莖基腐病在平時管理的時候就要注意，一旦有了很難治，而且成本很高。首先排水一定要好，還有施水肥儘量不直接噴到莖部，做好通風采光。

莖基腐病是危害百香果最嚴重的病害之一，該病是由鐮刀狀真菌引起，該病菌好氧、怕Sunny、潛伏期長。病菌在病株的土壤中以厚擔孢子越冬，次年氣溫在18°C以上溼度合適時開始萌芽繁殖。以種苗、水流和風傳播。病菌在近地面處有傷口（地下害蟲，人工農事操作，噴除草劑等可以引起的傷口）的莖基部侵入，病菌初侵入時出現褐色病斑然後病體逐漸擴大，表皮輸管逐漸被侵蝕腐爛，葉片初期出現淡黃，後逐漸黃萎至全株枯死。該病在大量結果後出現發病症狀。尤其是種植兩年後的植株發病最為嚴重。

莖基腐病的防治措施：

起高墩種植，避免受雨水淹沒遭病菌侵蝕；曬兜，新植苗在藤蔓上棚後，二三年老苗在氣溫穩定15度後，將其基部泥土扒開（用噴霧器噴水沖洗莖基部稍微露根表皮），曬兜促使莖基表皮老化防病；選用無病苗圃的不帶病菌的種苗；土壤消毒，生育期間隔每隔一個月以及洪水過後用藥劑淋兜一次，消滅病源。配方：①敵克松100克+高錳酸鉀50克+根寶50毫升+水50公斤②咯菌腈100毫升+高錳酸鉀50克+根寶50毫升+水50公斤。兩種配方最好輪換使用，將藥液從莖基部淋澆苗兜，每株淋藥水2-3公斤；冬季清園莖稈基部塗白防寒、防病，塗白劑配方：生石灰5公斤，細硫磺粉1.5公斤，鹽0.5公斤，動物油0.25公斤，說20-30公斤調勻備用，對棚以下莖稈塗刷，此外冬季落葉後至次年萌芽前選晴好天氣用2-5度的石硫合劑全園噴霧消滅病源；初期發病用藥劑防治，發現植株葉片淡黃，晴天頂端葉片出現凋萎現象時扒開莖部泥土露出莖基部位的病斑用刀刮除乾淨。用咯菌腈100毫升+SMT枯可茵惡黴靈100毫升+硫酸鋅10克+施寶樂20克兌水5公斤或敵克松20克+惡黴靈100毫升+代森錳鋅10克+兌水5公斤塗抹病部，使病部癒合康復。