藕田的基地施用量應根據土壤肥瘦而定，一般每畝施人、畜糞肥或廄肥1500～2500千克，或綠肥3000～3500千克。多施堆廄肥可以減少藕身附著的紅色鏽斑，提高品質。深水藕田易缺磷，除了施足有機肥外，還應撒施過磷酸鈣30～40千克做基肥。

　　蓮藕生育期長一般追肥2～3次。第一次在立葉開始出現時進行，中耕除草後，每畝施入人糞尿肥750～1000千克。第二次追肥在立葉已有5～6片時進行，每畝施入人糞尿肥1000千克左右。第三次追肥在終止葉出現時進行，這時結藕開始，稱為追藕肥。每畝施人糞尿肥1500千克，餅肥30～50千克。施肥應選擇晴朗無風無氣，避免在烈日的中午進行。每次施肥前放掉水，以便肥料吸入水中，然後再灌水而原來的深度。在深水藕田中，肥料易流失，不能直接施用液化肥料，應施用固體肥料。即重施廄肥或青草綠肥，並埋入泥中。追肥用化肥時，首先將化肥與河泥充分混合，做成肥泥團，再施入藕田。

　　淺水藕連茬5年左右後，由於土壤透氣條件較差，銅、鐵、鋅等微量元素難以滿足藕的生長需要，加這施用有機肥偏少，氮肥追施偏多，極易誘發生理病害。該生理病害始發於5月上中旬，發病高峰期一般在7～8月份高熳季節。初發病時，新生葉片剛出水面就呈輕微萎蔫狀，葉脈漸失綠變淡，葉片邊緣生褐色斑點，並逐漸擴大至整個葉片枯死。防治方法主要有：①連作3～4年後耕翻1次，這是控制生理病害的根本途徑。②增施有機肥，控制氮肥用量。③在4月底藕田只有薄水時，每667平方米用硫酸銅1～1.5千克、硫酸亞鐵2～2.5千克、鈣鎂磷肥25～30千克捆幹細土撒籬。