在菌種的製作及袋料栽培過程中，若有一個環節把關不嚴，就會發生汙染所以，必須嚴把操作關，使每個環節都必須嚴格按照操作程式和技術規範操作，環環緊扣同時採取生物防治和藥物防治相結合，能收到更好的效果

1.把好配料關用作配製培養基的各種原料必須不黴爛變質，顆粒大小適度袋裝原料應過篩，剔除尖硬材料，拌料要均勻一致，要避免乾料或含水較低的原料混入基質中採用塑膠袋做菌種容器或栽培時，要嚴防袋壁破損因為出現很小的微孔，就會導致汙染要當日配料，當日裝袋滅菌，尤其是在高溫季節，間隔時間越長，雜菌數就越多

2.徹底滅菌灰樹花培養基的滅菌要嚴格掌握滅菌條件菌袋(瓶)在滅菌鍋內排放要有層次，避免滅菌時產生“低溫死角”，堆放高度控制在60~70cm升溫時要排盡滅菌器中的空氣，加溫的時間寧可稍加延長，不可隨意縮短常壓滅菌時升溫應快，最好在4~6h內溫度能達到100攝氏度;高壓滅菌後排氣要緩慢，否則壓力急劇變化，袋壁容易脹破滅菌後的培養基，應趁熱移入冷卻室或接種室冷卻後的基質應儘早接入菌種

另外，棉塞受潮導致雜菌汙染，也是菌種汙染的主要原因之一所以在分裝培養基或滅菌過程中，要防止棉塞受潮，發現受潮後要及時更換;不能更換時，可在棉塞上撒些石灰粉漂白粉或多菌靈混合粉劑，加快棉塞乾燥，降低雜菌汙染

3.選擇優質菌種優良灰樹花菌種的主要標準是菌絲純白健壯均勻一致，生長速率中等母種菌齡15天左右，原種和栽培種菌齡40~50天成熟的菌種，其菌絲外觀具有光澤，有較厚的白色菌皮及白色原基出現，菌種塊有彈性，聞之有香味菌種塊移接後，萌發快，定植早

劣質或老化退化的灰樹花菌種，菌絲生長速度慢，基內菌絲少，培養基幹涸鬆散，不能結塊，菌種塊彈性差，無香味，菌皮厚且呈黑褐色，無光澤，有大量液體分泌，培養基收縮早並與瓶(袋)壁分離菌種塊移接後，萌發慢，定植晚

4.無菌操作接種操作的空間環境必須嚴格淨化滅菌或消毒接種工具必須滅菌後使用操作前工作人員的手和衣物必須進行消毒即使如此，整個操作區域還不能說是無菌狀態，只有在酒精燈火焰周圍及其上方的很小區域才是真正的無菌區因此，在接種操作時要嚴格遵守無菌操作規程，儘量減少基質在空氣中曝露的時間，操作要迅速敏捷另外，接種時去掉瓶(袋)口上層的老化菌種，加大接種量，並儘量避開高溫季節生產接種，也可起到控制雜菌汙染的作用

5.淨化環境制種及栽培場(房)應儘量減少汙染源，如垃圾場廢料堆汙水坑畜禽棚舍等，並做好日常性的衛生清理和定期消毒工作接種室冷卻室和菌種保藏室，要與原材料倉庫出菇房配料室保持一定距離或有良好的防汙染隔離障礙物菌種生產區內應制定嚴格的衛生管理制度，生產環境淨化程度越高，控制措施越嚴格，雜菌的汙染率越低

6.加強管理除做好以上工作外，還應創造良好的發菌及出菇條件，使灰樹花菌絲體及子實體生長處於最佳環境，以增強對雜菌的抵抗力