爬行動物傳統上根據頭骨上顳顬孔的數目和位置分成4大類，這種分類不一定正確反映了彼此的親緣關係，但是使用起來比較方便，所以雖然現在新的劃分方案很多，但是這種傳統的分類仍然常被使用。頭骨上沒有顳顬孔的劃分成無孔亞綱，代表爬行動物的原始型別；頭骨每側有一個下位的顳顬孔的劃分為下孔亞綱，是向著哺乳動物演化的爬行動物；頭骨每側有一個上位的顳顬孔的劃分為調孔亞綱，是海洋爬行動物；頭骨每側有兩個顳顬孔的劃分為雙孔亞綱，是主幹爬行動物，並演化出了鳥類。雙孔亞綱又進一步劃分為較原始的鱗龍下綱和進步的初龍下綱（或總目）。現存的爬行動物除了龜鱉類屬於無孔亞綱，鱷類屬於初龍下綱外，其餘成員均屬於鱗龍下綱。現存的爬行動物中龜鱉類劃分成龜鱉目，鱷類劃分成鱷目，而鱗龍下綱的分目有兩種意見，一種意見是分成喙頭目和有鱗目，有鱗目進一步劃分成蜥蜴、蚓蜥和蛇三個亞目，而蜥蜴亞目和蛇亞目再各自劃分成幾個下目或超科，另一種意見是蜥蜴、蚓蜥和蛇各升級為一個獨立的目，三者再合成一個有鱗總目，其中蜥蜴和蛇下屬的下目或超科則升級為亞目。現存的爬行動物的分科也有不同意見，有些科被另一些專家劃分成幾個不同的科，還有些科歸入哪個亞目也有爭議，而這些目、科的拉丁文名稱甚至各家都有不同的寫法。這裡主要介紹現存爬行動物的分類，對於史前爬行動物，只是略微提及