公元1402年，燕王朱棣攻陷了南京城，叔侄之間四年的較量最終是叔叔朱棣笑到了最後，得到了他夢寐以求的寶座，而敗下陣來的朱允炆不知去向、人間蒸發了，朱棣只找到了朱允炆的母親呂太后和他的弟弟朱允熙。（朱棣）

朱標早年被朱元璋立為太子，他的太子妃為明朝開國大將常遇春之女，可這位太子妃命短早逝了；呂氏才被扶正成為太子妃，呂氏是壽州人，太常卿呂本之女，她與朱標生有三個兒子，分別是建文帝朱允炆，衡王朱允堅和徐王朱允熙。

只可惜朱標也是個短命鬼，有福沒有那個命，這樣就由他的兒子朱允炆來繼承帝位，這樣呂氏就連升兩級，由太子妃一步到位皇太后。

朱棣找來呂太后，當著眾多大臣的面，朱棣說，他當初起兵並不是為了搶朱允炆的位子，他這樣做也是不得已而為之，是為了替大明剷除奸賊，他和朱允炆的叔侄關係一直很好，就是因為小人的挑唆，才鬧到今天這個地步，他也不想看到這個結果。

朱棣說得聲淚俱下，眾大臣也是感激涕零，曉之以理動之以情，朱棣說的是口沫橫飛，呂太后是冷若冰霜、橫眉冷對，只要求送她會宮中，朱棣見效果已達到，心滿意足，也就不再為難呂太后，派人送他會宮去。（朱棣）

朱棣即位後廢除了建文帝年號，廢除了朱允炆封給朱標的皇帝稱號，恢復原來的懿文太子稱號，呂太后的太后封號也廢除，改稱懿文太子妃，徐王朱允熙被降為敷惠王，這母子倆被趕出皇宮，前往懿文陵園替朱標守陵；衡王朱允堅被降為懷恩王，不久後被貶為庶人，囚禁在鳳陽。

呂太后活到了1412年（永樂十年），最終孤獨離世。