第一，京杭大運河基礎設施的修浚和維繫存在南北差異。京杭大運河穿過中國東部不同的區域，各地的自然環境迥異。其崛起於元代中葉，明代疏浚和改善了某些關鍵部分，這些工程是逐步分段完成的，且主要集中在北部地區。顯而易見，北方地勢高、氣候寒冷乾旱、水源匱乏的自然條件是大型人工運道的最大挑戰。明初重修京杭大運河的關鍵部分是山東境內的會通河，為了解決其工程技術上的難題，先後在濟寧和南旺建成分水的綜合水利樞紐。隨後，用於應對旱澇威脅的蓄水基礎設施——“水櫃”紛紛建立。運河工程的施工還需處理與之糾結在一起的黃河、淮河等錯綜複雜的情況，以淮安清口樞紐最令人矚目。

南方豐沛的水資源使得自然水系的運道發達已久，稍加渠化、修整，即可從事大規模水運。即使在日常生產生活中，南方的水路都比陸路更為便利。所以，南部的運河體系早在隋唐階段就是全國範圍內大運河的主要部分。明清時期，作為京杭大運河重要組成部分的江南運河，由人工水道與自然水道組成，沿途與太湖水系交叉相連，成為江南水網系統的重要幹線。

第二，運河運作、漕運執行的代價。山東西部的會通河因為自南向北地勢不斷增高，密集地分段設閘以行船，所以稱為閘河，耗費巨大。如陳橋驛認為，北京、杭州取直線選址非常不智；如果運河從山東西南部向西匯入河南既有的鴻溝體系，然後再從東北方向到京城，雖然舍直取彎航線變長了，但地勢、水源的優勢將大大減少航運成本。

無論從工程的角度還是從社會的角度看，明清政府為了維繫內陸河道、設施和漕船的執行，投入了無窮盡的物力、人力、財力，而且動用了整個國家龐大繁複的官僚系統。不僅沿運地區的各級地方政府有專員負責運河事務，而且中央政府直接設定了龐大的專門管理機構。儘管在近代蒸汽動力交通工具誕生以前，水運是最省能源、最便宜、裝載量最大的運輸手段，但大運河牽扯的問題之多、難度之高，令人慨嘆不已。

第三，京杭大運河與國家漕運路線及商路網路。多數歷史文獻包括各種水道圖冊，都將元明清時期北京（通州）至杭州一線視為京杭大運河，但其不能獨立於其他與之相連的人為和自然水道。運河被稱為漕河，而作為漕運線路的長江中下游天然運道和浙東的部分水路也承擔漕運的任務。在隋唐五代兩宋階段，雖然存在分裂割據，浙東的運河等運道體系仍然可以納入中國內地的大運河網路內。明清時期，浙東的運道衰落，但寧紹平原自西向東的水路依然可以作為京杭大運河的延伸，並連線起海上絲綢之路。

元明清因為定都北京的原因，導致原來的隋唐大運河，漸漸退出歷史舞臺，而後元明清，在原有運河基礎上，修改擴建，開鑿出了直通京杭的運河，京杭運河，將南方經濟重心和北方政治中心緊密聯絡起來，使得南方的錢糧可以迅速抵京，從而讓朝廷運轉，來應對北境部署！