，均無名字。孫子：秦王子嬰（秦三世）：扶蘇嫡長子、秦始皇的嫡長孫。但史學界關於子嬰身世尚有爭議。在胡亥繼位之初，屠殺自己兄弟在咸陽市將十二個兄弟處死。另一次在杜郵又將六個兄弟和十個姐妹碾死，刑場慘不忍睹。將閭等三人也是胡亥的兄弟，最終也被逼自盡。基本上都被殺害

公子扶蘇：暫說未留下後代，不詳

胡亥：未留下後代，不詳

公子高：未留下後代，不詳

公子將閭：未留下後代，不詳

秦始皇孫子嬰：已知有兩個兒子，與子嬰本人共同謀殺趙高，其姓名、事蹟皆失考。

1.秦始皇后代被胡亥跟項羽殺光，未留下後代2.秦始皇的兒子們可能有逃脫的，一說跑到日本，改姓秦，一說改下日本當地姓名。3.秦始皇的兒子跑到秦朝發源地。回到祖地繁衍生息。以上都無從考證，只能到考古發覺慢慢發現。

秦始皇現在還有沒有後代，還真的不好說。理由如下：

一，秦二世繼位後，寵信宦官趙高，“滅大臣而遠骨肉”，於是“殺大臣蒙毅等，公子十二人僇死咸陽市，十公主矺死於杜，財物入於縣官，相連坐者不可勝數”。一下子處死了22個兄弟姐妹；另有一個兄弟公子高見不能倖免，怕連累家人，於是主動請死，陪葬秦始皇陵。秦二世大喜，還賜錢十萬用來安葬公子高。加上太子扶蘇已被矯詔賜死，共計處死了24個兄弟姐妹。也就是說，除了胡亥自己之外，他的親兄弟姐妹應該是都被殺了；

二，當然，胡亥並不是把兄弟姐妹們的家人也都一個不留地殺光了的，這些兄弟姐妹們的後代應該沒有全部被處死。太子扶蘇的兒子子嬰後來還做了46天的秦王就是證明。子嬰還設謀處死了這個罪該萬死的趙高，並“夷其三族”，總算為秦帝國做了最後一件痛快事。公子高主動請死，目的也是為了保全家人。這說明在秦朝滅亡前，秦始皇還是留有一些晚輩的。然而，這些留下來的人，躲過了自己內部的殘殺，卻沒躲過項羽的屠刀。項羽入咸陽後，立即就殺了秦王子嬰，並焚燬秦宮室，皇族官民等屠戮淨盡。可想而知，秦始皇的後人應該都沒有幸免的了。

不過，儘管有上述兩次對秦始皇后人的屠殺，也不能肯定秦始皇就絕對沒有留下後人。如果僥倖還留下後人的話，那不外乎有以下幾種可能：

第一，在咸陽城破之前，秦王子嬰可能遣散了部分家人；

第二，秦王子嬰是先向沛公劉邦投降的，而劉邦並沒有殺子嬰，也不讓部下亂殺。如果劉邦要保護下來幾個秦始皇的後人也不是什麼難事；即使要保護子嬰，也完全可以為他找到一個替身；

第三，秦始皇的後人中也可能有一些不貪戀富貴的後裔，在秦二世大殺兄弟姐妹的時候就逃逸隱居了。

第四，秦始皇到底有多少兒女，也沒有詳細記載，其下落更無從猜測。

哪個皇族沒有秘密保護的守衛呢？秦時歷代公子王孫有很多都是隱姓埋名去軍中效力，掙取功績的，也有的看時機不對，逃跑的！不可能千古一帝沒有後代留下來的，胡亥趙高再狠心，也不可能全部殺完，難道就沒有跑路的麼？