在中國史上，清朝當之無愧的可以成為擁有領土頗為廣泛的王朝，乾隆朝在維護和統一國家主權領域做出了突出貢獻，加強了對邊疆的管轄。

乾隆任用張廣泗，採用了安撫為主，征討為輔的手段很快平息了古州、臺洪苗疆的叛亂。他謹慎地選取苗疆的官員，又減免了苗疆的賦稅、充分尊重的苗疆的風俗、屯田等、減輕苗疆百姓對清朝的不滿情緒。

眾所周知瞻對之戰是乾隆在位期間的首次軍事活動。瞻對處於現在四川省甘孜新龍縣附近，瞻對人民英勇強悍，時常進行竊奪的行為，擾亂居民。乾隆剛稱帝，乾隆便下旨對其征伐，經過一年苦戰，清軍勝利。後來引發了第一次金川之役。乾隆十二年（1747年），乾隆帝鎮壓了位於中國的西南部大金川土司莎羅奔引起的騷亂，稱作“一平金川”。

乾隆三十六年（1771 年），乾隆帝再次鎮壓了大小金川引發的騷亂，稱作“二平金川”。

在乾隆執政期的軍事行動中“兩平金川”所消耗的人力和物力是最多的，雖然平定的過程不如人意，但結果是成功的，尤其對“改土歸流”起到了鞏固的作用。保衛了中國的領土、大力推動了西南地區的發展和西南各民族之間的融合。

乾隆十五年（1750 年），藏王珠爾墨特因叛亂謀反被在藏族的大臣傅清與拉布敦處於死刑，其殘留的黨羽意圖謀害在藏區的官員，乾隆皇帝下令讓策楞帶領八千士兵去藏族平反。發生叛亂後的第二年雙方簽署了《西藏善後章程》，明確了達賴喇嘛作為政治宗教一體的象徵與駐藏使臣一同治理西藏的機制。

乾隆五十三年（1788 年）和乾隆五十七年（1792 年），乾隆帝兩次舉兵防止廓爾喀攻打西藏。乾隆五十三年（1788 年），廓爾喀攻打西藏，康安領導下的軍隊戰勝了廓爾喀軍，並且一直攻打到廓爾喀的國都陽布，最終廓爾喀不得已停止戰爭，與清朝和解。

乾隆五十七年（1792 年），廓爾喀賊心不死再次發動對西藏的攻擊，乾隆帝再次鎮壓廓爾喀時，大將軍福康安帶領八旗作戰勇猛，大敗廓爾喀軍，加強了清朝對西藏的管轄。“兩平廓爾喀”不僅保衛了清朝邊疆國土和維持了百姓的安寧幸福，也打消了廓爾喀再次侵佔中國的念頭。清政府在平定廓爾喀時出臺了《欽定藏內善後章程》和實施“金瓶掣籤”體制，強化對西藏的治理，維護了領土完整。

乾隆二十年（1755 年）五月，清政府攻佔伊犁，達瓦齊在戰亂中逃到南疆烏什。阿睦爾撒納圖謀當四部總汗未遂，於當年八月發動反清起義，被乾隆帝鎮壓。乾隆二十二年（1757 年），因為內亂和北疆區域痘疫的傳播，阿睦爾撒納逃跑至哈薩克，又逃到沙俄，感染了天花死亡。至此在清朝前期和中期騷擾中國西北地區長達幾十年的準噶爾部終於被消滅。

乾隆二十二年（1757 年），投靠清朝的小和卓叛逃，投奔大和卓，大小和卓兄弟宣告獨立。他們的統治慘無人道，乾隆二十三年（1758年）到乾隆二十四年（1759年），清政府為解救處於水深火熱中的南疆百姓，出兵平定了大小和卓。清朝收回了新疆地區，從此天山南北全部屬於清朝的領土。在清軍平定此次戰亂後，乾隆帝將西域賦予“新疆”的名號，並將其歸於伊犁將軍管轄，新疆至此迴歸了清政府的版圖。

乾隆五十一年（1786 年）十一月，林爽文率眾起義。十二月，臺灣天地會領袖林爽文發動農民起義，眾舉林爽文為盟主大元帥，建元順天 。起義席捲臺灣北部，並在前期屢敗清軍。乾隆五十二年（1787年）八月，福康安被任命為將軍、海蘭察被任命為參贊大臣，指揮水軍跨海。乾隆五十三年（1788 年）正月初，清軍多路出擊，採用了優良兵隊集中攻擊及逐個分化的手段鎮壓了林爽文的反叛，並將逃到老衢崎的林爽文逮捕，送到北京處死。

對外的軍事行動，清緬戰爭指清政府與緬甸兩方為爭奪邊疆領域和能源的使用權爆發的戰役。乾隆二十七年（1762 年）冬，緬甸對中國雲南普洱發起了進攻，清朝為保全自己的領土完整開始了抗戰，在乾隆三十四年（1769 年）十一月十六日清緬雙方簽訂了停戰和解協議。緬甸認可並屈服於實力優越的清朝。清越戰爭是乾隆五十三年（1788 年）末到乾隆五十四年（1789 年）初清朝和越南爆發的戰爭。

乾隆五十二年（1787 年），越南的阮文惠廣南王為使越南完成統一的任務，對越南北部發起了進攻。乾隆帝則出軍幫助越南北部。最後阮文惠廣南王停止戰爭與清朝達到和解、並主向清朝進貢。

客觀而言，乾隆對於國家主權的維護，有一定的促進作用。平定新疆，西藏。進一步加深了中央政權對於邊疆的統治力。僅在乾隆一朝來看，客觀上的維護主權統一，有一定貢獻。