萬曆皇帝在位一共48年。萬曆皇帝在位的前十年，因為年幼由李太后聽政，李太后將一切軍政大權交給了名臣張居正。可以說，前十年都是張居正在統領大明王朝，創立了萬曆中興，全國上下一片繁榮。

萬曆皇帝的後三十八年基本沒有上朝，歷史記載一直以為萬曆皇帝懶政，是個昏庸無道的皇帝。其實不然，萬曆皇帝還是一個比較有作為的皇帝，起碼不是一個昏庸的皇帝。至於長達三十多年沒有上朝的原因直到他的陵墓—明朝十三陵其中的定陵被髮掘才被揭秘，也是中國第一個主動發掘的皇帝陵寢。當考古專家開啟萬曆的棺材，才發現萬曆的腳一長一短，有明顯的殘疾，這就是萬曆長達三十年不上朝的原因。

萬曆在位48年，君臣關係和諧的時期比較少，君臣長期處於一種對抗的狀態，萬曆並沒有找到好的駕馭臣下的方法。下面分時期論述:

第一:與文官集團的第一次衝突

這次衝突的源頭是官員彈劾張居正任人唯親，不顧國家利益。這一年，萬曆12歲，他和張居正的關係正處於蜜月期，自然而然站在張居正這邊。萬曆當即決定將第一個攻擊張居正的人革職，貶為庶人；將第二個攻擊者視為蔑視君上，打屁股一百下。在萬曆的打壓之下，再也沒有人敢質疑張居正。

第二:與文官集團的第二次衝突

這一次，又是因為張居正!張居正的父親去世，按照慣例，需要回鄉守孝三年。此時，正處於改革的關鍵時期，張居正不想回家，萬曆也不想他走。於是兩人自導自演了一出“奪情”的戲碼，這激起了大部分官員的強烈反對。萬曆一氣之下，以蔑視君上的罪名將反對他的官員拖到午門外大屁股，有的官員被貶為庶民，有些被髮配邊疆充軍。然而，這並沒有解決兩者之間的矛盾，反而愈演愈烈。

第三:與文官集團的第三次衝突

這一次衝突，持續的時間很長，也徹底激化了雙方的矛盾。矛盾的起因是萬曆要立他心愛的鄭貴妃的兒子為太子。文官集團自然不同意，在他們看來，這種廢長立幼的做法嚴重破壞了正常的道德秩序。一群人站出來反對，萬曆用的還是老方法，打屁股和貶官。然而並沒有什麼卵用，內閣大臣認為沒有能力輔佐皇帝，直接打辭職報告回家，引咎辭職。萬曆沒辦法，只好妥協。就這樣，兜兜轉轉，拖了好多年，太子才立了起來。

萬曆一直沒有找到好的駕馭大臣的方法，大臣只會按照他們堅信的道德標準要求皇帝，雙方僵持之下，萬曆選擇了消極怠工，眼不見心不煩，三十多年不上朝。除了一些軍國大事萬曆不敢怠慢之外，關於大臣的升遷、考核、退休等等問題，萬曆一概不理，這就造成了官僚隊伍管理上的混亂，國家行政系統逐漸崩塌，後果很嚴重。

總而言之，萬曆透過打屁股，貶官，不上朝等方式駕馭群臣並沒有取得良好的效果，反而造成了統治秩序的混亂。