明教源於波斯國，唐時傳至中土。當時稱為妖教。唐皇在各處敕建大雲興明寺，為明教的寺院。明教教義是行善去惡，眾生平等，若有金銀財物，須當救濟貧眾，不茹葷酒，崇拜明尊。元末時期，武林六大門派圍攻明教聖壇駐地——光明頂，意圖殲滅明教，是張無忌解除明教危機，並當上教主。

後來張無忌隱居大漠，傳位於楊逍。小說中認為明太祖朱元璋出身此教，明朝國號即源於此秘事。後來朱元璋建立明朝後，為了加強專制，而滅了明教。元朝末年，明教首領韓山童稱明王，率三千明教徒起義，掀起紅巾軍起義。

歷史上的明教是源自韓林兒。韓被元軍捕殺後，其子韓林兒被劉福通擁立，韓林兒號稱是宋徽宗的八世孫，他們提出的口號有兩句，叫“山河奄有中華地，日月重開大宋天。”韓林兒號稱“小明王”。朱元璋投入紅巾軍，奉小明王為主。後沿用小明王的稱號，定國號為“大明”。朱元璋定國號“大明”，正是承繼小明王而來，據說這也是劉基的主意。

朱元璋手下的將領，大都是明教教徒，因此朱元璋定國號為大明自然順理成章，而且這樣還意味著朱元璋就是明王降世，這樣有助於穩定人心。要說明教和明朝的關係，其實並沒有那麼深，混跡於宗教的人怎麼能不懂得宗教的各種鬥爭。所以在朱元璋上臺之後，最先想到的就是剿滅明教，當然其他的也不放過。

綜上所述，歷史上明教是確實存在的。

明教是摩尼教，可以說是學術界的主流意見——也有反對這個說法的，比如認為明教是唐朝以後印度婆羅門教在中國的名稱，但是沒有得到普遍認同——從《倚天屠龍記》的字裡行間，也可以看出金庸先生參考過吳晗的《明教與大明帝國》這篇長文，明朝國號承襲自明教，但在明朝建立的當年，朱元璋即禁明尊教，這些都是吳晗的觀點。

當然，也有學者認為所謂明王出世，指的是佛教中的孔雀明王，而不是明教主神明使，白蓮教三世佛的交易與明教二宗三際的比附純屬牽強附會。

然而，不管明朝與明教是否有直接的關聯，明教真的存在是無疑的，如前所述，它就是摩尼教Manicheism，發源於古波斯薩珊王朝時期，具體來說是3世紀中葉波斯人摩尼（Mānī）所創立的一種宗教，約於6至7世紀傳入中國新疆地區，後來逐漸流佈到中原地區。

歷史上確實有借明教教義進行的起義，但是金庸先生筆下宗旨明確、組織嚴密的武林門派型的明教極大可能只是文藝筆法的虛構。

明教被視為魔教並不是金庸有意為之，而是歷史慣例。

宋以前，明教被稱為摩尼教。創始人為摩尼（Manni 216-約274年）。他是波斯安息王室的親戚，24歲時突然頓悟，從波斯走海路向印度傳教。回來後受到波斯國王沙卜爾（Shapur）支援，獲准在帝國範圍內任意地方旅行傳教。他派使徒阿伏（Adda）等向羅馬帝國佈道，派末冒（Mar Ammo）等向東方傳教。後受奸人所害，慘死在獄中。

摩尼教大約在唐高宗年間開始傳入中國（650-683年），起初摩尼教在中國的傳播並不順利，受到佛教、道教的大肆攻擊。他們批判它為“邪見，妄稱佛教”。到唐開元二十年（732年）七月朝廷下令禁止摩尼教，但對於一些中上層的胡人，朝廷有意放他們一馬“不須開罪”。

摩尼教真正受到唐王朝的大力支援。是在安史之亂後，唐由盛轉衰，不得不借助回鶻來剷除內亂。回鶻本信薩滿教，後因摩尼僧人與薩滿教辯論三晝夜，回鶻上下無不被摩尼教博大精深的教義折服，於是舉國上下無不以信仰摩尼教為榮。

在回鶻的影響下，摩尼教得以回到中土繼續傳教，一時間，從東南遍及中原大地，教徒們紛紛“白衣白冠”。

從摩尼教初次進入中國，到北宋末年，將近六百年多年的時間內。摩尼教時被禁止，時被支援。在這發展的過程中，它逐漸分裂成兩個不同教派：一是被上流社會所推廣，依舊稱為摩尼教，二是被下層社會所接受稱”明教“。以正統自居的摩尼教徒稱下層所信仰的“明教”為“吃菜事魔”。

明教到了元朝，在當朝寬鬆的宗教政策下，大力發展，與白雲宗、白蓮宗相互融合。元朝末年的農民起義，現在一般認為是白蓮教領導，但明教為它提供源源不斷的口號支援。比如：天遣魔君軍殺不平，待看日月雙平照，不平人殺不平者，殺盡不平方太平。”其中“魔軍”、“日月”則來源於摩尼教二宗（明暗或善惡）三際信仰。

後朱元璋正式建立明朝，禁止各種異端邪說，摩尼教當然也包括在內，但並沒有阻止“明教”向地下發展。到清朝時它又與齋教相融合，教徒們互稱“道友”，聚會於“道場”聚會時“燃巨燭十六或十二”跟現在的燭光晚餐有點相似。