結局：真從昏迷中醒來，所見的卻是鎮魂曲的毀滅和即將消亡的彌賽亞要塞，失去信念依託的他在露娜瑪麗亞的懷裡痛哭不已。基拉獨身一人進入彌賽亞要塞的指揮部，在那裡等待著他的正是杜朗達爾。就在持槍相向的兩人以各自的理念發生激烈碰撞的時候，雷和塔麗亞也先後來到了這裡。槍聲響起，杜朗達爾倒了下去，然而開槍的卻是被基拉的話所打動而不願沒有明天的雷，塔麗亞讓基拉迅速撤出即將爆炸的彌賽亞要塞，自己則留下來陪伴杜朗達爾和雷。在眾人的注視下，彌賽亞要塞永遠地消失了；宇宙中滿目間只剩下無數的殘骸（劇終）。擴充套件資料：劇情簡介——《SEED Destiny》的故事發生在《SEED》故事的兩年後。起於歐普聯合領導人卡嘉麗·尤拉·阿斯哈與PLANT時任議長吉爾伯特·杜蘭達爾在PLANT殖民衛星的會面。當雙方討論到戰時流落到PLANT的歐普技術人員的去向問題時，同一殖民衛星中發生了機動戰士搶奪事件，三架新造機動戰士被名為“幻痛”的神秘武裝組織派特工潛入併成功搶奪走，該組織由名為“藍色宇宙”的極端組織所操控。此時身份為卡嘉麗保鏢的阿斯蘭·薩拉加入PLANT武裝部隊ZAFT飛行員真·飛鳥他們的隊伍，搭乘ZAFT戰艦“密涅瓦”號一同追討被搶奪走的幾架機動戰士。在戰鬥中，“密涅瓦”號奉命摧毀一個殖民衛星殘骸，以防止它撞上地球。他們發現一部分流亡的ZAFT軍士兵控制了殖民衛星殘骸以便讓它直接撞擊地球。在未能完全破壞墜往地球表面的殖民衛星殘骸之後，ZAFT軍士兵導致的殖民衛星墜落地球的訊息傳開了，這導致了地球聯合和ZAFT軍派系之間爆發了第二次戰爭。中立國歐普聯合和地球聯合結盟，前者也同時加入了“藍色宇宙”。這一系列突變導致了這三方之間與ZAFT軍發生了數次交火，與此同時阿斯蘭也暨由這一連串事件而返回了PLANT並加入ZAFT軍。
結局：真從昏迷中醒來，所見的卻是鎮魂曲的毀滅和即將消亡的彌賽亞要塞，失去信念依託的他在露娜瑪麗亞的懷裡痛哭不已。基拉獨身一人進入彌賽亞要塞的指揮部，在那裡等待著他的正是杜朗達爾。就在持槍相向的兩人以各自的理念發生激烈碰撞的時候，雷和塔麗亞也先後來到了這裡。槍聲響起，杜朗達爾倒了下去，然而開槍的卻是被基拉的話所打動而不願沒有明天的雷，塔麗亞讓基拉迅速撤出即將爆炸的彌賽亞要塞，自己則留下來陪伴杜朗達爾和雷。在眾人的注視下，彌賽亞要塞永遠地消失了；宇宙中滿目間只剩下無數的殘骸（劇終）。擴充套件資料：劇情簡介——《SEED Destiny》的故事發生在《SEED》故事的兩年後。起於歐普聯合領導人卡嘉麗·尤拉·阿斯哈與PLANT時任議長吉爾伯特·杜蘭達爾在PLANT殖民衛星的會面。當雙方討論到戰時流落到PLANT的歐普技術人員的去向問題時，同一殖民衛星中發生了機動戰士搶奪事件，三架新造機動戰士被名為“幻痛”的神秘武裝組織派特工潛入併成功搶奪走，該組織由名為“藍色宇宙”的極端組織所操控。此時身份為卡嘉麗保鏢的阿斯蘭·薩拉加入PLANT武裝部隊ZAFT飛行員真·飛鳥他們的隊伍，搭乘ZAFT戰艦“密涅瓦”號一同追討被搶奪走的幾架機動戰士。在戰鬥中，“密涅瓦”號奉命摧毀一個殖民衛星殘骸，以防止它撞上地球。他們發現一部分流亡的ZAFT軍士兵控制了殖民衛星殘骸以便讓它直接撞擊地球。在未能完全破壞墜往地球表面的殖民衛星殘骸之後，ZAFT軍士兵導致的殖民衛星墜落地球的訊息傳開了，這導致了地球聯合和ZAFT軍派系之間爆發了第二次戰爭。中立國歐普聯合和地球聯合結盟，前者也同時加入了“藍色宇宙”。這一系列突變導致了這三方之間與ZAFT軍發生了數次交火，與此同時阿斯蘭也暨由這一連串事件而返回了PLANT並加入ZAFT軍。