灰色的果實總共有5條線，每條線分別有一個Good End和一個Bad End
入巢蒔菜：
BE：男主射殺了蒔菜的母親，但被隨後趕來的保安打成重傷，第二天和蒔菜碰面時由於傷勢過重死在蒔菜懷中。
GE：男主最後關頭猶豫，沒能射殺蒔菜的母親，被隨後趕來的保安擊傷，第二天和蒔菜匯合後兩人逃往外地，最後蒔菜開了一家麵包店，同時繼承了男主9029的稱號，閒暇之餘執行暗殺任務。
周防天音：
BE：兩人選擇分開逃跑，男主被犯人擊傷，天音挺身而出襲擊犯人，但被打成重傷。男主最後成功殺死犯人，但天音死在他懷中。
GE：兩人選擇一起逃跑，男主設計戳瞎了犯人的眼睛，制服了犯人。犯人於一周後死於“事故”。男主和天音結婚，有了女兒，女兒後來也嫁人了，有了孫女。男主若干年後死於癌症，又過了幾年，天音也在安詳的表情中辭世。
小嶺幸：
BE：幸覺得只有殺死自己才能徹底結束對母親甦醒的恐懼，但是她下不了手，她衝出病房，結果像當年自己的父母一樣被車撞死了。
GE：幸覺得只有殺死母親才能徹底結束對母親甦醒的恐懼，但是她下不了手，男主帶她去了老家，結果她發現父母已經將機器全部賣掉，將倉庫裡貼滿了充滿三人幸福回憶的照片，並且給她留了一封信，他們已經換了工作，這樣以後就能有更多時間陪她。幸終於明白原來自己一直被父母深愛著。
松島滿：
BE：小滿去了醫院之後突然有自殺傾向，飲入過量安眠藥，雖然及時發現撿回一條命，但對大腦造成永久損傷，對一切事物都變得麻木。
GE：小滿決定抹殺自己本來的人格，讓另一個人格接管她的身體。男主強行喚醒她本來的人格，用假死的方式讓她體會到死亡並不是一切的終結，永遠不要選擇逃避。最後小滿兩個人格都存活下來，同時還去看望了另一個人格生前的母親。
榊由美子：
BE：兩人選擇繼續逃亡。在逃亡了兩年之後，由美子的父親放棄了對他們的追逐，另外找了一個人做繼承人，同時斷絕了和由美子的父女關係。兩人結婚生女，男主向由美子保證有朝一日讓她和父親和好。
GE：兩人選擇直面對抗。男主大膽地帶著由美子回到學校，用商戰的方式剝奪了由美子父親在公司的職位，這樣他就失去了讓由美子強行繼承的意義。
由美子父親最後選擇將資產全部轉移給女兒，由美子拿著這筆錢創辦了自己的企業，成為了明星企業家。兩年後，男主去看望由美子父親，告訴他有朝一日由美子也能拯救她。5年後，兩人帶著女兒外出寫生，提到了和由美子父親已經和好的事實。
擴充套件資料
灰色的果實的劇情：
在兒時父母因為姐姐風見一姬有著超高的繪畫天賦而寵愛她，但卻對風見雄二很冷淡，只有風見一姬可憐他（並且暗戀他）。
但是風見一姬數年前由於事故失蹤（後來成為了塔納託斯系統的一部分），使原本對她有這種大期望的父親成天喝酒，還經常因為斷了酒打風見雄二和他母親，讓他母親帶著風見雄二離開了父親。
但是第二年，風見雄二的父親又找到了他們母子，在情急之下風見雄二用酒瓶打死了他父親，母親為了保護他寫下了遺書並自殺。在醫院裡的風見雄二被恐怖分子希斯·奧斯陸收養，並每天扮著風見一姬的樣子。
在希斯·奧斯陸發現風見雄二殺人的潛能後把他送到了自己建立的恐怖分子培訓學校參與培訓，畢業後根據希斯·奧斯陸的指示到處殺人，被情報局名為“恐怖孩子1號”。再一次對希斯·奧斯陸的圍攻中，特警日下部麻子發現了雄二（希斯·奧斯陸逃走），並收養了他。
不過麻子在灰色的迷宮中因病（舊傷引發）逝世，雄二根據自己的意願加入了“會社”的“掃除人”，獲得了“9029”的稱號。之後參加美國海軍陸戰隊，認識了一些在日後會幫助他的朋友。在參軍結束後因想要過正常的生活來到了美濱學園。
來到美濱學園後，與學園內的五名美少女相遇。雄二在與她們的相處中知曉了她們那埋藏心底的過去經歷，並從心靈上給予他們救贖。好景不長，他曾經的養父希斯奧斯陸攜帶著核武器來到了日本，目標是塔納託斯系統。
雄二奉命去狙擊希斯奧斯陸，可是失敗了，於是他被日本政府軟禁起來作為與奧斯陸談判的籌碼。隨後學園內的五名美少女在塔納託斯小姐的幫助下成功救出了雄二，但是雄二為了和自己的過去徹底訣別，親自去殺奧斯陸。
雖然成功幹掉了奧斯陸，雄二也受了重傷。在醫院躺了兩年後，他回到了太平洋上的麻子留給自己的小島，和後宮成員們度過後面的人生。在灰色的樂園結局，和松島滿育有一女。
灰色的果實總共有5條線，每條線分別有一個Good End和一個Bad End
入巢蒔菜：
BE：男主射殺了蒔菜的母親，但被隨後趕來的保安打成重傷，第二天和蒔菜碰面時由於傷勢過重死在蒔菜懷中。
GE：男主最後關頭猶豫，沒能射殺蒔菜的母親，被隨後趕來的保安擊傷，第二天和蒔菜匯合後兩人逃往外地，最後蒔菜開了一家麵包店，同時繼承了男主9029的稱號，閒暇之餘執行暗殺任務。
周防天音：
BE：兩人選擇分開逃跑，男主被犯人擊傷，天音挺身而出襲擊犯人，但被打成重傷。男主最後成功殺死犯人，但天音死在他懷中。
GE：兩人選擇一起逃跑，男主設計戳瞎了犯人的眼睛，制服了犯人。犯人於一周後死於“事故”。男主和天音結婚，有了女兒，女兒後來也嫁人了，有了孫女。男主若干年後死於癌症，又過了幾年，天音也在安詳的表情中辭世。
小嶺幸：
BE：幸覺得只有殺死自己才能徹底結束對母親甦醒的恐懼，但是她下不了手，她衝出病房，結果像當年自己的父母一樣被車撞死了。
GE：幸覺得只有殺死母親才能徹底結束對母親甦醒的恐懼，但是她下不了手，男主帶她去了老家，結果她發現父母已經將機器全部賣掉，將倉庫裡貼滿了充滿三人幸福回憶的照片，並且給她留了一封信，他們已經換了工作，這樣以後就能有更多時間陪她。幸終於明白原來自己一直被父母深愛著。
松島滿：
BE：小滿去了醫院之後突然有自殺傾向，飲入過量安眠藥，雖然及時發現撿回一條命，但對大腦造成永久損傷，對一切事物都變得麻木。
GE：小滿決定抹殺自己本來的人格，讓另一個人格接管她的身體。男主強行喚醒她本來的人格，用假死的方式讓她體會到死亡並不是一切的終結，永遠不要選擇逃避。最後小滿兩個人格都存活下來，同時還去看望了另一個人格生前的母親。
榊由美子：
BE：兩人選擇繼續逃亡。在逃亡了兩年之後，由美子的父親放棄了對他們的追逐，另外找了一個人做繼承人，同時斷絕了和由美子的父女關係。兩人結婚生女，男主向由美子保證有朝一日讓她和父親和好。
GE：兩人選擇直面對抗。男主大膽地帶著由美子回到學校，用商戰的方式剝奪了由美子父親在公司的職位，這樣他就失去了讓由美子強行繼承的意義。
由美子父親最後選擇將資產全部轉移給女兒，由美子拿著這筆錢創辦了自己的企業，成為了明星企業家。兩年後，男主去看望由美子父親，告訴他有朝一日由美子也能拯救她。5年後，兩人帶著女兒外出寫生，提到了和由美子父親已經和好的事實。
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灰色的果實的劇情：
在兒時父母因為姐姐風見一姬有著超高的繪畫天賦而寵愛她，但卻對風見雄二很冷淡，只有風見一姬可憐他（並且暗戀他）。
但是風見一姬數年前由於事故失蹤（後來成為了塔納託斯系統的一部分），使原本對她有這種大期望的父親成天喝酒，還經常因為斷了酒打風見雄二和他母親，讓他母親帶著風見雄二離開了父親。
但是第二年，風見雄二的父親又找到了他們母子，在情急之下風見雄二用酒瓶打死了他父親，母親為了保護他寫下了遺書並自殺。在醫院裡的風見雄二被恐怖分子希斯·奧斯陸收養，並每天扮著風見一姬的樣子。
在希斯·奧斯陸發現風見雄二殺人的潛能後把他送到了自己建立的恐怖分子培訓學校參與培訓，畢業後根據希斯·奧斯陸的指示到處殺人，被情報局名為“恐怖孩子1號”。再一次對希斯·奧斯陸的圍攻中，特警日下部麻子發現了雄二（希斯·奧斯陸逃走），並收養了他。
不過麻子在灰色的迷宮中因病（舊傷引發）逝世，雄二根據自己的意願加入了“會社”的“掃除人”，獲得了“9029”的稱號。之後參加美國海軍陸戰隊，認識了一些在日後會幫助他的朋友。在參軍結束後因想要過正常的生活來到了美濱學園。
來到美濱學園後，與學園內的五名美少女相遇。雄二在與她們的相處中知曉了她們那埋藏心底的過去經歷，並從心靈上給予他們救贖。好景不長，他曾經的養父希斯奧斯陸攜帶著核武器來到了日本，目標是塔納託斯系統。
雄二奉命去狙擊希斯奧斯陸，可是失敗了，於是他被日本政府軟禁起來作為與奧斯陸談判的籌碼。隨後學園內的五名美少女在塔納託斯小姐的幫助下成功救出了雄二，但是雄二為了和自己的過去徹底訣別，親自去殺奧斯陸。
雖然成功幹掉了奧斯陸，雄二也受了重傷。在醫院躺了兩年後，他回到了太平洋上的麻子留給自己的小島，和後宮成員們度過後面的人生。在灰色的樂園結局，和松島滿育有一女。