網路上對於進化論的質疑一直沒有停止過，不僅僅是進化論，很多其他理論，比如相對論和量子力學也都會受到質疑。

質疑科學理論並沒有錯，科學本來就是用來質疑的，沒有質疑就沒有前進的動力。但有一點必須明確：在質疑任何理論之前，必須對該理論有充分的瞭解，不然哪來的質疑資格呢？

而網路上流行的所謂“進化論漏洞”能明顯看出根本沒有了解進化論到底是一個什麼理論，瞭解到的僅僅是進化論的皮毛而已。

不可否認的是，進化論在當今世界早已是相當成熟的理論了，遠不像達爾文時代了，有現代多門學科的支援，基因，胚胎研究， 考古學等都是進化論有力支援。網路上一些人所為的“進化論在西方國家被否定”完全是子虛烏有！

當然，科學的本質決定了任何一門理論都不可能是完美的，進化論當然也不例外。

漏洞？或許真的有，比如說化石的斷層，地球物種的突然大爆發，但這不就是進化論要不斷完善的目標嗎？

任何理論都不是最終的真理，都在不斷修正完善中發展著。

相對論有漏洞嗎？量子力學有漏洞嗎？當然有，大自然中也根本不存在沒有任何漏洞的理論！

最後說一點，任何科學理論的出現都不是偶然的，都會經過很多科學家的嚴格考驗和驗證。科學家們的眼睛是很“毒辣”的，對於任何新的科學理論一開始都會持有懷疑態度，不斷地提出各種反面事實來驗證新理論的正確性，而進化論正是在不斷的質疑中一步步走到今天！

題主這裡應該問的是達爾文進化論到底有多少漏洞，而不是現代生物進化理論。達爾文的進化論有很多缺陷，主要受限於當時的探測條件和觀察條件。

想要搞清楚這個問題，需要從頭說起。

用進廢退理論，百度百科的解釋為：

用進廢退這個觀點最早是由法國生物學家拉馬克提出，他在《動物的哲學》中系統地闡述了他的進化學說(被後人稱為“拉馬克學說”)，提出了兩個法則：一個是用進廢退；一個是獲得性遺傳。

達爾文繼承了拉馬克等前輩的理論，取其精華，棄其糟粕，同時通過自己長期的調研，把生物發展的理論提高到了更完備和更成熟的階段，確立了進化論，主要內容包含：人工選擇、自然選擇、遺傳性和變異性學說，物種學說等。

其中的自然選擇學說，達爾文認為包含：過度繁殖、生存競爭、遺傳和變異、適者生存。

自然選擇學說為人類認知生物的進化奠定了理論基礎，但該理論也存在一定的侷限性，

近半個世紀以來，由於分子生物學、分子遺傳學和群體遺傳學的興起，結合生物學其他分支的新成就，對生物進化，提出了新的見解，即現代達爾文學說，也就是現代生物進化論。

實際上它是達爾文自然選擇理論和新達爾文主義遺傳理論和群體遺傳學的有機結合。主要內容包含：

1. 種群是生物進化的基本單位。

2. 突變和基因重組是產生生物的原材料。

3. 自然選擇是種群的基因頻率定向改變並決定生物進化的方向。

4. 隔離是新物種形成的必要條件。

5. 突變和基因重組、自然選擇和隔離是物種形成的三個基本環節，通過他們的綜合作用，種群產生分化，並最終導致新物種的形成。

1. 達爾文進化論沒有闡明遺傳和變異的本質以及自然選擇的作用機理。

2. 達爾文的進化論著重研究生物個體的進化，而現代近代進化論則強調群體的進化。

3. 達爾文中的自然選擇來自過度繁殖和生存鬥爭，而現代進化論則認為自然選擇歸於基因型有差異的延續，沒有生存鬥爭，自然選擇也在進行。

4. 其強調物種的形成都是漸變的結果，不能解釋物種大爆發等現象。

達爾文進化論對人類發展具有巨大的貢獻，他的自然選擇理論所支撐的進化論思想科學地解釋了人類理性所產生的物質條件。揭示了生命現象的統一性是由於所有的生物都有共同的祖先，生物的多樣性是進化的結果。

由於觀測條件的成熟及豐富，基於達爾文進化論，產生了現代生物進化理論，修正了達爾文的理論缺陷。

進化論的“誤會”

一般來說，關於進化論有兩個巨大的“誤會”。

首先一說到進化論，很多人認為這個理論不靠譜，還會說出許多理由來。如果我們仔細去看這些理由，大概率會發現這些人可能都沒有看過進化論。所以說，要反對一個理論，首先要試圖搞清楚這個理論到底說了什麼？

其次，專業的事情交給專業的人，進化論並不是某個統治者在推行的理論，相反這個理論提出遭到了前所未有的反對，這個反對的聲量遠遠大於當初反對日心說的。

但是，我們看進化論經歷了大概160年，非但沒有因為反對而被消失。相反，它成功成為了當今生物學領域的支柱理論，而進化論能有如今的地位，是因為科學家對這個理論的普遍認同。如今，全世界各個初高中，包括大學的教材都涵蓋了進化論的相關知識。就拿我們國家的高中課本來說，就有一系列進化論的知識。

因此，進化論是得到了整個學術圈廣泛認同的，是主流的科學理論，就如同相對論、量子力學在物理學當中的地位是一樣的。

不僅如此，其實進化論在這160年來也在進化，現在的進化論早已和達爾文時期的進化論有很多不同，應該這麼說，達爾文的進化論最核心的是自然選擇，這個點一直以來都是進化論最重要的核心。

除此之外，在這160多年來，科學家解決了遺傳和變異的問題，而且如今我們可以從基因的角度出發，去研究生物的演化。在遺傳和變異的路徑上，有許多傑出的科學家，有和達爾文同時期的孟德爾。

也有後來提出DNA雙螺旋結構的四位科學家等等。

同時將進化論研究的物件從個體轉化為了研究種群，並提出了種群的基因庫和基因頻率。由此，科學家基於這方面的研究，提出了不同物種之間存在著生殖隔離。也就是說，一旦出現生殖隔離，也就形成了不同的物種。

除了自然選擇，還有科學家提出了中性突變理論，這是由日本科學家木村資生提出的。他認為：

當然這並不是這位科學家亂來，而是他發現自然選擇並不是對所有的基因突變都起作用，有一些基因突變由於不會妨礙生物的生存，也會被長期保留下來。

當然，目前大多數的科學家認為自然選擇也有，中性突變也有，兩者是共存的關係。

所以，你看，其實現在的進化論和當初達爾文的進化論已經有很大的不同了，後來的科學家填補了許多的內容，也矯正了一些錯誤。因此，其實進化論已經不是達爾文的“進化論”。

現在如果你去翻翻教材，你就會發現進化論這一章被稱為現代生物進化論，或者現代綜合進化論。也就是說，進化論自己也“進化”了。

而現代生物進化論其實都有非常堅實的證據作為支撐，除了化石，如今最新的DNA分子生物學也是進化論的有力證據之一。那如今的進化論有什麼“缺陷”嗎？

答案確實有。其實這裡也有個誤區，有的人認為只要有缺陷就不是科學理論。這個觀念其實是有問題的，任何科學理論都有自身的邊界。就拿牛頓力學來說，一旦到了微觀世界或者高速狀態，速度巨大的尺度，牛頓力學的誤差就會非常大，那我們能說牛頓力學就不是科學理論麼？

20世紀物理學的兩大支柱，相對論和量子力學如今還沒辦法互相相容，難道它們也不是科學理論了麼？

不僅如此，其實牛頓力學、量子力學提出來之後也像進化論這樣，被後來的科學家進化了一次次地查缺補漏。所以，理論出現問題不是說這理論就錯了，而是要看看遺漏了一些什麼，如何去填補遺漏。所以，即使是相對論和量子力學無法相容，科學家也沒有放棄其中任何一方，而是持有樂觀的態度認為，未來一定有辦法相容的。

進化論目前遇到的問題其實和距今5.7億~5億年的寒武紀生物大爆發有關，如今的進化論無法解釋為什麼在地球整個生命史不到百分之一的時間裡，就演化出了絕大多數的無脊椎動物門類。

所以，科學家認為進化論還遺漏了一些關鍵的要素。為此，許多科學家提出了各種不同的假說，不過，這些假說是不是合理，還需要進行檢驗。

最後，我們來總結一下，如今的進化論已經不是達爾文時期的進化了，這160多年來，進化論已經發生了巨大的變化。並且，進化論已經成為了生物學領域的基石理論，是主流科學團體認可的主流科學理論。而如今進化論的缺陷是還無法解釋寒武紀生物大爆發。

關於生命的起源，不管是在多年以前，還是大家生活的當下，都存在著諸多爭議的焦點。而在眾多解釋生命來源的理論中，由達爾文提出的進化論便首當其衝。人類是怎麼來到地球上的，人類以後又會去到哪裡生活？這些似乎是很多人都會去思考的問題。從《物種起源》首次發表，距今已有一百多年的時間，進化論的缺陷在哪裡，為什麼現在還有人質疑它的真假、甚至反對進化論？

首先，我們可以從進化論的提出背景來了解，其實不只是我們這個國家有很多人對此存有疑問，即便是國外的很多人也同樣不認可這樣的理論。放眼整個社會，進化論的存在本身就顛覆了很多人的認知，尤其對於人文領域而言，更是一次巨大的衝擊。很大一部分人認為人類就是萬物之靈，並不能將自然界中的其他生物與人類放在同一個層面。

更有甚者，他們覺得時間萬物只有人才具有靈魂，而其他生物的存在不過是為了更好的為人類服務，不管是什麼動物都不可與人類相提並論。而達爾文理念中的人類不過是進化的偶然產物、類人猿這樣的動物在本質上和人類一樣，就連人類的智慧、乃至道德感都能在其他動物身上映射出來，這一系列理論都讓很多人無法接受。

很多“神創論”的人都喜歡用寒武紀大爆發來反駁進化論的真實性，但這短短數百萬年的時間，在地球生物的進化歷程中其實只是很短的一段時間。並且，從“地球膨裂說”這個角度來看，正是因為當時地球溫度的迅速升高，導致了生物的繁衍速度過快，才最終演變成了寒武紀生命大爆發。簡而言之，寒武紀生命大爆發其實是進化論的有力證據之一，而並不是為了反對進化論本身而存在。

事實上，科學本身也並不會否定自己的錯誤和不足，關於傳統進化論本身的缺陷，主要存在以下幾點：首先，該理論中缺少了過渡型化石，這與其提出的“自然界無跳躍”的說法相矛盾，既然生物的進化過程是緩慢發生的，那麼在該物種的過去和現在之間應該存在過渡型的階段。但是，現在的確有隨著越來越多的化石被發現，一些過渡型化石逐漸被找到，尤其是猿到人的人猿化石被發現。

當然，比起原本應該存在上千種的過渡型化石數量而言，人類找到的已知化石看上去就比較少了。而且，客觀而言，人類也不太可能收集到所有化石證據。因為，生物化石的形成本身就具有很大的偶然性，這會使得自然界中得化石記錄並不會特別完整。而且，從間斷平衡理論來看，那些在短時間內就完成物種進化的物種，是很難在這個過程中形成化石的。

而理論中存在的第二個問題，便與我們所生活的地球的年齡有關。在達爾文提出生物進化需要十多億年時間的時候，當時的物理學家認為地球的歷史都只有一億年左右，而地球上有生命存在的時間更只有兩千萬年左右。當時的達爾文無法反擊物理學家對其理論的質疑，只能將希望寄託於在以後的時間裡，會有人計算出更大的地球年齡。

而事實也的確說明了，我們的地球其實已有數十億年的年齡，而這個結果是由更專業的現代物理學家們測算出來的統一結果。的確，達爾文的進化理論在生物進化的漸變性上有些過度強調，這也是一開始的進化論觀點，為什麼會受到新災變論者和間斷平衡論者們的反駁。

就本質而言，達爾文的進化理論其實就是基於環境和生物的相互作用，闡述了生物的適應性改變是因為其本身的變異、遺傳以及自然選擇的結果。客觀而言，也正因為該理論具有很多科學事實作為依據，才能經受如此長的時間考驗。很多人都將達爾文的進化論觀點等同於進化論全部，但該理論也是也在不斷的完善和修正之中。

在現代進化論的理論中，已將生物進化的發生條件定義為生物種群之中，更將生物進化和形成過程的三個基本環節稱為突變、選擇和隔離。理論中不僅確定了自然選擇的重要性、進化本身具有漸進性，更強調了進化是群體性特徵，並否定了獲得性狀的遺傳說法。而之所以會做出這樣的調整，也是因為傳統進化論本身的侷限性，然後形成了所謂的現代進化論體系。

進化論漏洞太多了，但是到底有多少，目前未知。

那麼進化論目前還存在什麼樣的漏洞，或者bug呢？

就從人類進化漏洞說，人類進化是研究人類作為與其他動物的共同祖先的獨特物種的生物進化。化石證據和遺傳距離的分析是科學家理解這種進化歷史的兩種手段。

化石證據表明，人類最早的原始人類祖先可能早在晚漸新世時就從其他靈長類動物中分離出來，大約在2400萬年，而在早中新世，許多不同類人猿形態的適應性輻射正在進行中。來自遺傳差異的分子年代的證據表明，長臂猿譜系（家族Hylobatidae）在1200萬年猩猩譜系。雖然迄今為止沒有化石證據清楚地記錄了長臂猿的早期血統，但化石原猩猩可能來自印度Sivapithecus和來自土耳其的Griphopithecus，約為1000萬年。分子證據進一步表明，在400-800萬年之間，首先是大猩猩，然後是黑猩猩（Pan屬）從通向人類的線上分裂出來。我們沒有關於這種分歧的化石記錄，但是發現了獨特的原始人類化石，可以追溯到320萬年，甚至可能更早，在600-700 萬年。比較DNA顯示，99.4％的編碼區在黑猩猩和人類中是相同的（95-96％總體），這被認為是最近共同祖先的有力證據。今天，只有一種不同的人類存活下來，但在化石記錄中發現了許多早期物種，包括直立人，同性戀者和尼安德特人。。

創造論者對化石證據中存在共同祖先的證據提出質疑，並且認為這些是錯誤分配的猿類化石（例如，Java Man是長臂猿）或者與現代人類太相似，將它們指定為不同的或過渡形式。創造論者經常不同意分界線的位置。創世神話（如“創世記”）經常假定第一個人（亞當，在創世記的情況下）作為科學敘述的另一種觀點。

創造論者還質疑科學對人類進化研究中遺傳證據的解釋。他們認為這是一個“可疑的假設”，即各種動物之間的遺傳相似性意味著共同的祖先關係，而科學家們只是因為他們有先入為主的觀念認為這種共享關係存在這種解釋。創造論者還認為，基因突變是反對進化理論的有力證據，因為他們斷言，發生重大變化所需的突變幾乎肯定是有害的。

由於沒有時光機，因此對於任何物種的進化細節，我們都不可能得到100%準確的答案，甚至連50%都未必能得到。理論在原則上正確，和理論能夠鉅細無遺地解釋所有細節是完全不同的兩碼事。比如，按照熱力學原則，任何一杯高於環境溫度的液體，最終溫度一定會變得和環境溫度一致。但我們無法用這個原則來預測，一杯開水到底要幾分鐘時間才能變得可以喝，或者在下一分鐘，它的溫度會是多少度。

達爾文&華萊士聯合提出的自然選擇進化論+現代遺傳學得到新綜合進化論，在原則上已經得到科學界的公認，但這並不表示，對於任何物種無論是人類還是大腸桿菌的進化細節，我們就已經瞭如指掌了，事實是我們還所知甚少，對於地球生命系統的進化歷程，生物學家也就只掌握了一個大致的框架。對於大眾最感興趣的人類進化的細節，一方面要依賴化石發現的幸運，另一方面要依賴現代分子生物學，這方面最激動人心的發現無疑是通過基因組學的手段，證明我們走出非洲的祖先們與尼安德特人以及丹尼索瓦人之間發生過混血，而不論尼安德特人乃至丹尼索瓦人都是已經滅絕的人類，他們和我們之間已經不是同一種人類，彼此應該算是亞種。

當然要提出在原則上正確的理論也並非一件容易的事情，進化論先驅拉馬克提出的用進廢退進化論，在原則上就被認為是錯誤的，而達爾文與華萊士提出的基於隨機突變和自然選擇的進化論被認為在原則上是正確的，但這兩位先驅彼此也不是完全一致，比如達爾文為了解釋性二型的進化現象（雄性和雌性長相差異太大，比如孔雀），特別提出了性選擇作為自然選擇的補丁，但華萊士堅決不同意性選擇，此外，華萊士也堅決不同意用自然選擇解釋人類自身的來源，他堅信人類是上帝創造出來並且沒有發生過任何進化，所有不同膚色的人群生來如此，並非從同一祖先繁衍出來的不同後裔在適應當地生存環境時發生過任何進化，但這顯然與如今的科學事實相沖突，人類膚色受紫外線影響是被反覆驗證過的事實，原住民膚色與當地紫外線強度相適應，是一個典型的自然選擇能夠非常合理解釋的現象。華萊士在面對上帝和人類時妥協了，這就是他很少在科學書上被重點提及的原因。

拉馬克提出進化論的歷史背景，一方面生物學家對生物體的身體結構和功能瞭解得越來越多，越來越透徹，生物體身上一些殘留的解剖學結構也越來越需要一些特別的理由來進行解釋，比如人類的闌尾和智齒為什麼會存在？難道就是為了讓我們掏腰包養活外科醫生和牙醫嗎？此外，各種生物化石的大量出現，尤其是許多物種的滅絕，讓相信上帝造物的生物學家們深感不安，上帝的造物怎麼可能滅絕呢？此外，還有一些化石，比如長頸鹿，可以明顯看到祖先與後裔之間的巨大差異，這又該如何解釋呢？在這樣的時代背景下，著名生物學家拉馬克想出了一個解決所有這些問題的一個方案，他也因此成為歷史上第一個系統提出生物進化論來解釋生物進化現象的科學家，雖然是錯的。

雖然拉馬克不是歷史上第一個發現物種在進化或者在演化、演變，變化的科學家，但拉馬克是第一個嘗試系統性地解釋地球過去現在未來所有生物進化現象的科學家，雖然用進廢退這個觀念本身也並非拉馬克首創，但他將其發揚光大用來系統性地解釋生物進化的原因，因此科學史上通常都說拉馬克提出了用進廢退論來解釋物種進化。

拉馬克採納了傳統中早就有的用進廢退論來對此進行解釋，他認為因為長頸鹿祖先們總是拼命吃高處的樹葉，脖子得到了充分鍛鍊，如此這般世代相傳，導致長頸鹿脖子一代比一代長一點，積累到現在就形成了脖子長得不可思議的動物。至於長頸鹿的祖先為什麼總是拼命吃高處的樹葉，拉馬克提出了另一補充解釋，內驅力。長頸鹿祖先受到一種神祕的內驅力影響，讓它們總是盡力去吃高處的樹葉，而這種內驅力有可能是上帝安置在長頸鹿祖先心靈中的力量。實際上，拉馬克的進化論是一種試圖和上帝造物論進行調和的理論，上帝創造了世間各種生靈，但也賦予了它們某種內驅力，這種內驅力驅使著長頸鹿的祖先伸長脖子吃樹葉，驅使著鳥兒的祖先展翅高飛，驅使著鯨魚的祖先從陸地重新回到海洋，最終變成了海洋哺乳動物。總之，如今在生物界中看到的一切，固然與遙遠的過去並不相同，但也都是上帝早就做好的計劃和安排。

只要生物在內驅力的驅動下，不停地朝著飛上天潛下海伸長脖子的方向努力，那麼經過一代一代的用進廢退的積累，使用得多的器官就越來越強壯，使用得越少的器官就慢慢衰退甚至消失得只剩下一些遺蹟殘留在體內，那麼生物的後裔和祖先在形態上顯示出巨大的差異（這種差異就是生物進化）也就沒什麼不好理解的了，並且也和上帝創造萬物並不違背，因為這種神祕的內驅力，顯然完全掌握在上帝他老人家手中，是祂賦予了每一種生命進化的方向。

並且，這順便解釋了化石物種的滅絕，在拉馬克的體系中，所有滅絕都是一場幻覺，只不過這些生物進化到我們可能難以將其和祖先物種聯絡到一起的程度了。至於生物進化的終點在哪裡？這個問題也不是人類該問的問題，權柄掌握在上帝他老人家手中。拉馬克本人並不相信所有生物都要朝著人類進化，但他的確相信所有生命會朝著某個至善的目標進化。

簡單來說，拉馬克的進化論是一派和諧，具有TVB喜劇的標準大團圓結局的進化論。

比起拉馬克的內驅力和至善進化，達爾文和華萊士的進化論就一點都不田園牧歌了。同樣面對長頸鹿脖子變長的事實，自然選擇進化論冷酷地指出，脖子短的都餓死了，只有脖子長的活下來了，如此代代積累，總是脖子長的更具有生存和繁衍的趨勢，如此積累最終得到長頸鹿這樣的怪獸般的脖子長度。

圖示：左邊拉馬克進化論，右邊達爾文進化論。長頸鹿祖先受到莫名的內驅力想吃更高的樹葉，一代又一代伸長脖子去夠，最終發展出現代長頸鹿，這就是拉馬克進化論，這個過程中不涉及生死存亡這樣冷酷殘忍的事情。但達爾文的自然選擇就完全不同，長頸鹿的出現是因為脖子長一點比短一點有生存和繁衍優勢，並且脖子長短本身是因遺傳差異所決定的，如此代代積累，最終產生了現代長頸鹿，而在這條進化路上是累累屍骨或者失敗的無法傳宗接代的單身鹿，這一篩選過程就是自然選擇理論的精髓。