增值稅普通發票存在的問題：
1、假髮票。發票本身是偽造的。
2、真發票，發票開具不規範。比如付款方單位名稱錯誤、貨物名稱不在開票方經營範圍內，比如應開17%稅率，票面上的稅率為6%、3%，0等。
3、真發票，非稅控系統開具。就是大家經常說到的大頭票這種的。（"大頭小尾"發票是指填開發票時，將發票聯與存根聯分開填寫，發票聯的填開金額大於存根聯的金額。發現這種發票時，首先查驗發票存根聯有無複寫印跡，筆跡是否同出一人，而更有效的方法是將有疑點的發票開出單位的同組發票存根聯進行核對。）目前來說：國稅分航天金稅和百旺金賦兩個開票系統供應商，這兩個系統開出來的發票是有部分差異的。就增值稅普通發票來說：1、發票左上角，航天金稅系統開具發票的是帶有校驗碼，百旺金賦系統開具發票的是帶有機器編號，百旺金賦開具發票的校驗碼在備註欄。這個是很重要的區分點。2、航天金稅系統開具的發票密碼區為84位或108位，並且*為六角星。百旺金賦系統開具的發票密碼區為112位，*為五角星。3、航天金稅系統開具的發票納稅人識別號及文字的間距比百旺金賦的間距要大些。
4、兩個系統開具的發票字型上是有差別的。增值稅普通發票網上查詢本身有一定困難，因為有些省市可以網上查到，有些不能，這個時候觀察辨別法還是蠻有效的。我們假設判斷的前提為列印的密碼在密碼區的位置比較合適，如果不合適，相當於發票票面列印整體錯位了，也可以比照下列方法進行判斷。1.開票日期與印刷的“開票日期”的位置幾乎處於同一行。2.航天金稅系統開具的發票密碼區為六角星，百旺金賦系統開具的發票密碼區為五角星。3.發票左上角一定有校驗碼或者機器編號。4.金額、稅額合計欄要比上面明細項的金額、稅額字號要大，這個與價稅合計的小寫的字號是一致的。5.購買方和銷貨方納稅人識別號不是與其他三行左對齊的，是後縮1個字元的位置開始的。6.貨物名稱、規格型號應與所在格左對齊。金額、稅額與所在格右對齊。7.¥符號要注意樣子，假髮票的樣子和真發票的不一致。8.航天金稅系統開具的發票納稅人識別號的間距比百旺金賦的間距要大些。9.價稅合計大寫的×，○×是連在一起的，中間沒有距離，並且×的兩條線是垂直的。大寫的漢字之間是有距離的。10.收款人、複核、開票人應都靠左一些。11.很多問題發票的整張發票的字型字號都與真發票不一致。12.對於有疑問的發票，不能判斷或者確認不好，一定要與真發票去比對，仔細觀察，一定會有破綻的。
增值稅普通發票存在的問題：
1、假髮票。發票本身是偽造的。
2、真發票，發票開具不規範。比如付款方單位名稱錯誤、貨物名稱不在開票方經營範圍內，比如應開17%稅率，票面上的稅率為6%、3%，0等。
3、真發票，非稅控系統開具。就是大家經常說到的大頭票這種的。（"大頭小尾"發票是指填開發票時，將發票聯與存根聯分開填寫，發票聯的填開金額大於存根聯的金額。發現這種發票時，首先查驗發票存根聯有無複寫印跡，筆跡是否同出一人，而更有效的方法是將有疑點的發票開出單位的同組發票存根聯進行核對。）目前來說：國稅分航天金稅和百旺金賦兩個開票系統供應商，這兩個系統開出來的發票是有部分差異的。就增值稅普通發票來說：1、發票左上角，航天金稅系統開具發票的是帶有校驗碼，百旺金賦系統開具發票的是帶有機器編號，百旺金賦開具發票的校驗碼在備註欄。這個是很重要的區分點。2、航天金稅系統開具的發票密碼區為84位或108位，並且*為六角星。百旺金賦系統開具的發票密碼區為112位，*為五角星。3、航天金稅系統開具的發票納稅人識別號及文字的間距比百旺金賦的間距要大些。
4、兩個系統開具的發票字型上是有差別的。增值稅普通發票網上查詢本身有一定困難，因為有些省市可以網上查到，有些不能，這個時候觀察辨別法還是蠻有效的。我們假設判斷的前提為列印的密碼在密碼區的位置比較合適，如果不合適，相當於發票票面列印整體錯位了，也可以比照下列方法進行判斷。1.開票日期與印刷的“開票日期”的位置幾乎處於同一行。2.航天金稅系統開具的發票密碼區為六角星，百旺金賦系統開具的發票密碼區為五角星。3.發票左上角一定有校驗碼或者機器編號。4.金額、稅額合計欄要比上面明細項的金額、稅額字號要大，這個與價稅合計的小寫的字號是一致的。5.購買方和銷貨方納稅人識別號不是與其他三行左對齊的，是後縮1個字元的位置開始的。6.貨物名稱、規格型號應與所在格左對齊。金額、稅額與所在格右對齊。7.¥符號要注意樣子，假髮票的樣子和真發票的不一致。8.航天金稅系統開具的發票納稅人識別號的間距比百旺金賦的間距要大些。9.價稅合計大寫的×，○×是連在一起的，中間沒有距離，並且×的兩條線是垂直的。大寫的漢字之間是有距離的。10.收款人、複核、開票人應都靠左一些。11.很多問題發票的整張發票的字型字號都與真發票不一致。12.對於有疑問的發票，不能判斷或者確認不好，一定要與真發票去比對，仔細觀察，一定會有破綻的。