撫仙湖屬斷陷湖型別，它是強烈的地面斷裂活動所形成的地塹式盆地積水所致，所以湖泊長軸延伸方向與南北向構造斷裂相一致。撫仙湖西南有一條約1公里的山谷河道——隔河（又稱海門河），通向星雲湖。星雲湖的水面比撫仙湖高，湖水日夜從海門河流入撫仙湖。撫仙湖有一種著名的抗浪魚，它喜歡抗浪逆行，但從不越過二湖之間的“界魚石”進入星雲湖；星雲湖中有一種大頭魚，也常常沿海門河而下，但也不越過“界魚石”而進入撫仙湖。這是因為二湖的生態環境不同。撫仙湖深度大，湖水清澈，透明度大，屬於貧營養性湖泊。抗浪魚適應於水深浪大、水草稀少和環境貧瘠的湖中生活。而星雲湖為淺水湖泊，水綠色，透明度小，含有機質多，屬於富營養型湖泊。大頭魚適應這種水溫高、漁餌豐富的湖水生活。撫仙湖水源主要靠周圍山地河川徑流及泉水補給，其中與星雲湖相通的海門河佔入湖徑流主體。撫仙湖的出水道有海口河和鐵蓀河，它們從湖東部流出後注入南盤江。撫仙湖具有蓄洪、灌溉、航運、發電等多種功能。湖貯水量大，灌溉著沿湖近20萬畝土地。湖中有數條航線，擔負著沿湖地區物資運輸。它的出水口——海口河，長15公里，落差達385米，具有豐富的水力資源，現已建有水電站。撫仙湖除出產特有的抗浪魚外，還產鯉、青、鰱、馬魚、金線魚等20多種經濟魚類。 長久以來，在撫仙湖一直流傳著各種各樣的傳說，其中一個就是“水下古城”。