二衝程發動機的優缺點都是與四衝程發動機相對比而言的。四衝程發動機目前來看沒有明顯的短板，各方面都比較均衡，即使熱效率較低，也是人類所能接受的，所以使用廣泛；而二衝程發動機優缺點都非常明顯，並且很多缺點是人類無法接受和改變的，所以使用較少。它的主要優缺點如下：

二衝程發動機優點：

（1）二衝程發動機沒有進、排氣門， 沒有複雜的配氣機構和潤滑系統，冷卻系統一般都採用風冷，所以在結構上比四衝程發動機更簡單，重量比較輕，製造成本低廉，故障率也更低，維修也比較方便。

（2）二衝程發動機曲軸每轉一週完成一個工作迴圈，作功一次。當曲軸轉速相同時，二衝程內燃機單位時間的作功次數是四衝程內燃機的兩倍。理論上二衝程發動機的功率應是四衝程發動機的兩倍（但實際上只有1.5~1.7倍），發動機的升功率更高，動力性更好。

（3）由於曲軸每轉一週作功一次，因此曲軸旋轉的角速度比較均勻，發動機運轉比較平穩，對於單缸發動機來說表現的更加明顯。

（4）標準的四衝程發動機只能在直立或傾斜角度不大的狀態下工作，否則就可能在油料晃動的時候發生故障。而二衝程發動機可在任何方位上運轉，即使是發動機處於倒立狀態仍可有正常工作，這個特點對於某些手持移動式小型裝置非常重要，比如鏈鋸、除草機等。發動機使用的靈活性非常強。

二衝程發動機缺點：

（1）與四衝程發動機相比較而言，二衝程發動機的運動部件潤滑效果較差，零部件工作環境較惡劣，曲軸、活塞等零部件耗損得更快。所以二衝程發動機比四衝程發動機壽命短，一般只有四衝程發動機壽命的1/3～1/2。

（2）二衝程發動機進氣、排氣過程只佔曲軸轉角的130°～150°，進、排氣過程幾乎同時進行，利用新氣掃除廢氣，必然會有一些新鮮混合氣隨廢氣流出排氣口，廢氣也不易清除乾淨。因此，二衝程內燃機的換氣質量較差，燃料效率不高，整車的油耗比較高。

（3）二衝程發動機在低速運轉時，油門開度小，排氣不充分，掃氣不完全，燃燒室內新鮮混合氣濃度低，會使新鮮混合氣燃燒不完全，使廢氣中CH化合物的含量劇增；同時掃氣時有一部分新鮮混合氣隨廢氣一同排出，混合氣中的潤滑機油燃燒不充分，也使排氣中的CH化合物增多。因此二衝程發動機廢氣汙染很大。有資料表明，一輛排量50ml的二衝程摩托車用發動機，它的排氣汙染大致相當於五臺排量2.0L轎車發動機。這是二衝程發動機被淘汰的最主要原因。

（4）發動機排氣噪音大。燃燒產生的壓力還沒完全釋放完，部分燃料還沒有燃燒，就直接被排走，所以它的排氣噪聲比四衝程的發動機大很多。

總體來說，二衝程發動機最大的優點是動力性好、重量輕、體積小、應用靈活，最大的缺點是尾氣汙染大，噪音大，環保不達標。所以二衝程發動機一般只應用於對發動機動力性要求較高而使用環境要求不高以及使用率不大的機械上，比如剪草機、油鋸、航模、農作機械、小型摩托車和越野摩托車、坦克、船舶、重型運輸車輛等。而四衝程發動機在綜合性能和環保效能方面更出色，所以現在的汽車絕大多數都使用四衝程發動機。

區別很多

四衝程發動機曲軸每轉兩週，活塞上、下兩次完成一個作功迴圈，兩衝程發動機曲軸每旋轉一週，活塞上下一次即完成一個作功迴圈。

四衝程有獨立的配氣機構，透過凸輪軸、正時鏈條或氣門頂杆，來控制氣門的開啟和關閉，比較精密，進排氣系統完善，所以比較省油。兩衝程發動機透過活塞在上行和下行的過程中，在不同的階段開啟和關閉位於缸體上的進氣口、排氣口和掃氣口來控制進排氣，會造成浪廢。所以四衝程車同排量的比兩衝程省油，兩衝程車由於有油未經燃燒就排了出去，所以比較費油且汙染大。

四衝程發動機由於結構複雜，所以體積和重量相對較大，價格也貴，兩衝程發動機結構簡單，體積小，價格也便宜些。

四衝程發動機靠機油泵和曲軸的慣性飛濺潤滑整個發動機，兩衝程發動機內的機油只潤滑變速機構，氣缸、活塞和曲軸等依靠單獨的機油箱透過機油泵或手工，把機油混合到汽油內一齊燃燒，同時達到潤滑相關部位的目的，所以兩衝程發動機會冒藍煙，而四衝程發動機正常下不冒煙。

同等條件下，兩衝程發動機轉速更高，氣缸部位熱量更大，所以它的散熱片也做的更大些。兩衝程動機噪音和震動較大，四衝程發動機噪音和震動較低。

四衝程發動機更先進，廣泛應用於各類以燃油為動力的機械上，兩衝程發動機越來越少，只應用於小型機動車的動力如專用賽道車型和一些小型的通用發動機（如油鋸、割草機等）。