三國時，諸葛亮徵雲南到了深山老林，士兵染上瘴芞，被孟獲之兄孟優所救。瘴氣是在深山中由於空氣不流通，腐爛的樹葉和動物的糞便所造成的有毒氣體或者有毒水源。

煙瘴甚起，惟未、申、酉三個時辰可往來；餘者時辰，皆瘴氣密佈，觸之即死。隱者告曰：“此間蠻洞多毒蛇惡蠍，柳花飄入溪泉之間，水不可飲；但掘地為泉，汲水飲之方可。”

南方多瘴，瘴氣是山林惡濁之氣，發於春末，終於秋末。獨有南交（越南南部）以南以西的瘴氣卻不如此，可以說四時都有，危害更大。

多瘴的地方，基本以純石疊成，一無樹木，雨淋日炙，溼熱重蒸，加以各路毒物的痰涎糞便，灑布其間。河流溪水不是五顏六色，就是腥穢逼人的。所以上文中萬安隱孟節提醒諸葛亮不要喝溪中的水。

那瘴氣究竟是什麼呢？

一種說法是，瘴氣是熱帶原始森林裡動植物腐爛後生成的毒氣，因為無人處理動物的屍體，加上熱帶氣溫過高，為瘴氣的產生創造了有利條件。

中醫中的瘴也類似於此， 指南方山林中溼熱蒸鬱能致人疾病的有毒氣體，淤積不散，人吸入則得病或致死。

另一種說法是，瘴氣包括在水網密集地帶孳生的大批蚊蟲，寄生蟲（比如血吸蟲），以及它們傳播的瘧疾、痢疾等傳染性疾病。

華人稱瘧疾為瘴氣，在義大利語當中，瘧疾叫“陰風”，可謂如出一轍。中國西雙版納有幾句民謠：“十人到勐臘，九人難回家；要到車佛南，首先買好棺材板；要到菩薩壩，先把老婆嫁”非常生動地描述了瘧疾對人類的危害。

由於古人並不具備現代的醫學知識，對於上述不同情況，並不能有效區分，即以南方蠻獠之地多瘴氣為通稱。

所以，瘴氣的危害和恐怖一方面來自本身，另一方面來自人們對它的不熟悉。隨著人類對南方的開發，瘴氣的範圍也是越來越小，人們對付瘴氣的經驗也越積累越多，瘴氣已經談不上是對人類的威脅了。

在三國演義中有這樣的一段描寫：

諸葛亮的大軍征討南蠻孟獲，士兵喝了當地的水，就腹瀉嘔吐，人事不省。諸葛亮遇到一個鄉野隱士，被告知“此間蠻洞多毒蛇惡蠍，柳花飄入溪水之間，水不可以飲。”中原人把這種瀰漫在空氣中的毒氣，叫做瘴氣。那麼在很多書中看到的所謂瘴氣，究竟是什麼呢？

自秦始皇統一六國之後，就開始派遣大軍征伐南越之地。在那個時候，中原人開始感覺到了南方的確和北方不一樣，有一種“溼”和“暑”的感覺。在《史記.南越列傳》中，記載了呂后派遣周杜，攻打自稱為南越武帝的趙佗，其中很多中原的漢兵來到南方後就出現“會暑溼，士兵大役，兵不能逾嶺”等這樣的記載。

《漢書》也記載，漢武帝在對匈奴用兵之前，想試試自己手下計程車兵能否打仗，就打算先拿南越試試手，這時候，淮南王就告誡漢武帝，不要這樣做，南方癉熱，多溼氣，各種毒蛇和怪蟲很多，要是派兵過去，恐怕戰還沒有打，軍隊就要死去三分之一了。

原話為“南方暑溼，蝮蛇蠢生，疾癘多作，兵為血刃而病死者什二三”。

由此可見，在當時，南方的溼毒之氣對於北方人是多麼可怕。著名的伏波將軍馬援攻打交趾（就是現在的越南）得時候就說過此地的環境“下潦上霧，毒氣重蒸”。可見這裡得毒氣應該就是後人小說中的瘴氣了。

到了清朝時期，乾隆派兵征伐大小金川，就有這樣的記載：“重山疊嶂，霧重風高，山嵐瘴氣，多寒少暑”。

大小金川，就在如今得四川等地，在雲貴川等地，因為溼氣較重，所以當地得人吃辣椒較多，這也就為啥四川菜以麻辣為主，中原的臘肉多是被風乾，因為氣候允許，而川貴等地的臘肉因為多霧氣而少Sunny，才需要用柴火燒來風乾臘肉，才有煙燻臘肉這樣的地方特色臘肉。

我自己就曾經因為機緣巧合去過貴州讀書，本地人喜歡吃辣，作為北方人的我沒有辦法，只好入鄉隨俗，但是或許是因為身體不適應的原因，天天吃辣，加上當地的溼氣很重，使得我全身長滿了溼症，奇癢無比，在那個時候我才清楚，古時候把中原人發配過來，其實就是要那個人死得。因為水土不服的問題，真的會讓人全身難受死的。

因此可以看出，所謂的瘴氣，其實就是一種水土不服，如果在當地住的久了的話，身體也會慢慢的適應，但是因為古代的醫療條件太差，還有一些人身體孱弱，還沒有好，就直接死了也是有的，才有了所謂瘴氣傷人的說法。另一方面，瘴氣的說法，也是一種所謂民族歧視，認為蠻夷住的地方，連環境都野蠻。

所以說，對於歷史的一些現象，要根據的一些具體的情況，依據科學的角度來解釋，可能更為重要。