司馬遷之所以為李陵辯護，有以下原因:

1、當時群臣，包括漢武帝都認為李陵投敵，皆聲討李陵的罪過。在此之前群臣盛讚李陵作戰勇敢，對李陵大加誇讚，現在看到漢武帝對李陵投降之後非常生氣之後，群臣馬上轉變了態度，司馬遷對於這種見風使舵之人深惡痛絕。

2、司馬遷認為李陵侍奉親人孝敬老人，與士人有信，一向懷著報國之心。

他只領了五千步兵，吸引了匈奴全部的力量，殺敵一萬多，雖然戰敗降敵，其功可以抵過。還有司馬遷看李陵並非真心降敵，他是活下來想找機會回報漢朝的。

但由於漢武帝誤聽信李陵替匈奴練兵的訛傳，漢朝夷其三族，致使李陵徹底與漢朝斷絕關係。

司馬遷也以“欲沮貳師，為陵遊說”被定為誣罔罪名，誣罔之罪為大不敬之罪，按律當斬，最後選擇了以腐刑贖身死。

天漢二年(公元前99年)，正當司馬遷全身心地撰寫《史記》之時，卻遇上了飛來橫禍，這就是李陵事件。

這年夏天，武帝派自己寵妃李夫人的哥哥、二師將軍李廣利領兵討伐匈奴，另派李廣的孫子、別將李陵隨從李廣利押運輜重。李廣帶領步卒五千人出居延，孤軍深入浚稽山，與單于遭遇。匈奴以八萬騎兵圍攻李陵。經過八晝夜的戰鬥，李陵斬殺了一萬多匈奴，但由於他得不到主力部隊的後援，結果彈盡糧絕，不幸被俘。 李陵兵敗的訊息傳到長安後，武帝本希望他能戰死，後聽說他卻投了降，憤怒萬分，滿朝文武官員察言觀色，趨炎附勢，幾天前還紛紛稱讚李陵的英勇，現在卻附和漢武帝，指責李陵的罪過。漢武帝詢問太史令司馬遷的看法，司馬遷一方面安慰武帝，一方面也痛恨那些見風使舵的大臣，盡力為李陵辯護。

他認為李陵平時孝順母親，對朋友講信義，對人謙虛禮讓，對士兵有恩信，常常奮不顧身地急國家之所急，有國士的鳳範。司馬遷痛恨那些只知道保全自己和家人的大臣，他們如今見李陵出兵不利，就一味地落井下石，誇大其罪名。他對漢武帝說:"李陵只率領五千步兵，深入匈奴，孤軍奮戰，殺傷了許多敵人，立下了赫赫功勞。在救兵不至、彈盡糧絕、走投無路的情況下，仍然奮勇殺敵。就是古代名將也不過如此。李陵自己雖陷於失敗之中，而他殺傷匈奴之多，也足以顯赫於天下了。他之所以不死，而是投降了匈奴，一定是想尋找適當的機會再報答漢室。"司馬遷的意思似乎是二師將軍李廣利沒有盡到他的責任。他的直言觸怒了漢武帝，漢武帝認為他是在為李陵辯護，諷刺勞師遠征、戰敗而歸的李廣利，於是下令將司馬遷打入大牢。關於李陵的評價，在其生前即頗存爭議，卻並無人能多言，因為他的案例是被漢武帝欽定而且是被族滅的。唯一替他說話的司馬遷，也受了腐刑，那還是被特殊寬宥了的；這樣誰還敢為他說話？漢武晚年雖也有所悔悟，卻也終未付諸行動。對李陵的相對客觀的評價，還有待漢武去世之後。這才有了前述的任立政出使匈奴一事。但對李陵評價之爭議，卻遠非就此而止，而是綿延千年而不絕。尤其每到特殊的歷史時期，他就會被一些人翻出來，重新貶謫或者同情一番。其目的則大都不過是借古人之行跡，澆心頭之塊壘，各抒各的懷抱罷了。後世對李陵非議者有之，同情者亦有之。後者不再贅述；非議李陵比較著名的，是明末的船山先生王夫之。他在其鉅著《讀通鑑論》中，對李陵曾進行了十分尖銳的批判；甚至連帶為其辯護的司馬遷，也一起痛貶了一番。船山先生是我十分景仰之人。不過這裡，我將盡力本乎事實對船山先生之論作些跨越時間的評析和反駁。

船山先生《讀通鑑論》卷三武帝三十：“司馬遷挾私以成史，班固譏其不忠，亦允矣。李陵之降也，罪較著而不可掩。如謂有孤軍支虜而無援，則以步卒五千出塞，陵自炫其勇，而非武帝命之不獲辭也。陵之族也，則嫁其禍於緒；迨其後李廣利徵匈奴，陵將三萬餘騎追漢軍，轉戰九日，亦將委罪於緒乎？如曰陵受單于之制，不得不追奔轉戰者，匈奴豈伊無可信之人？令陵有兩袒之心，單于亦何能信陵而委以重兵，使深入而與漢將相持乎！遷之為陵文過若不及，而抑稱道李廣於不絕，以獎其世業。遷之書，為背公死黨之言，而惡足信哉？為將而降，降而為之效死以戰，雖欲浣滌其汙，而已緇之素，不可復白，大節喪，則餘無可浣也。關羽之復歸於昭烈，幸也；假令白馬之戰，不敵顏良而死，則終為反面事讎之匹夫，而又奚辭焉？李陵曰：‘思一得當以報漢’，愧蘇武而為之辭也。其背道也，固非遷之所得而文焉者也。”司馬遷為李陵案而橫遭腐刑，不得不長期忍受一個生者所能經受之最大的恥辱，是故“腸一日而九回”，埋頭修史以盡其先父之囑託；若於評論中有所偏發，以抒解胸中之鬱結，也是可以理解的。

然而司馬遷之秉守史家求真之原則，在闡述事實時,盡最大能力考證梳辨、去偽存真，也是為世所公認的。即以他所敘述之李陵事蹟為例，班固出於維護漢室需要出發，而“譏其不忠”；然而他所修撰之漢書中關於李陵部分，也大多承襲司馬遷所列舉之事實，二者鮮有差異。即宋之司馬光修《資治通鑑》，也本乎此。這就足以說明，司馬遷對李陵經歷之描述，基本是本乎事實的，而決非“挾私以成史”。