尚方寶劍不是逮誰殺誰，是和你的身份匹配的。縣官持有尚方寶劍，親王在你的縣內犯了死罪，你可持此劍押他殺他。記著:前提是犯了死罪，再者是在你職權範圍。包拯在開封轄區，犯了死罪的，上至王侯下至庶民，儘可問斬(三口鍘刀等同於尚方寶劍)，陳世美駙馬爺就屬開封府管轄，所以包府尹太后的帳也可不買，皇帝的聖旨也可暫時關在門外。山東、兩江等就不可以了，不屬於他的轄區了，至於之後可以是因為他又變成了巡按，巡按加三口鍘刀那就牛叉了。一樣，毛文龍對袁崇煥，袁沒有在毛的轄區範有死罪，其實是連一般罪也沒有；而反之，袁對毛則滿足了這兩條，毛在袁的管轄區範有了死罪，袁殺毛之前之後都申明過，所以毛沒有反抗，其麾下人員亦束手看斬。

尚方寶劍是皇帝親賜，象徵著一種特權，就是可以便宜行事，當機立斷，不必遵循正常的程式，層層彙報請示。每個尚方寶劍的許可權是不一樣的，一般情況下，在賜給尚方寶劍的時候，會明確說明其許可權是什麼。

毛文龍的手中確實有尚方寶劍。天啟三年，他被授為平遼總兵官，左都督，賜給一把尚方寶劍。但毛文龍的這把尚方寶劍的許可權應該是比較低的。

我們可以參照一下楊鎬、熊廷弼手中尚方寶劍的許可權。當初楊鎬被任命為遼東經略，統帥四路大軍，賜尚方劍，可斬“總兵以下官”。

天啟元年，熊廷弼被任命為兵部尚書，兼右副都御史，經略遼東軍務，同時賜給一把尚方劍，給他的許可權是副總兵以下可以先斬後奏。

遼東經略的地位比毛文龍這個總兵官高得多，也只能殺到總兵、副總兵。相比之下，毛文龍大概只能殺一殺參將之類的。

做為薊遼督師，袁崇煥當然也有尚方寶劍，許可權應該和熊廷弼差不多，他用它斬殺了毛文龍，應該是越權的。

回到問題本身，毛文龍為什麼不用尚方寶劍殺了袁崇煥？

明代的武將地位低，總兵官在巡撫、總督面前像孫子一樣，所以毛文龍在袁崇煥面前畢恭畢敬。而且袁崇煥斬殺毛文龍，並不是在毛文龍的大本營，而是選在雙島，中間經過了精心的準備和佈局，把毛文龍和他的將士們分隔開來，最後斬殺。

毛文龍完全沒有料到這樣的結果，否則，他肯定不會坐以待斃。他的水師要比袁崇煥強大，他的選項也不少，比如可以在皮島獨立為王，可以投降皇太極等等，結果都不會太差。

說到底，毛文龍有實力和袁崇煥對抗，如果他知道自己要被殺，肯定會放手一搏，這和個人的意志有關，和手中的尚方劍毫無關係。

但是，袁崇煥是有備而來，毛文龍要想殺他，基本沒有可能性。