正確判斷停工留薪的結束時間是準確計算停工留薪期的關鍵。實踐中對停工留薪期結束時間的認定有不同意見，歸納起來主要有三種：

其一，將工傷職工傷愈時間認定為計算停工留薪期的結束時間;

其二，將醫療機構出具的意見，即建議休息治療的最後一天，認定為計算停工留薪期的結束時間;

其三，將勞動能力鑑定結論作出或送達當事人的時間認定為計算停工留薪期的結束時間。

應根據工傷職工的傷情、病情來確定其應享受多長時間的停工留薪期，具體程式是由簽訂服務協議的治療工傷機構提出意見，出具相關證明，並經過社會保險經辦機構確認。另外，將判斷停工留薪期有無及其長短的傷情、病情界定在“相對穩定”比較合適。許多地方的社會保障機構均制定有 《停工留薪期目錄》，均是按照相應病情結合醫療實踐確定的治療各類傷病一般所需的時間和期限。

如於2010年8月實施的 《福建省工傷職工停工留薪期管理暫行辦法》，就是將工傷職工所受傷害以 《福建省工傷職工停工留薪期分類目錄》的方式列出，分別建議停工留薪期。因為職工所受的傷害無法一一窮盡，所以又在第5條規定：“工傷職工所受傷害未列入 《福建省工傷職工停工留薪期分類目錄》的，以臨床治癒或傷情相對穩定的時間確定其停工留薪期。

具體期限由用人單位或社會保險經辦機構根據經治醫療機構的診斷證明確定，並書面通知工傷職工本人。”

因此，法院在審理由於停工留薪期待遇爭議而引發的案件時，應以治療工傷的醫院的意見為基礎，並參考當地社會保障機構制定的 《停工留薪期目錄》，以此來確定勞動者應享受的停工留薪期待遇。