有大小區分。

有相同質子數的同一類原子，稱為一種元素。原子由原子核和電子構成，原子核由質子和中子構成。

同樣質子數的原子，中子數量是不一定相同的。因此，同一元素，可能有多種不同種類的原子核，這些不同的原子，互稱同位素，以氫為例，它有三種同位素，不含中子的氫原子，稱之為氕，含有一箇中子的氫原子，稱之為氘，含有兩個中子的氫原子，稱之為氚。由於中子和質子的質量幾乎相等，所以同一元素不同的原子，質量大小是有明顯差別的。由於原子核質子和中子的總數不同，對其外層電子繞原子核執行的軌道半徑也是有影響的，因此在原子尺寸上也是有大小區別的。

元素的原子的大小當然是不同的，從下面圖例，我們可以看出很清楚，隨著原子序數的增大，原子半徑也逐漸變大，但總體來說，各種元素原子的尺寸大小相差不超過量級。所以原子的大小不是都一樣的，有尺寸的分佈。

為了說明原子的大小，我們可以只考慮能量最低的波函式。這個波函式的分佈是球對稱的，只要距離原子和的距離一樣，機率就一樣。 所以可以考慮以原子核為球心的球面。這個球面上找到電子的總機率是先是隨著電子與原子核的距離（也就是球面的半徑）而增大，因為球面在增大啊，但是如果太大的話，波函式的大小變小了，所以在某個距離處，在球面上的機率最大。這個距離就可以代表原子的大小，或者說這個原子半徑。所以並不是說到這個距離就到了原子的邊界，事實上超出這個距離，機率只是逐步減小。

這個原子半徑與原子核的電荷數（也就是原子序數）成反比，所以不同原子的大小不一樣，隨原子序數按照反比減小。

同一種元素的原子大小應該一樣，因為一種元素，雖然有它的同位素，但是這是原子核的大小不同，但原子大小應該是指原子半徑，取決於原子的核外電子數及其分佈。