自然科學最接近哲學本質思想，哲學理論各科通用。區分出自然科學，更利於哲學思想的運用不受侷限。也符合哲學精神。

哲學是學科中的一種，是科學的附屬科目。

科學就是各種學科集中起來的總稱叫科學。

科學院就是各種學科集中起來的院子。

如果你說廣義自然科學概念，我認為問題可以反過來問，既：哲學是如何從廣義自然科學體系中分開的。

先民在百萬年與自然共生的關係中，逐步總結和積累了大量的與當時當地的、天文地理的、動物植物的、採獵馴養的、生育教養的、道德倫理的、管理組織的、神秘或現實的、製造記錄的等等。方方面面不一而足，這些在早期完全是不區分的，懂得的就是賢者，賢者就是領袖。然後才逐步開始區分，有了主次，有了分工。從這方面說，不僅這些，現在任何一個學科，包括宗教，都是廣義上自然科學的一部分。

再說狹義的自然科學如何與哲學分離。

百度詞條中是這樣說的：自然科學，與“社會科學”、“思維科學”並稱“科學三大領域”，它是以定量作為手段，研究無機自然界和包括人的生物屬性在內的有機自然界的各門科學的總稱。而哲學屬於思維科學分支。現代意義上的二者是完全分開的，而前文提到的宗教都不在科學體系內。

其實這個過程就希臘“愛智”核心逐步收縮的結果。希臘是現在說的第二代文明，第二代文明的顯著特點就是神系與社會體系的分離，階層分化將形而下的匠人和形而上的哲人進行了區分。哲人們以愛智為名，也是天文地理社會人文無所不思。但後來先是社會人文，慢慢地邏輯學、數學、物理學、醫藥學、生物學等都逐步作為獨立學科分離。這樣哲學僅保留基礎的思辨法，思考學科之上共同原理。

在哲學主動降級（或者說升格也未嘗不可）的基礎上，重新分類後才形成今天的三大科學分類。

由於哲學爸爸鍾情於數學媽媽，數學媽媽也摯愛者哲學爸爸，於是他們的愛情結晶——自然哲學（自然辯證法，數理邏輯）誕生了。

人類最初總結經驗得到科學知識和宗教知識。但隨著生產力水平提高，私有制產生。宗教知識成為統治工具（統治者自己也被宗教統治）。宗教世界裡的三觀與人們掌握的初步的科學知識產生矛盾，如：哥白尼、布魯諾等。所以科學是從宗教式哲學分離出來的。而後才在科學的指導下產生科學意義上的哲學，如：馬列主義毛澤東思想等。