首先，在封閉市場環境和虛擬價格條件下，企業無法對各價值鏈環節的價值創造能力與市場競爭力作出準確判定，即哪些環節有優勢，哪些環節沒有優勢或摧毀企業價值，進而作出調整資源能力組合的策略（哪些環節自己擁有，哪些環節外部化）。這種機制，延續是傳統“木桶理論”的思維邏輯，而在以速度和靈活為特徵的大時代背景下，企業更需要置換、組合內外部的資源能力，強強組合快速應變。埋頭在非必須掌控的環節上補短板，在工業時代沒問題，在新時代不再有必要。

其次，將市場機制機械地等同於價格機制，在缺乏有效競爭的環境下，阿米巴最現實的利益來自於相互之間“敲竹槓”，供需雙方圍繞“交易價格”爭奪、分割利益，眼睛盯著存量利益展開“零和博弈”。需要上級或第三方予以大量的利益協調，即使最終達成一致“認可”的交易價格，並非真正的“納什均衡”，認為受到不公平對待的一方，在目標協同、業務協同、資源協同上有意地設定障礙、推脫責任，甚至破壞企業整體利益。而這些市場化行為，是由這種簡單粗暴的市場機制設計造成的，我們不能將阿米巴的自利行為，貼上“自私”的道德標籤加以攻伐，實際上也於事無補。機制的問題只能依靠機制來解決，不能寄望道德解決機制的問題。

第三，在組織治理成本方面，這種科層組織加市場經濟的混合體制，因為縱向的組織層級與橫向的市場交易與阿米巴切分的數量正相關，縱向的管理成本和橫向的內部交易成本同時增加（合稱治理成本）。因此，企業在實踐上就會陷入一個悖論，不進一步細分阿米巴無法真正調動基層員工參與經營的動力，進一步細化阿米巴則會增加組織治理成本，而且一旦成本挖潛的空間大幅縮小之後，組織治理成本卻不會因此而降低，也就是說這項成本具有固定成本的屬性。結構、規模簡單的小企業這方面的問題不突出，中大型企業如果按照這套方法論走下去，推行中後期悖論明顯表現出來。海爾放棄市場鏈SBU模式、重塑人單合一模式的根源就在這裡，在人單合一模式下，透過組織扁平化、最佳化市場機制雙向降低組織治理成本，混合組織治理的能量才得以充分發揮。

第四，在組織靈活性和快速響應方面，我們認為這種高聳的科層組織加市場鏈混合機制，相對傳統科層權威組織是一種更不利的體制安排。橫向上，內部鏈的確可以傳遞市場壓力，但依靠扭曲的內部價格連結的阿米巴協同起來比傳統的部門制難度更大，鏈條拆分越細、關節越多越麻煩。如果說傳統科層組織是一條繩子，那麼阿米巴市場鏈就是一條鏈子。縱向上，在組織部分已做分析，此處不再贅述。總的來講，理論源頭自京瓷的阿米巴模式，對短價值鏈的、市場波動小的、B2B的京瓷，實現傳遞經營壓力沒有問題，組織協同上也不會有大的障礙，但對那些長價值鏈、速度重要成本的B2C業務的企業而言，這樣的解題思路肯定行不通。

第五，在阿米巴創新動力方面，在獨立核算與物質激勵掛鉤的條件下，阿米巴更加專注於短期利益所得，傾向於風險小、見效快的小改小革，但會迴避風險大、長期重要的突破性、破壞性創新，而且比科層體制下KPI考核造成的影響更深。

阿米巴經營原先並沒有固定的名稱，它是由日本企業家稻盛和夫實行的一種企業經營模式，稻盛和夫成立了2家公司，分別是京瓷與KDDI，並且都已經是世界五百強企業。

京瓷公司先後經歷了四次全球性的金融危機，在其他企業都經濟蕭條甚至紛紛宣佈破產的時候，京瓷卻能在在金融危機中屹立不倒，甚至得到好的發展，成為在金融危機中市值最高的企業。專家學者們紛紛好奇並且研究京瓷的經營模式，發現跟阿米巴原蟲的生活方式極其相像，於是將稻盛和夫的這種經營模式命名為“阿米巴經營”。

阿米巴經營與阿米巴原蟲的生活非常相像，將企業分多個小團體，每個小團體都是按照一個公司的形式展開經營，獨立核算，自負盈虧，讓人人都成為經營者，提升產品價值，減少企業支出，提升企業利潤。管理方便，利潤增加，企業才能長存不倒。

阿米巴經營最大的弊端是產生內部的惡性競爭。企業內的運營活動是一個相對封閉的內迴圈，一般規模的小企業不具備外部運營相對開放的迴圈系統，合作方如果談不攏可自由選擇，內部則不成，談不攏、報價貴也得合作，不合作就會產生資源的閒置浪費，當浪費的成本超過競爭產生的收益時，這種阿米巴就顯得不經濟了。就其實，相對於外部運營的市場化經濟來說，企業內部的運營更象是計劃經濟，中後臺部門是按前臺部門的要求來配置資源和採取行動的，協作的需求大於競爭的需求。讓各單元追求成本最小化、利益最大化本是件好事，但若顯著地增加了協作成本就大大的不划算了。阿米巴的劃分最小成本單元，進行最小化的獨立核算，這是應該發揚的，它能更精細地評估價值創造的水平，進而精準地發現改善的空間和給予更科學的激勵；但它要透過內部交易來促進其相互競爭的部份要慎用，要有一系列從流程到文化去保證組織間緊密協同的條件後，漸次展開。