兵不在於多，在於精，航空母艦也一樣，而且航空母艦的造價太貴，總算造出來，又需要造很多配套設施，這樣軍費開支太高了，目前是和平年代，沒有必要造太多的航空母艦

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旗艦是指艦隊或編隊指揮官乘座的軍艦。以前旗艦一般是艦隊中最強大的軍艦，現在的話像美國，一般是有專門的指揮艦做旗艦，這主要是因為現在的旗艦為了指揮上的需要，要有大量的電子裝置，用於指揮、通訊。

而航母自身的作戰任務繁重，需要指揮大量的飛機作戰，那麼再用於指揮大型艦隊就顯得有些力不從心了，而且可能影響作戰任務，不如專門建造一艘指揮艦。

以美國大西洋艦隊的旗艦“惠特尼山號”為例，滿載排水量達到18372噸，武器很少，但是有旗艦指揮中心、登陸部隊指揮艙、情報作戰中心、綜合通訊中心等等，專門用於指揮之用。

航母目標大，是對方重點打擊目標，如果艦隊指揮中心也在航母上那麼就被一鍋端了。航母任務重，需要負責自身航行和艦載機起降，艦隊指揮中心也不小，再加上去艦島就要大了（比如日本的宙斯盾艦愛宕級，和美國的本體伯克級相比，就是因為加了艦隊指揮中心所以艦島整整高了一層樓看起來大了一號，適航性不如伯克）。

航母飛機起降以及其它的電磁訊號過於複雜，加上旗艦強烈的電磁訊號，必將產生強烈的干擾，航母為最大作戰效益，人員基本滿編甚至超編，與龐大的指揮系統又相互干擾，所以單置旗艦。

美海軍有專用的指揮艦，例如多次訪問中國的藍嶺號，滿載排水量18000噸，比提康德羅加級巡洋艦都大，是伯克級的兩倍，造那麼大一個軍艦，什麼武器都沒有，很明顯美海軍用航母指揮艦隊的確出了問題，不然不會花巨資專門弄個指揮艦出來，中國沒有海戰經驗，更沒有航母艦隊的作戰經驗，目前還不知道需要什麼樣的指揮艦，等我們航母成軍後可能會懂吧，估計到時候也要弄我們自己的指揮艦，因為美海軍擁有強大的電子戰能力，有個專業指揮艦，能抗干擾，仗才有的打！

一個國家的海上主要軍事力量體現在航空母艦戰鬥群。航母戰鬥群的攻擊與防衛能力很複雜。在戰鬥群裡一般以航母為核心，航空母艦是戰鬥群最重要的艦艇，巡洋艦、驅逐艦、護衛艦、核潛艇、支援艦為輔。

航空母艦戰鬥群，互為策應，互為依託，抵消外來的威脅，巡洋艦，驅逐艦，再以導彈為先鋒，撕碎敵人的防禦，為艦載攻擊機的空襲開路，最後海軍登入佔領敵區。

完成一系列的作戰模式，需要一個總指揮，這個總指揮所在的艦艇就是旗艦。艦隊旗艦主要作用是指揮、協調其它艦艇。旗艦不一定是航母，驅逐艦或者巡洋艦也可以。

"藍嶺"號就是美軍專用指揮艦，作為一艘專用艦隊指揮艦，其優良效能突出表現在強大的指揮控制能力上。“藍嶺”號安裝了最先進的通訊系統，強大的通訊系統和現代化的探測系統，稱為最先進的海上兩棲作戰指揮和控制中心。

這屬於美軍在實戰經驗所造成的一個結果，以前美軍也是習慣於使用航母為艦隊旗艦的，但是在實戰中美華人發現一個問題，那就是使用航空母艦作為旗艦的話，在艦載機進行起飛和降落作業時，所有的通訊裝置都不能使用，這造成了一個很大的麻煩，因為指揮艦隊時，需要經常進行大量的通訊活動，尤其是隨著技術的進一步發展之後，這就情況完全不適應這種要求，而且在使用航母進行擔任旗艦時，艦上的設施也不夠用，也不能滿足於現代戰爭的越來越高的要求。

現代條件上，作戰指揮所涉及的指揮部人員，通訊等數量越來越大，試圖把旗艦轉移到其他艦上，比如：可以不影響其原有使用。又方便的使用的軍艦上。也建造專門的指揮艦，比如：藍嶺號，艦長194米，寬25米，主甲板寬32.9米，滿載排水量18372噸，最大航速23節， 16節航速時續航力為13000海里。

美軍對旗艦的要求，不是單艦的戰鬥能力最強，而是條件更適合作戰指揮的需求，能夠滿足大量指揮人員在艦上工作，也可以滿足大量通訊的要求，這種情況下美華人才產生了建造專門的指揮艦的構想。

全世界只有美國海軍才專門配有奢侈的指揮艦（即題主所說的旗艦），這也是美國百年海軍積攢下來的寶貴經驗。由於中國還不具備多航母戰鬥群，將來發展指揮艦也可能是必然趨勢。

藍領艦和惠特尼山艦是美國最優秀的兩艘指揮艦，儘管如此重要的首艦，也只是在具備基本的防護能力之外，裝備的都是最先進的電子系統來保障指揮系統隨時暢通，在應對戰場複雜的電子戰的情況下，不受絲毫影響。

而作為主力戰艦的航空母艦，繁忙的程度就是另一番景象，就憑艦載機群的隨時起降就讓航母的電子系統應接不暇，根本就滿足不了作為指揮艦指揮全軍的需要。所以儘管在沒有指揮艦的情況之下，就算讓其它的艦船來代替指揮艦，也絕對不能讓航母擔當旗艦使用，目的還是為了指揮官在指揮戰局的情況下，不影響航母發揮最強的戰鬥力。