帶走了大蛇丸的萬蛇，召集了水月，香磷，重吾組成“蛇”小隊去找鼬，中途遇到迪達拉，迪達拉不敵佐助選擇自爆，佐助利用萬蛇逃過一劫，不過也受了傷。鳴人等人知道佐助離開大蛇丸後去找他，中途鳴人遇到鼬，鼬送了他一點小禮物，離開後找到佐助並讓他一人去宇智波老宅，鳴人的影分身遇到佐助，知道佐助下落後追去，被斑阻止，此時絕帶來訊息，兄弟大戰結束，佐助勝鼬死了，斑搶在鳴人之前將佐助帶回了曉斑表明身份後告訴佐助鼬滅族的原因，佐助將“蛇”小隊改名“鷹”小隊加入曉，誓要向木葉高層復仇，第一個任務便是前往雷之國收服八尾木葉方面得知了自來也被殺的訊息，鳴人悲痛之時立誓要為師報仇，深作留下聯絡蛙後將鳴人帶回妙木山修仙術佩恩殺了自來也後來到木葉，眾人不告知其鳴人下來，佩恩大開殺戒，靜音，卡卡西均戰亡鳴人在妙木山知道聯絡蛙被殺（團藏乾的，他不想鳴人回來，他也不去參戰），利用反召喚術回到木葉以仙人模式與佩恩大戰，但不敵被擒，雛田為救鳴人加入戰場（還表白了）受傷，鳴人爆發九尾（大和出任務去了），就在他要撕下封印九尾化時，四代出現阻止了他四代告訴鳴人他的身世，並將其封印修好，鳴人冷靜後將佩恩打敗，利用仙術的反追蹤找到長門，長門被鳴人說服後，犧牲自己讓木葉眾人復活綱手因力量使用過度昏睡不醒，團藏藉機上位成為六代火影，並對佐助下了洙殺令佐助要脫離曉前往木葉（當然是去報仇的），中途被斑攔截，告訴他木葉已被毀，且針對曉，就要召開五影會議（終於又可以看到我愛羅啦），佐助改變方向前往五影會議所在地雲忍來到木葉（八尾是他們師傅，真正的八尾並沒有被佐助抓獲），告知佐助已經加曉（其實這時佐助已經想退出曉了）鳴人聽後雖覺悲痛但仍決定要跟他們一起去找八尾