南雲的第一機動部隊有4艘航空母艦，2艘戰列艦、3艘巡洋艦和12艘驅逐艦。
(一)航空母艦部隊 (第一航空艦隊)
司令長官 南雲忠一海軍中將
參謀長 草鹿龍之介海軍少將
第一航空母艦戰隊 司令長官南雲忠一海軍中將
“赤城號”(旗艦) 艦長青木泰二郎海軍大佐
飛行隊長淵田美津雄海軍中佐
戰鬥機分隊(零式機二十一架 分隊長板谷茂海軍少佐)
俯衝轟炸機分隊(二十一架 分隊長千早猛彥海軍大尉)
魚雷機分隊(二十一架 分隊長村田重治海軍少佐)
“加賀號” 艦長岡田次作海軍大佐
飛行隊長楠木正海軍中佐
戰鬥機分隊(零式機二十一架 分隊長佐藤正夫海軍大尉)
俯衝轟炸機分隊(二十一架 分隊長小川正一海軍大尉)
魚雷機分隊(三十架 分隊長北島—‘郎海軍大尉)
第二航空母艦戰隊 司令官山口多聞海軍少將
“飛龍號” 艦長加來止男海軍大佐
飛行隊長友永丈市海軍大尉
戰鬥機分隊(零式機二十一架 分隊長森茂海軍大尉)
俯衝轟炸機分隊(二-卜一架 分隊氏小林道雄海軍入尉)
魚雷機分隊(二十一架 分隊長菊池六郎海軍大尉)
“蒼龍號” 艦長柳本柳作海軍大佐
飛行隊長江蘋隆繁海軍少佐
戰鬥機分隊(零式機二十一架 分隊長營波政治海軍大尉)
俯衝轟炸機分隊(二十一架 分隊長池田正宏海軍大尉)
魚雷機分隊(二十一架 分隊長阿部平二郎海軍大尉)
(二)支援部隊
司令官 阿部弘毅海軍少將
第八(重)巡洋艦戰隊 司令官阿部弘毅海軍少將
“利根號” 艦長岡田為次海軍大佐
“築摩號” 艦長古村啟藏海軍大佐
第三戰列艦戰隊第二小隊 司令高間完海軍大佐
“榛名號“ 艦長高間完海軍大佐
“霧島號” 艦長巖淵三次海軍大佐
(三)警戒部隊
司令官 木村進海軍少將
第十驅逐艦戰隊 司令官木村進海軍少將
“長良號”輕巡洋艦(旗艦) 艦長直井俊夫海軍大佐
第四驅逐艦分隊 司令有賀幸作海軍大佐
“野分號” 艦長古閒孫太郎海軍中佐
“嵐號” 艦長渡邊保正海軍中佐
“荻風號” 艦長巖上次一海軍中佐
“舞風號” 艦長中杉清治海軍中佐
第十驅逐艦分隊 司令阿部俊雄海軍大佐
“風雲號” 艦長吉田正義海軍中佐
“夕雲號” 艦長仙波繁雄海軍中佐
“捲雲號” 艦長藤田勇海軍中佐
第十七驅逐艦分隊 司令北村呂幸海軍大佐
“浦風號” 艦長白石長義海軍中佐
“磯風號” 艦長豐島俊一海軍中佐
“穀風號” 艦長勝見基海軍中佐
“濱風號” 艦長折田常雄海軍中佐
美海軍
共有航空母艦3艘，巡洋艦8艘，驅逐艦14艘，艦載機233架。由弗萊徹少將統一指揮。
第16特混艦隊(2艘航空母艦，5艘重巡洋艦，1艘輕巡洋艦，9艘驅逐艦)
斯普魯恩斯少將
“企業”號，“大黃蜂”號，6艘巡洋艦和16艘驅逐艦
第17特混艦隊(1艘航空母艦，2艘重巡洋艦，5艘驅逐艦)
弗萊徹少將
“約克城”航空母艦,2艘巡洋艦，6艘驅逐艦
在中途島以西約700海里、300海里、150海里分別部署1艘、3艘、6艘潛艇，進行巡邏，在中途島西北部署2艘潛艇作機動巡邏。
中途島
守島的海軍陸戰隊第六防守營
22架重型PBY水上巡邏機、27架海軍陸戰隊戰鬥機、16架俯衝轟炸機,17架魚雷轟炸機(陸軍的4架B－26“掠奪者式”轟炸機)，17架B－17“空中堡壘式”轟炸機，
南雲的第一機動部隊有4艘航空母艦，2艘戰列艦、3艘巡洋艦和12艘驅逐艦。
(一)航空母艦部隊 (第一航空艦隊)
司令長官 南雲忠一海軍中將
參謀長 草鹿龍之介海軍少將
第一航空母艦戰隊 司令長官南雲忠一海軍中將
“赤城號”(旗艦) 艦長青木泰二郎海軍大佐
飛行隊長淵田美津雄海軍中佐
戰鬥機分隊(零式機二十一架 分隊長板谷茂海軍少佐)
俯衝轟炸機分隊(二十一架 分隊長千早猛彥海軍大尉)
魚雷機分隊(二十一架 分隊長村田重治海軍少佐)
“加賀號” 艦長岡田次作海軍大佐
飛行隊長楠木正海軍中佐
戰鬥機分隊(零式機二十一架 分隊長佐藤正夫海軍大尉)
俯衝轟炸機分隊(二十一架 分隊長小川正一海軍大尉)
魚雷機分隊(三十架 分隊長北島—‘郎海軍大尉)
第二航空母艦戰隊 司令官山口多聞海軍少將
“飛龍號” 艦長加來止男海軍大佐
飛行隊長友永丈市海軍大尉
戰鬥機分隊(零式機二十一架 分隊長森茂海軍大尉)
俯衝轟炸機分隊(二-卜一架 分隊氏小林道雄海軍入尉)
魚雷機分隊(二十一架 分隊長菊池六郎海軍大尉)
“蒼龍號” 艦長柳本柳作海軍大佐
飛行隊長江蘋隆繁海軍少佐
戰鬥機分隊(零式機二十一架 分隊長營波政治海軍大尉)
俯衝轟炸機分隊(二十一架 分隊長池田正宏海軍大尉)
魚雷機分隊(二十一架 分隊長阿部平二郎海軍大尉)
(二)支援部隊
司令官 阿部弘毅海軍少將
第八(重)巡洋艦戰隊 司令官阿部弘毅海軍少將
“利根號” 艦長岡田為次海軍大佐
“築摩號” 艦長古村啟藏海軍大佐
第三戰列艦戰隊第二小隊 司令高間完海軍大佐
“榛名號“ 艦長高間完海軍大佐
“霧島號” 艦長巖淵三次海軍大佐
(三)警戒部隊
司令官 木村進海軍少將
第十驅逐艦戰隊 司令官木村進海軍少將
“長良號”輕巡洋艦(旗艦) 艦長直井俊夫海軍大佐
第四驅逐艦分隊 司令有賀幸作海軍大佐
“野分號” 艦長古閒孫太郎海軍中佐
“嵐號” 艦長渡邊保正海軍中佐
“荻風號” 艦長巖上次一海軍中佐
“舞風號” 艦長中杉清治海軍中佐
第十驅逐艦分隊 司令阿部俊雄海軍大佐
“風雲號” 艦長吉田正義海軍中佐
“夕雲號” 艦長仙波繁雄海軍中佐
“捲雲號” 艦長藤田勇海軍中佐
第十七驅逐艦分隊 司令北村呂幸海軍大佐
“浦風號” 艦長白石長義海軍中佐
“磯風號” 艦長豐島俊一海軍中佐
“穀風號” 艦長勝見基海軍中佐
“濱風號” 艦長折田常雄海軍中佐
美海軍
共有航空母艦3艘，巡洋艦8艘，驅逐艦14艘，艦載機233架。由弗萊徹少將統一指揮。
第16特混艦隊(2艘航空母艦，5艘重巡洋艦，1艘輕巡洋艦，9艘驅逐艦)
斯普魯恩斯少將
“企業”號，“大黃蜂”號，6艘巡洋艦和16艘驅逐艦
第17特混艦隊(1艘航空母艦，2艘重巡洋艦，5艘驅逐艦)
弗萊徹少將
“約克城”航空母艦,2艘巡洋艦，6艘驅逐艦
在中途島以西約700海里、300海里、150海里分別部署1艘、3艘、6艘潛艇，進行巡邏，在中途島西北部署2艘潛艇作機動巡邏。
中途島
守島的海軍陸戰隊第六防守營
22架重型PBY水上巡邏機、27架海軍陸戰隊戰鬥機、16架俯衝轟炸機,17架魚雷轟炸機(陸軍的4架B－26“掠奪者式”轟炸機)，17架B－17“空中堡壘式”轟炸機，