商品有機肥與普通糞肥本質上是一樣的，但是加工方法和使用效果就不同了。

商品有機肥的原料就是普通的糞肥自己秸稈等有機物，經過新增腐熟菌種，經過腐熟多次翻堆，高溫發酵而來，經過高溫發酵的糞肥，七十度的溫度可以殺死各種有害蟲卵和病菌，這樣用在地理不會產生病蟲害，並且效果來的也比較快。

而相比糞肥，未經發酵直接用在地裡，會帶來很多病菌，更主要的是它被埋在土裡，會自己慢慢發酵產生熱量，出現燒苗的現象。

商品有機肥和糞肥同屬有機肥，都能夠補充植物所需營養元素，都能夠補充土壤的有機質，促進團粒結構的形成。但二者還是有很大區別的：

二者的原料都來自於植物秸稈、動物糞便等，但在生產製作過程中，有很大的區別，糞肥是採用厭氧的野外堆積法自然發酵和腐化而來，無害化程度較低；而商品有機肥通常採用好氧堆肥，透過電腦檢測及機械控制，堆肥處理量大、發酵速度快且無害化程度高，堆肥成分穩定安全。

商品有機肥是經過完全腐熟處理後，有如下特點：菌相進行了嚴格控制、沒有異味、肥料成分也比較穩定、有害物質進行了嚴格的剔除、水分含量適中、雜草種子及病原菌不存在或已殺死；相反，糞肥就存在以下缺點：腐熟程度不一、混入雜菌、溫度變化大、有腐臭味、肥料成分不穩定、有害物質可能超標、水分含量過高、雜草種子及病原菌存活率較高。

而且商品有機肥根據作物和功能的不同，在補充有機質的基礎上新增大中微量元素、甲殼素、生物菌等等不同的功能物質，使得商品有機肥的效果又大大提升。

綜上所述，兩者的區別主要在於“腐熟”程度的不同和“無害”程度不同，商品有機肥更有利於植物的生長，所以建議農民朋友在有條件的情況下，偏重於挑選價效比高的商品有機肥。

一、有機肥和複合肥的區別

1、有機肥：主要指各種動物和植物等，經過一定時期發酵腐熟後形成的肥料(其中包括經過加工的菜籽餅，是沒有異味的)。 有機肥含有大量生物物質、動植物殘體、排洩物、生物廢物等物質、施用有機肥料不僅能為農作物提供全面營養，而且肥效長，可增加和更新土壤有機質，促進微生物繁殖，改善土壤的理化性質和生物活性，是綠色食品生產的主要養分來源。

2、複合肥：具有養分含量高、副成分少且物理性狀好等優點，對於平衡施肥，提高肥料利用率，促進作物的高產穩產有著十分重要的作用。但它也有一些缺點，比如它的養分比例總是固定的，而不同土壤、不同作物所需的營養元素種類、數量和比例是多樣的。

二、有機肥和複合肥的作用

1、雖然大多數複合肥都必須是多元的，但仍然不能完全取代有機肥，有條件的地方應儘量增加腐熟有機肥的施用量。

2、有機肥的施用，不僅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是節省能源，減輕環境的汙染。

3、複合肥分解較慢，對播種時用複合肥做底肥的作物，應根據不同作物地需肥規律在追肥時及時補充速效氮肥，以滿足作物營養需要。

4、複合肥與有機肥配合施用，可提高肥效和養分的利用率。

三、有機肥和複合肥的使用

1、有機肥料無害化處理的堆、漚方法也很多，如EM堆腐法、自制發酵催熟堆腐法和工廠化無害化處理等。

2、複合肥肥效長，宜做基肥。

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配合使用

大多數複合肥都必須是多元的，但仍然不能完全取代有機肥，有條件的地方應儘量增加腐熟有機肥的施用量。複合肥與有機肥配合施用，可提高肥效和養分的利用率。有機肥的施用，不僅改良土壤，活化土壤中的有益微生物，更重要的是節省能源，減輕環境的汙染。使用一些生物有機肥，不但可免去傳統制作有機肥的繁瑣過程，而且可為土壤提供大量的有益微生物活化土壤養分，減少連作障礙。

某些專用複合肥雖然根據作物的需肥特點、土壤的供肥特性確定了適宜的養分配比，但也很難完全符合不同肥力水平土壤上作物實際生長的要求，因此有必要根據作物的實際生長情況、再配合使用一些單質肥。如在缺氮土壤上對需氮較多的葉菜類需使用一些氮肥，在缺鉀土壤上對需鉀較多的西瓜後期要使用一些鉀肥。

有機肥和糞肥都能給作物提供各種養分，都能改良土壤，富含有機質，防止土壤板結。但二者又有不同:

糞肥是常見的農家肥，是用農戶養殖的家禽、家畜等糞便堆積腐熟而成，有時腐熟不均勻，每腐熟的部分糞肥會出現燒苗現象。再有因腐熟不均勻，裡面的病菌、蟲卵、草籽等不能被完全殺死，施到地裡對作物會產生不良影響。糞肥養分含量不穩定，不能均衡地給作物提供所需養分。

商品有機肥在改良土壤方面更迅速，而且沒有病菌、蟲卵、草籽等。完全腐熟，比糞肥潔淨。養分配比合理，更利於作物的生長。雖然價格比較高，但是比起糞肥來價效比高很多。而且更加綠色環保健康。