首先，歷史上沒有殷朝，封神演義裡說商的君王都姓殷，那是小說誤傳，商君姓子。

其次，商朝也沒有官吏，官吏這個詞是後世帝制時代才出現的，商朝是鬆散的封建聯盟制度。

第三，商朝甚至沒有所謂的“百姓”。在商朝那個時代，只有貴族才是有姓氏的，而且當時整個華夏擁有的姓不過一二十個，絕不會達到“百姓“的規模。當然，我理解你說的百姓指的是國內的平民，這就分兩種，一種是住在城內的，叫華人，還有一種住在城外的，叫野人，當然除了平民以外，還有一定數量的奴隸，當然數量不會很大，這些老百姓當時其實沒有國家的概念，周王也不會拿他們怎麼樣。

周王對商人的征服並不是一蹴而就的，因為商太強大了，一口吃不下，周克商至少經歷了三個階段。

首先宣告，當時沒有什麼官吏，商朝是部族聯盟，上層都是大小領主、部落酋長、族長等貴族，都是世襲的。

一、準備階段

這個階段至少從商紂王和周武王祖父一輩開始，這階段商朝內部矛盾激化，而周人開始銳意進取，季歷（武王祖父）征服吞併周圍的部族，商王授予他牧師之職和征討西方之權，成為西方諸侯之長，商王文丁（紂王父）自然也感受到威脅，藉口召喚文丁並殺了他，後來為了緩和和周人的矛盾又把宗室之女嫁給了姬昌，不久又囚禁了他，好說歹說又送禮送女人，商紂王才同意釋放，到了周武王的時候，終於積蓄夠力量，聯合一系列諸侯正式反抗商朝。

可以說武王能成功離不開祖上幾代勵精圖治、銳意進取。

按道理說，商王就應該一巴掌拍死周人，徹底消滅才對，但商王卻是時而打擊、時而拉攏，為什麼會這樣呢？因為除了周人的正確應對積極遊說示好迷惑之外，更多的是因為商朝的威脅實在太多，東南西北中，周人只是西方威脅最大的一支，商人不像我們後世可以開上帝視角，誰也不知道哪支威脅才是致命的，或者就算知道也沒辦法同時解決，所以商才會對週一時打擊一時拉攏，沒成想周人變成了最大的威脅，當武王伐紂的時候，紂王就在征討東部的東夷，其內部也有威脅巨大的宗室，商王可以說是雙拳難敵四手。

二、進攻階段

當紂王進攻東夷的時候，姬發發動了武裝叛亂，紂王的正規軍來不及回撥，結果紂王被迫自殺。

周克商可以說是以弱勝強，是由於商朝內部各種掣肘導致的，所以這種征服並不徹底，這是換一個商王，減少一部分領地而已，而這個時候周人開始對商人產生了微弱優勢。

打個比方說甲方5個人，打敗了不團結的乙方10個人，雙方各戰損一個人，而且乙方死了原隊長，總人口變成了4+9＝13個，因為戰敗乙方3個人變成甲方的戰利品，力量對比變成7：6的微弱優勢。

為了維持甚至擴大這種微弱優勢，周王開始佈置天下：

一、承認紂王兒子武庚的商人首領地位緩和關係，相對應的武庚承認周王的天子地位。

二、在奪取的商人領地分封三個宗室近親建國，以監視武庚。

三、分封呂尚於齊阻擊東夷人。

四、分封周公於魯制衡齊。

五、分封召公於燕阻擋山戎南下。

分封還有很多，關鍵的位置是以宗室為主的。

而且有人認為分封是把手裡的土地分給別人，是愚蠢的行為，這其實是重大誤解。當時的分封是允許你帶著你的家臣到指定的地點建國，就如同姜子牙跑到山東建立齊國，是要自己去擊敗當地的東夷人才行的，不是周王雙手遞給你的，而周王只靠一個名義擴大了勢力，根本就是無本生意。

三、再開拓時期

周朝初期，周人只獲得了微弱優勢，但形勢對周人有利，時間對周人有利，周天子的封臣被佈置在關鍵的位置，圍困商人，從蠻族那裡奪得了大量領土，假以時日將轉化為人口、財富。

武王死後，成王年幼，王叔周公攝政，三監藉口周公圖謀不軌，聯合本來應該監視的物件——武庚反叛，後來被周公平定。

再次戰敗，商人再次被削弱，透過一系列手段，商人再也沒有機會挑戰周天子的權威了。

這些手段包括：

一、在商人的核心地營建東都成周。

二、遷移一部分商人於衛，由宗室成員建國統治。

三、封紂王的庶兄在剩餘的領地建立宋國。

如此，周王到了成王時期才真正名副其實的天子。

——

綜上，題主問如何處理商人，答案是分而治之，一部分領地和人口由周天子和親周的諸侯統治，另一部分仍然是商人治商（後來改稱宋）。

這是一個漸進的過程。

一招降納叛。

二安置和維護原有的統治框架。

三安撫士子到新的統治集團內任職。

四遷遺民。將商朝貴族及商賈大戶到洛邑附近以便管理。

五對原有的統治者進行監督。

六施行新政，安撫民眾。

七封疆建制安撫天下。

八建立綱常體系維護中央權威。

九招攬人才，吸納賢良，儲備賢能之士。

……