科學家認為，這可能是由於它們浮上海面的過程過快。抹香鯨能潛到水下3200多米深的地方捕食。如果它們突然迅速浮上淺海，體液中的氮氣就會湧出形成氣泡。如果氣泡糾結在組織中壓迫神經，就會阻塞毛細血管，導致其肌肉缺氧。抹香鯨“自殺”很可能是他們覓食時升水過急而付出的代價。

大型鯨類動物很容易擱淺。

這一機率首先和它們的體形有直接關聯。由於體型巨大，他們有巨大的運動慣量，同時需要有巨大的迴旋空間來轉向。海洋哺乳類的問題尤其嚴重，因為他們的尾鰭是上下拍打的，因此轉彎效率遠比一般魚類低，並且對水深的要求更苛刻。一旦大型鯨類進入淺灘區，水深僅數米，那麼即使到幹岸還有一兩百米的距離，它們也將毫無懸念的向前遊動（因為它們的掙扎只能推動它們向前）直到擱淺。意外的退潮將會使這個問題更加嚴重。假設鯨類在退潮之前正在灣區遊動，一旦退潮，水位將在很短時間內下降數米，它們如果沒有在這個短時間內正好朝著一個離開的方向，並且在水位降到無法有效推動之前離開，它們就將同樣無懸念的遊向海灘或者擱淺在淺水區。

換句話說，無論任何原因，一頭大型鯨類接近到【深水區】邊緣一二十米內而它的方向仍然是筆直朝向淺水區的話，它的命運就很難扭轉了。而大型鯨類很難真的在這個返回極限之前【發覺】這一點。只要它們的導航系統沒有【遠遠的】避開這些淺灘區，它們就面臨著很高的致命威脅。這就是為什麼人們把鯨類擱淺看作是導航知覺或者方向感問題，而不是看作泳技問題。

鯨類擱淺的一個更要害的問題是，它們的掙扎會讓它們遠遠的離開水面（因為還會退潮）那時它們面對的頭號問題將不是窒息（因為它們可以呼吸空氣），而是由於厚厚的脂肪層帶來的積熱導致的體溫升高，（以前它們在海水裡，在海水的散熱下它們才能保持正常體溫）它們會迅速的熱到失去意識並且最後生理機制崩潰而死。所以人們保養擱淺鯨類必須靠著不停地澆水。要用消防水龍那樣的流量澆水。 而引導它們回到安全區域甚至是一個更困難的問題：它們太重，並且它們會掙扎，尤其在水裡掙扎會讓它們重新游回沙灘，而又很少有在淺灘能夠操作的船隻能和它們對抗。麻醉它們是不安全的，因為它們到了水裡還必須自主呼吸，世界上沒有足夠鯨類使用的呼吸機。

一般來說，衝上淺灘的非珍稀大型鯨類都是在測量之後直接用作解剖研究用（也許會等待自然死亡）。因為實在缺乏可行的救助手段。某種程度上，這也是為什麼海濱浴場會有防護網。那不僅是防鯊。

導致鯨魚誤入危險海域的原因很多，最常見的是試圖繞過它們行進路線上的船隊——繁忙的遠洋航線對鯨魚就像高速公路對小動物那樣難以逾越。演習的艦隊，集團作業的漁船隊，可能大範圍的擋住鯨魚的去路。聲納系統（捕魚船也有聲納系統）讓水下充滿了各種聲音訊號，發動機尤其是怠速發動機可能搞亂鯨類的聲波導航能力——範圍取決於水的傳聲能力和鯨類的聽力極限。海水汙染帶也可能導致鯨群試圖繞道。鯨類只有刻畫在本能中的安全航線、方向感和隨時隨地的隨機應變，鯨類腦中沒有海圖。