元初因戰爭破壞，北方耕地荒蕪嚴重，南方破壞較少，故屯田多集中在今河北、山東、陝西、江淮、四川一帶，如樞密院所轄河北軍屯，墾田達一萬四千餘頃，洪澤萬戶府所轄屯田達三萬五千餘頃。邊區亦廣泛開展屯田，據《元史·兵志》不完全統計，全國屯田面積達十七萬七千八百頃之多。南方農墾發達地區，則多與水、與山爭田，前者如圍田、櫃田、架田、塗田、沙田，見於濱江海湖泊之地；後者如梯田，行於多山丘陵之地。元代耕地面積在戰爭期間大量荒蕪的基礎上逐步得到擴大。
邊疆地區的屯田，主要有蒙古地區的怯綠連（今克魯倫河）、吉利吉思、謙謙州、益蘭州（均在今葉尼塞河上游）、杭海（今杭愛山）、五條河、稱海、和林、上都等地，東北的金復州（今遼寧金縣）、瑞州（今遼寧綏中西南）、鹹平（今遼寧開原北老城鎮）、茶剌罕（今黑龍江綏化、安慶一帶）、剌憐（今黑龍江阿城南）等地，西北的忽炭（今新疆和田）、可失哈耳（今新疆喀什）、別失八里、中興、甘州、肅州、亦集乃等地，雲南的威楚（今雲南楚雄）、羅羅斯等十二處。其中劉好禮在益蘭州，哈剌哈孫在稱海，賽典赤·贍思丁在雲南，屯田成績尤著，他們將中原地區的先進耕種方法和農具、種子，推廣到邊區，使當地農業生產或從無到有，或改進了耕作技術，大大提高了這些地區的糧食自給率。水利建設則以雲南、寧夏地區最為成功。
宋真宗時推行的占城稻在元朝時已經推廣到全國各地。農業生產繼續發展，1329年，南糧北運多達三百五十多萬石，這固然反映了蒙古統治者剝削的沉重，但是也說明糧食生產的豐富。這一階段，經濟作物也有較大發展，茶葉、棉花與甘蔗是重要的經濟作物。江南地區早在南宋時已盛產棉花，北方陝甘一帶又從西域傳來了新的棉種。1289年元廷設定了浙東、江東、江西、湖廣、福建等省木棉提舉司，年徵木棉布十萬匹。1296年復定江南夏稅折徵木棉等物，反映出棉花種植的普遍及棉紡織業的發達。 元朝水利設施以華中、華南地區比較發達。元初曾設立了都水監和河渠司，專掌水利，逐步修復了前代的水利工程。陝西三白渠工程到元朝後期仍可溉田七萬餘頃。所修復的浙江海塘，對保護農業生產也起了較大作用。元朝農業技術繼承宋朝，南方人民曾採用了圩田、櫃田、架田、塗田、沙田、梯田等擴大耕地的種植方法，對於生產工具又有改進。關於元朝的農具，在王禎的《農書》中有不少詳細的敘述。
元代農業生產的技術也有所提高。從天時地利與農業的關係，到選種、肥料、灌溉、收穫等各方面的知識，都已達到新的水平。農具的改進尤其顯著。耕鋤、鐙鋤、耘盪等中耕工具比宋代有所發展。鐮刀種類增多，還創造了收蕎麥用的推鐮。水力機械和灌溉器具大有改進，水輪、水礱、水轉連磨等更趨完備，牛轉翻車、高轉筒車已有使用。
元世祖為了清查土地徵收賦稅曾實行過土地所有者自報田地的經理法，由於未能確實執行， 1314年元仁宗又派大臣往江浙、江西、河南三地實施經理法，但實施結果仍然弊端極多，人民紛起反抗， 以至仁宗不得不下詔免三省自實田租二年，最後不了了之。
同時建立管理農業的政府機構，由勸農司指導、督促全國各地的農業生產，並以“戶口增，田野闢”，作為考核、選用官吏的標準。政府還編輯出版《農桑輯要》，推廣農業生產先進技術，保護農業勞力和農民耕地，禁止佔民田為牧地，招集逃亡，鼓勵墾荒，儲備種子，興修水利，使全國農業生產得到了恢復和發展。到了元世祖時，關中小麥已盛於天下，產量年年增加。元至元二十六年（公元1289年），在浙東、江東、江西、湖廣、福建等地，大種經濟作物棉花，設木棉提舉司，歲輸木棉布10萬匹。
元朝土地仍可分為官田和私田兩種。官田主要來自宋、金的官田，兩朝皇親國戚、權貴、豪右的土地，掠奪的民田，以及經過長期戰亂所形成的無主荒地。元廷把所掌握的官田一部分作為屯田，一部分賞賜王公貴族和寺院僧侶，餘下的則由政府直接招民耕種，收取地租。其屯田的數量極大，遍及全國，其中以河北、河南兩省最多。 其中民屯是役使漢人屯墾收租，軍屯則分給各軍戶，強迫相當於奴隸的“驅丁”耕種。私田是蒙古貴族和漢族地主的佔地以及少量自耕農所有的田地。元朝以大量土地賞賜寺院，例如1316年元仁宗曾賜給上都開元寺江浙田二百頃、華嚴寺百頃。 元朝也有一定數量的自耕農，然而地位很低下，生活十分困苦。
元代中期以後，由於統治機構的腐敗和地主階級剝削的加重，以及水旱災荒的頻繁，農業生產的發展呈現停滯、衰敝現象。元成宗鐵穆耳以後，勸農機構形同虛設，水利建設漸見減少，軍民屯田多有廢弛，賦稅徭役不斷增加，農戶逃亡破產者增多，大德、至大、天曆、至正年間都有大規模天災發生，農業生產破壞日益嚴重。
元初因戰爭破壞，北方耕地荒蕪嚴重，南方破壞較少，故屯田多集中在今河北、山東、陝西、江淮、四川一帶，如樞密院所轄河北軍屯，墾田達一萬四千餘頃，洪澤萬戶府所轄屯田達三萬五千餘頃。邊區亦廣泛開展屯田，據《元史·兵志》不完全統計，全國屯田面積達十七萬七千八百頃之多。南方農墾發達地區，則多與水、與山爭田，前者如圍田、櫃田、架田、塗田、沙田，見於濱江海湖泊之地；後者如梯田，行於多山丘陵之地。元代耕地面積在戰爭期間大量荒蕪的基礎上逐步得到擴大。
邊疆地區的屯田，主要有蒙古地區的怯綠連（今克魯倫河）、吉利吉思、謙謙州、益蘭州（均在今葉尼塞河上游）、杭海（今杭愛山）、五條河、稱海、和林、上都等地，東北的金復州（今遼寧金縣）、瑞州（今遼寧綏中西南）、鹹平（今遼寧開原北老城鎮）、茶剌罕（今黑龍江綏化、安慶一帶）、剌憐（今黑龍江阿城南）等地，西北的忽炭（今新疆和田）、可失哈耳（今新疆喀什）、別失八里、中興、甘州、肅州、亦集乃等地，雲南的威楚（今雲南楚雄）、羅羅斯等十二處。其中劉好禮在益蘭州，哈剌哈孫在稱海，賽典赤·贍思丁在雲南，屯田成績尤著，他們將中原地區的先進耕種方法和農具、種子，推廣到邊區，使當地農業生產或從無到有，或改進了耕作技術，大大提高了這些地區的糧食自給率。水利建設則以雲南、寧夏地區最為成功。
宋真宗時推行的占城稻在元朝時已經推廣到全國各地。農業生產繼續發展，1329年，南糧北運多達三百五十多萬石，這固然反映了蒙古統治者剝削的沉重，但是也說明糧食生產的豐富。這一階段，經濟作物也有較大發展，茶葉、棉花與甘蔗是重要的經濟作物。江南地區早在南宋時已盛產棉花，北方陝甘一帶又從西域傳來了新的棉種。1289年元廷設定了浙東、江東、江西、湖廣、福建等省木棉提舉司，年徵木棉布十萬匹。1296年復定江南夏稅折徵木棉等物，反映出棉花種植的普遍及棉紡織業的發達。 元朝水利設施以華中、華南地區比較發達。元初曾設立了都水監和河渠司，專掌水利，逐步修復了前代的水利工程。陝西三白渠工程到元朝後期仍可溉田七萬餘頃。所修復的浙江海塘，對保護農業生產也起了較大作用。元朝農業技術繼承宋朝，南方人民曾採用了圩田、櫃田、架田、塗田、沙田、梯田等擴大耕地的種植方法，對於生產工具又有改進。關於元朝的農具，在王禎的《農書》中有不少詳細的敘述。
元代農業生產的技術也有所提高。從天時地利與農業的關係，到選種、肥料、灌溉、收穫等各方面的知識，都已達到新的水平。農具的改進尤其顯著。耕鋤、鐙鋤、耘盪等中耕工具比宋代有所發展。鐮刀種類增多，還創造了收蕎麥用的推鐮。水力機械和灌溉器具大有改進，水輪、水礱、水轉連磨等更趨完備，牛轉翻車、高轉筒車已有使用。
元世祖為了清查土地徵收賦稅曾實行過土地所有者自報田地的經理法，由於未能確實執行， 1314年元仁宗又派大臣往江浙、江西、河南三地實施經理法，但實施結果仍然弊端極多，人民紛起反抗， 以至仁宗不得不下詔免三省自實田租二年，最後不了了之。
同時建立管理農業的政府機構，由勸農司指導、督促全國各地的農業生產，並以“戶口增，田野闢”，作為考核、選用官吏的標準。政府還編輯出版《農桑輯要》，推廣農業生產先進技術，保護農業勞力和農民耕地，禁止佔民田為牧地，招集逃亡，鼓勵墾荒，儲備種子，興修水利，使全國農業生產得到了恢復和發展。到了元世祖時，關中小麥已盛於天下，產量年年增加。元至元二十六年（公元1289年），在浙東、江東、江西、湖廣、福建等地，大種經濟作物棉花，設木棉提舉司，歲輸木棉布10萬匹。
元朝土地仍可分為官田和私田兩種。官田主要來自宋、金的官田，兩朝皇親國戚、權貴、豪右的土地，掠奪的民田，以及經過長期戰亂所形成的無主荒地。元廷把所掌握的官田一部分作為屯田，一部分賞賜王公貴族和寺院僧侶，餘下的則由政府直接招民耕種，收取地租。其屯田的數量極大，遍及全國，其中以河北、河南兩省最多。 其中民屯是役使漢人屯墾收租，軍屯則分給各軍戶，強迫相當於奴隸的“驅丁”耕種。私田是蒙古貴族和漢族地主的佔地以及少量自耕農所有的田地。元朝以大量土地賞賜寺院，例如1316年元仁宗曾賜給上都開元寺江浙田二百頃、華嚴寺百頃。 元朝也有一定數量的自耕農，然而地位很低下，生活十分困苦。
元代中期以後，由於統治機構的腐敗和地主階級剝削的加重，以及水旱災荒的頻繁，農業生產的發展呈現停滯、衰敝現象。元成宗鐵穆耳以後，勸農機構形同虛設，水利建設漸見減少，軍民屯田多有廢弛，賦稅徭役不斷增加，農戶逃亡破產者增多，大德、至大、天曆、至正年間都有大規模天災發生，農業生產破壞日益嚴重。