小智

主角，10歲。是個熱血、朝氣蓬勃，熱愛神奇寶貝的少年，性格熱血、衝動，在愛情方面反應遲鈍，不按常理出牌是他的一貫作風。以神奇寶貝大師為目標持續旅行的他，雖然技術還不是很成熟，不過也有逐漸在進步。作為“最強的神奇寶貝訓練家”被超夢邀請來到新島。 皮卡丘

是小智作為神奇寶貝訓練家獲得的第一隻神奇寶貝。雖然警戒心很強，不輕易相信陌生人，但在總體上對神奇寶貝訓練家和神奇寶貝們十分友好。對小智十分忠誠。 小霞

女主角，年齡約10歲，自稱是世界級美少女、俏皮的美人魚、華藍美女四姐妹之一，現任華藍道館訓練家。最喜歡水系神奇寶貝，立志成為水系神奇寶貝大師。討厭蟲系神奇寶貝，但不討厭巴大蝴和芭瓢蟲之類的可愛型神奇寶貝。 　　 小剛

主要人物之一，原本是關都地區尼比道館的道館訓練家，後來為了成為神奇寶貝飼育家而和小智等人長期一起旅行。他的夢想是成為世界上最偉大的神奇寶貝飼育家。 火箭隊（武藏、小次郎、喵喵）

以華麗姿態出場，擅長製造奇怪的機器的三人組。假意幫助小智等人渡海，沉船後為風暴裹挾來到新島。為了使火箭隊發展壯大，試圖捕捉各種神奇寶貝。 　　 喬伊小姐

護士，擅長照料神奇寶貝。在影片最初超夢因需要被照料而將其控制，後與小智一行見證了超夢同克隆神奇寶貝們的轉變。