最後他和他的兩個兒子都被殺了。

在八王之亂中，趙王司馬倫篡位自立，司馬穎被封為徵北大將軍，司馬倫自立不得人心，諸王起兵欲逼司馬倫退位，此時的司馬穎趁機投靠諸王，在經歷第一次兵敗後，司馬穎改在晚上發兵攻打，率先進入京城，司馬穎讓晉惠帝復位後，便賜死司馬倫。

後來又協助司馬冏掃除殘餘，但司馬冏卻自居首功，實際上如果司馬穎不援助他，還真不一定能成功。司馬穎這次退讓了他，只是請求犒勞將士們。

司馬冏個性專橫，把持朝政，各位大臣十分不滿，之後晉惠帝召司馬穎入朝輔政，司馬穎因為有自己的想法沒有答應。

司馬穎不久後再次起兵，長沙王司馬乂殺了司馬冏後開始主政，由於凡事都是司馬穎指揮，司馬乂只是個傀儡。

司馬穎逐漸變的專橫強勢，變得司馬冏一樣，諸侯因此反叛。諸王感念其曾經的功勞，諸王放他回成都封地。

後來司馬越將其打敗，落荒而逃，在逃亡中，只是將他囚禁起來，但等他死後，他的部下擔心司馬穎日後報復，便將司馬穎和他兩個兒子縊殺。

只能說該來的終於還是回來的，司馬穎的結局也其實很讓人可惜。

　元康九年（299）出為平北將軍，鎮鄴（今河北臨漳西南）“八王之亂”中，先與河間王司馬顒、齊王司馬冏共討趙王司馬倫，司馬倫敗死。與司馬顒討司馬冏；司馬冏敗，太安二年（303）又與司馬顒合謀攻長沙王司馬乂，致使混戰規模愈益擴大。承安元年(304年)拜丞相，尋還鎮鄴，自立為皇太弟，遙制朝政。七月，東海王司馬越傳檄四方，挾帝北征。兩軍在蕩陰激戰，司馬越大敗，逃回封國。司馬穎遣人迎晉惠帝入鄴城，改元建武。幽州刺史王浚與司馬穎有隙，聯合鮮卑段務勿塵，烏桓羯朱以及東嬴公司馬騰同起兵討司馬穎，大破之，鄴中大震，司馬穎與盧志率數十騎引惠帝奔洛陽。河間王司馬顒部將張方擁兵專政，十一月，張方挾惠帝、成都王司馬穎、豫章王司馬熾等遷往長安，復永安年號。十二月，司馬顒廢其皇太弟位，立司馬熾

為皇太弟，改元永興，令司馬穎歸藩。故將公孫藩起兵迎之，行至洛陽，會司馬越攻司馬顒，轉奔關中。八月，司馬顒表穎為鎮軍大將軍，都督河北諸軍事。光熙元年（306）五月，司馬越前鋒祁弘連敗司馬顒軍，司馬穎自武關奔新野，後奔朝歌，為頓丘太守馮嵩所擒，送於鄴城。十月，長史劉輿矯詔賜死司馬穎。

西晉八王之亂起，宗室諸王爭權奪利，打得不可開交。永安元年（304年），東海王司馬越挾惠帝討伐成都王司馬穎，卻在蕩陰一戰莫名其妙地慘敗。司馬穎僥倖得勝，挾持惠帝到鄴城，自覺志得意滿，於是改元、置百官，生殺自專，不可一世。

其他勢力當然不會坐視不理，安北將軍王浚、寧北將軍東嬴公司馬騰殺掉司馬穎委任的幽州刺史和演，聯合烏丸部隊攻擊鄴城，打敗司馬穎所派的王斌、石超、李毅等將領，於是鄴城大為震動。司馬穎見勢不妙，只帶了幾十名親騎劫持惠帝跑到洛陽。河間王司馬顒派張方率二萬人救援，挾持惠帝並帶著司馬穎等人到長安。司馬顒將司馬穎廢掉，讓其歸藩。

此時司馬穎的舊部公師藩等人在河北起兵，要迎司馬穎回河北。司馬顒又拜司馬穎為鎮軍大將軍，都督河北諸軍事，撥兵五千。而此時司馬越倡義西迎惠帝回洛陽，一時軍勢頗盛。司馬穎不敢回河北，又退回關中。

司馬越搶得惠帝回到洛陽，下詔收捕司馬穎。司馬穎帶著兩個兒子，收攏舊部幾百人，想到河北與公師藩會合，途中被頓丘太守馮嵩抓獲，送至鄴城，被范陽王司馬虓幽禁。

本來司馬虓不打算對司馬穎怎麼樣，不料自己卻突然暴斃。由於鄴城原是司馬穎的老巢，忠於司馬穎的舊部比較多，司馬虓的長史劉輿擔心發生變亂，便將司馬虓的死秘而不宣，假稱詔令連夜將司馬穎及其二子縊死。司馬穎成為了八王之亂中被幹掉的第六個王爺。

司馬穎最初還表現的比較忠義、謙退，比較得人心。賈謐一黨專權時，敢於呵斥其與太子爭博的無禮行為。參與討伐篡位的趙王倫，事成之後面對封賞也並不居功。進位大將軍後，還能上表請米救濟因戰亂導致飢困的陽翟百姓，造棺材收葬黃橋戰死的八千將士。這些做法讓司馬穎贏得了不少名望。

齊王冏專權，司馬穎聯合司馬顒和長沙王司馬乂打敗齊王冏，在鄴城遙掌朝政。時間長了後恃功而驕，奢侈日甚，幹得卻比司馬冏還糟糕。為了爭奪權力，司馬穎又參與討伐司馬乂，得到了丞相和皇太弟的位子，野心越來越膨脹，招致司馬越等其他野心家的攻擊。

蕩陰一戰贏得僥倖，其後就沒有那麼好的運氣了，權力鬥爭是殘酷的，被打敗以後大概也只有死路一條。在爭權奪利中死掉，也沒有什麼好同情的。

不過司馬穎臨死時還比較從容淡定，和看守田徽聊了幾句，還要求熱水洗了再死，沒有表現出畏懼，倒還算條漢子。死前嘆息 “我死之後，天下安乎不安乎”，倒是和嵇康臨刑前感慨的那句“廣陵散從此絕矣”，還頗有點相似的味道。