伊賀（現三重縣西北部）與甲賀（現滋賀縣南部）是日本忍術二大發源地。平安末期、源平爭霸時代，直至鎌倉初期，也就是7世紀末到12世紀初這段期間，伊賀僅有一家上忍：服部。伊賀流忍術，在當時是天下一流的。後來，由於種種原因，服部家另外設立了“分店”，正是藤林、百地兩家。這是伊賀三大上忍的由來。 服部氏祖先原本是日本古代（6世紀中旬）豪族之一秦氏的後裔，而秦氏則是自中國吳國渡海過來的移民。秦氏不但傳授紡織技術給日本人，更在日本各地展開“新樂”公演，令日本人大開眼界。所謂“新樂”，是3世紀末到4世紀初，在中國非常發達的一種大眾藝能，內容包含歌舞、雜技、力技、魔術、偶人劇、口技，以及訓練犬、猴子、鳥等小動物表演節目的大眾娛樂。據說是融合西藏藝能與中國藝能的新型技藝。秦氏集團當時主要在中國南部都市與寺廟巡迴演出，日後組織逐漸膨脹，分散到中國各地。其中之二、三個樂團，為了尋求新天地，渡海到日本來。日本和服的傳統稱呼是“吳服”，語源正是取自秦氏出身的吳國。 服部氏是秦氏集團分組之一。至於何時移居伊賀？年代不大清楚。服部氏一族如何將“新樂”技能鑽研演繹成兵法忍術？也沒有詳細史料可追本究源。總之，服部一族於15世紀上旬離開老家，歸依三河大名松平清康（德川家康祖父），世代成為松平家家臣。服部一族中最有名的後裔是德川家康護衛武將之一，服部半藏正成（Hattori hanzou masanari，1542－1596）。 而服部一族為什麼又是德川家的世代貼身保鏢呢？再看下文便很清楚了。 本文之正題開始： 開始1582年6月2日，織田信長在京都本能寺遭遇家臣明智光秀叛亂，寡不敵眾，自戕身亡。這時，德川家康正在大阪府遊山玩水，當天還打算回京都與信長共聚一堂。途中抵達飯盛山時，接到信長斃命的速報。當時41歲的德川家康立即說要切腹殉死，後經家臣勸阻，沉思許久，才轉念為“應該舉兵為信長復仇”。然而此刻身邊護衛僅有80人左右，真要打起來，不要說是復仇了，就連自身性命也很難保。 家康與眾家臣們商討後，得出一條逃脫之路：便是從飯盛山一直線翻山越嶺到伊勢灣白子港，再搭船到愛知縣高濱港，逃回本國。從飯盛山到白子港之間，總計96公里，途中必須經過伊賀，因此在場的服部半藏正成，利用老家力量，召集了200名伊賀忍者與100名甲賀忍者，一路護衛家康逃脫叛亂現場。這就是歷史上著名的“翻越伊賀事件”。換句話說，這時若是沒有伊賀、甲賀眾忍者的助臂，日後也就不會出現德川幕府了。 此時，伊賀眾忍者會不顧性命保衛家康，也是有理由的。如果有人看過“梟之城”這部電影，應該記得片子開頭有一場屠殺伊賀忍者村的鏡頭吧？那正是前一年織田信長所下的命令，以4萬5千大軍攻擊2千忍者，殊死戰鬥長達10天。當時一些上忍、中忍們帶領著眾多下忍殺出重圍，逃到諸國。其中大部份都是逃進德川家康藩國內，在九死一生中撿回性命。因此換個角度來看，全程96公里、5夜6天的家康潛逃之行，其實也可以說是伊賀眾忍者們的報恩行動。 淡然對於本來因該無情的忍者來說 此次任務是他們的有情之戰 無論上忍，中忍，下忍都體現出了他們的忍道。（上忍：又稱“智囊忍”，專門策略作戰整體計劃。中忍：實際作戰時的指揮頭子，當然忍術也得超群出眾才行。下忍：又稱“體忍”，相當於現代的特殊部隊，在最前線實際作戰的忍者。） 日後，家康命令正成組織“伊賀組同心”（相當於現代的警察局），讓正成支配這些忍者。而正成也充分發揮了這個集團的特異能力，輔助家康走向奪取天下之路。遺憾的是，正成於54歲驟亡，長男服部半藏正就（masanari）繼承了他的地位，服部家的悲劇也跟著開場了。

伊賀當然是德川的鐵桿死忠服部半藏，甲賀就是戰國無雙二中的一個大眾臉護衛武將——猿飛佐助，同時也是真田十勇士之一。

忍者這個稱謂正式使用是在日本江戶時代，但忍者的歷史可以追溯到更加久遠的年代。據說在日本首次派遣“忍者”完成任務的是聖德太子。在當時，忍者普遍被稱為“忍”（shinobi），同時各個時代各個地區對忍者也有其特有的稱謂：如飛鳥時代稱為“志能便（shinobi）”，奈良時代稱為“斥候”，戰國時代叫法很多，其中流傳最廣是“亂波”，由武田信玄命名，而江戶時代使用的就是和今天一樣的“忍者”。 　　江戶時代是忍者這一名稱正式確立的時期，同時也是日本在德川家族統治下和平時期的開始，這導致忍者失去了活動的舞臺，作用越來越小，終至於淡出人們的視野。關於忍者活動的最後記載，是1637年的“島原之亂”，忍者作為幕府的部下參與了這場戰鬥。