元至正十六年（1356年）朱元璋拿下了元朝的集慶路（今南京），於是改為應天府，設定大元帥府，並且自稱吳國公，模仿元制設定江南行中書省，開始逐漸形成最初的中央機構雛形。

元至正二十四年（1364年）朱元璋以應天為大本營，不斷擴充套件勢力，逐漸成為元朝末年不可小覷的一支反元力量。這一年，朱元璋改稱吳王，稱王建制設定百官，在中央設定中書省，以李善長和徐達分別擔任右、左丞相。

至正二十七年（1367年）朱元璋把這年改稱吳元年，以李善長為左丞相，並開始制定各種職官制度、各項律令，開始籌備統治天下，這一年朱元璋命令徐達、常遇春二人北伐殘元，元朝已經猶如摧枯拉朽一般迅速敗亡，朱元璋獲得天下不過就是時間問題。

公元1368年，朱元璋稱帝，建國號大明，年號洪武，史稱明太祖。

天下統一之後，朱元璋很快就開始著手內部的整頓，朱元璋權力慾極強，鑑於過往歷朝歷代丞相權力過大對皇權壓制的教訓，朱元璋開始削弱相權。

公元1380元，朱元璋以謀反罪誅殺丞相胡惟庸，並順勢取消中書省，直接管理六部，並詔令後代嗣君不許再設丞相，實行六部治國，徹底廢除丞相制度。

到了明成祖時內閣大學士參與機要協助皇帝處理政務，開啟了明朝兩百年的內閣制度。但是這時的內閣大學士品階較低，雖然協助皇帝參與機要政務，但是權力受到種種限制，只能說是皇帝的一個秘書班子。

到了明仁宗、明宣宗的時候，內閣制度進一步發展和完善，並且閣權開始重於六部的權力，而且內閣大學士也從過去正五品提高到了正三品的品階。而且，最重要的是這時期的內閣不再只是皇帝的秘書班子了，是具有“票擬”權力的重臣，可以對皇帝收到的各種奏章進行草擬批答意見，然後再供皇帝決策批出去處理。這樣一來，內閣就具有了直接掌握朝廷中樞的大權，對於國家政務的處理有著非常至關重要的作用。

內閣大學士是由多人擔任的，在處理國家政務上，主要根據閣臣的資歷、皇帝的寵信分別劃為首輔、次輔、群輔，首輔具有統率所有閣臣的重任，也是皇帝最為親信的大臣，權力極大。

到了明世宗時期，首輔地位越來越高，像嚴嵩、張居正、徐階等首輔長期控制朝政，形成內閣集權的情況，這時的首輔可以說是無丞相之名，卻是執行丞相之權，擁有丞相之實。

後續內閣制度始終貫穿整個明朝中後期，直至滅亡。

六部：

吏部，位列六部之首，主管全國官吏，設尚書一人，正二品，設定左右侍郎各一人，正三品。其下還設有司務廳、文選司、考功清吏司等下屬諸司，設有主事，郎中，員外郎等屬官。

戶部，主管財政、賦稅、土地、戶口，設尚書一人，正二品，設定左右侍郎各一人，正三品。戶部機構最為龐大，設有十三清吏司，還有寶鈔提舉司、印鈔局等直屬機構，設有主事，郎中，員外郎、照磨、檢校、提舉、大使、副使等屬官。

禮部，主管禮儀、文化、教育、祭祀等，設尚書一人，正二品，設定左右侍郎各一人，正三品。其下屬官有郎中，員外郎等。除下屬各司、廳等機構外，禮部還負責管理兩個重要機構——太常寺和光祿寺。兩寺各設有主官，太常寺掌祭祀禮樂，設太常寺卿一人，正三品，少卿二人，正四品。光祿寺負責祭祀、宴勞、珍饈事宜，設光祿寺卿一人，從三品，少卿二人，正五品。

兵部，為全國軍事行政機構，軍事最高機關，設尚書一人，正二品，設定左右侍郎各一人，正三品。其下屬官有主事，郎中，員外郎等。兵部還負責管理一個機構——太僕寺，主要負責養軍馬。設有主官卿一人，從三品，少卿二人，正四品。

刑部，主管全國刑獄、審判。設尚書一人，正二品，設定左右侍郎各一人，正三品。下設十三清吏司，設有主事，郎中，員外郎等屬官。

工部，主管全國工程建設和營造，以及全國山水、屯田事宜。設尚書一人，正二品，設定左右侍郎各一人，正三品。下屬機構較為專業，設有主事，郎中，員外郎等屬官。

其餘機構：

都察院，掌管司法和監察，主官為左右都御史各一人，正二品，左右副都御史各一人，正三品。其下還有最重要的十三道監察御史共110人，均為正七品。

大理寺，管案件複核，和刑部、都察院並稱三法司，設大理寺卿一人，正三品，少卿二人，正四品。