喜馬拉雅山脈南北兩側氣候迥異。山南氣候暖熱溼潤。如墨脫（海拔1130米）和樟木(2300米)兩地，最熱月均溫分別達22.1℃和17.3℃，年降水量分別為2300毫米和2800毫米，位於山麓的巴昔卡（157米）的年降水量則超過4400毫米。山北溫涼乾燥，一般最熱月均溫多低於10℃,年降水量少於400毫米。氣候垂直變化明顯。南北兩坡的地形、水文、生物、土壤及農業生產差異均大。以喜馬拉雅山脈東段為例，南坡地勢險峻，河網密，流水侵蝕強，原始森林蔥鬱，植物種類豐富，森林土壤多樣。山地垂直帶是：①海拔1100米以下的低山丘陵為熱帶雨林和委雨林－磚紅壤性土壤帶。②1100～2300米為山地亞熱帶常綠闊葉林-黃壤帶。③2300～2900米為山地暖溫帶針闊葉混交林－黃棕壤和棕壤帶。④2900～4100米（森林上限）為山地寒溫帶雲、冷杉暗針葉林-暗棕壤和漂灰土帶。 ⑤森林上限～4400米為亞高山寒帶杜鵑、山柳等灌叢和高山嵩草草甸－亞高山灌叢土和高山草甸土帶。⑥4400～4800米(雪線)為地衣、苔蘚與座墊植物等組成的高山冰緣稀疏植被－寒凍土帶，雪線以上為高山永久冰雪帶。垂直自然帶屬海洋性溼潤型系統。種植上限不超過4000米。在山麓谷地內可種植水稻、雞爪谷、玉米與小麥等多種作物，一年兩至三熟。可種茶樹、甘蔗、甘橘與香蕉等。密林中常見麂、麝、黑熊、猴、小熊貓、各種毒蛇和羽毛鮮豔的鳥禽等。北坡地勢相對和緩開闊，海拔一般在4000米以上，氣候寒冷乾燥。湖盆與寬谷地形發育,河流稀少,乾旱剝蝕較強，森林面積驟減，除東部河谷地區有森林分佈外，海拔5000米（高山草甸帶下限）以下多為紫花針茅等禾本科植物組成高山草原帶。海拔4000米以下較溫暖的河上游與中游寬谷則為山地灌叢草原帶，屬草原土壤型別。垂直自然帶屬大陸性半乾旱型系統。大部分地區為天然牧場,僅沿河沃土闢為耕地,可種植青稞、小麥、油菜和豌豆等作物，一年一熟。最高種植上限在聶拉木附近海拔4760米處，有野犛牛、藏原羚、旱獺、鼠兔和狐等野生動物。　　喜馬拉雅山脈東溼西幹，西段（東經85°、吉隆一帶以西）的山麓地帶已無熱帶森林，並在乾燥河谷中出現長葉松、長葉雲杉及霸王鞭類漿質刺灌叢。