潛艇在水下最安全的航行方式當然是開著主動聲納了，但是這樣大洋幽靈就容易暴露自己的行蹤，因此大多數潛艇在水下都是靜默航行的，那麼在水下既不能接收到GPS定位，也不能進行無線電定位，潛艇如何導航的呢？

其實很簡單，靠的就是慣性導航，也就是使用精度比較高的陀螺儀對潛艇的行進速度和路線進行記錄。尤其是核潛艇，他們能夠長期隱蔽在大洋中不用浮上來，因此在每次出航前，負責導航的部門和軍艦，都會制定一條路線，並在海圖中將經過的各種要素（如島嶼、淺灘、暗礁、水深、地質、海流等）標註出來，而潛艇出航一般都按照這個航線行駛。

而核潛艇每行駛到一個區域，就會有導航員進行標註確認，慣性導航的優點就是不受外界任何系統的干擾，完全依靠自身的精度確認航行，但是時間久了，受到洋流和其他因素的影響，也會產生較大的偏差，因此潛艇會不定時的上浮，目的有兩個：第一向基地彙報自己的情況，並接收命令；第二就是利用衛星導航，無線電導航，星光導航等手段來修正潛艇的位置！

而潛艇在水下航行的精準度是非常重要的，除了要有精確度非常高的陀螺儀外，潛艇出航還得配備非常嚴謹的海圖資料，以及各區域的洋流資料等，利用潛艇的航跡測繪和海圖資料對比推算出潛艇的所在的位置，這也是美國的水文測量船遍佈全球，目的就是建立完善的水下海圖和各種水文資料！當然有時候這樣的測繪也會交由核潛艇來完成，核潛艇依靠主動聲納掃描海底，就能得到這片海域的海底地形圖，從而匯出詳細的海底地圖！

另外這些年，對於各國都發明瞭無人的、小型的潛航器，可以有潛艇或者水面艦艇攜帶，他們測繪海底地形圖就更隱蔽，更難以被發現了，而且這些潛航器還能長期呆在重要水域，監控過往艦船。

現在的潛艇雖然基本是密閉的，但是不等於沒有觀察窗兒，觀察窗是攝像頭。

一些發達國家的潛艇在水下也開燈。透過可見光照射，照亮自己前行的道路。

在水下，可見光可以達到幾十米。而且很隱蔽。當然這並不夠。海底地圖和主動聲吶，還是需要的。

另外一些航速航向儀器也可以計算行程。再有就是使用潛望鏡。聯絡導航衛星。