USB的協議本身的缺點有：

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1. 協議是非對等協議，必須有主機支援，無法搭建星形結構或者匯流排式結構，整個裝置樹必須有個根節點，裝置與裝置之間無法直接通訊，相對而言，乙太網和串列埠都是對等的通訊系統。

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2. Host（主機）端協議棧過於龐大複雜，很難小型化。一個最小的USB Host驅動需要幾千行程式碼實現，如果再配置裝置驅動，程式碼可能上萬行（以C語言計），而串列埠協議棧則很簡單，TCP/IP協議棧雖然複雜，但鏈路層不需要協商。USB裝置通訊的前提是使用USBD建立裝置連結，這個過程複雜而麻煩，網路和串列埠都可以無連結的方式直接發包。

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3. 控制器驅動難寫。寫過EHCI驅動的都知道這東西很麻煩，但網絡卡驅動往往非常簡單，對比之下簡單的網絡卡驅動可能在千行左右，串列埠驅動就更簡單了。這一條以及上一條就限制了USB在低配置的裝置上使用（比如記憶體只有32K的微控制器，要跑USB很困難）

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4. OTG協議複雜，OTG目標是實現USB主機和裝置之間的靈活切換，但代價是更復雜的驅動。

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5. 通訊距離過短。

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所以，USB適用於那種有一個功能強大的主機帶動多個裝置場景，但不太適用於對等通訊或者小裝置之間的通訊。