植物比較解剖學
從系統演化的觀點，比較各類群植物結構的異同的學科。這些結構特徵，可以作為植物分類學的依據。早期H.A.德巴里的著作，首先討論了各種組織的形態結構，然後說明了這些不同形狀的組織排列。後來的中柱學說，對這些內容作了進一步的概括。1908年德國H.索萊雷德發表的《被子植物系統解剖學》，以及1917年，美國E.C.傑弗裡發表的《木本植物的解剖學》，都相繼提出了一個比一個更日趨完善的比較系統。1950年，英國C.R.梅特卡夫與L.喬克合著的《被子植物解剖學（上、下冊）》對近代研究一直有影響。近年來，人們除了仍對維管組織，特別是次生木質部的解剖給予關注外，還由於掃描電子顯微鏡的應用，而對葉子的結構（如葉脈、角質膜、氣孔及表皮毛等），給予了較大的注意。
植物發育解剖學
從植物個體發育的觀點，說明植物的組織和器官發生發展過程的學科。一般從胚胎各部分的起源與發育開始，闡明植物體中分生組織的本質，各種組織的起源，初生生長和次生生長的各種結構變化以及各組織的結構和功能。基本上可將此分支的研究分為組織分化與器官形成兩個方面。前者包括頂端分生組織及其分化的表皮層、基本組織（薄壁組織、厚角組織和厚壁組織）、維管組織(韌皮部、木質部和維管形成層)以及分泌結構，傳遞細胞與周皮發生等。後者著重在根端分生組織的分化、側根的形成、根的次生生長和不定根的發生；莖端的分化，葉和芽的發生，莖的初生生長和次生生長；葉原基的發生和組織分化，以及幼葉的發育與變異等。美國K.埃紹在韌皮部的解剖學方面，工作成績顯著，相繼發表了《植物解剖學》（1950、1965）、《種子植物解剖學》(1960，1977)和《韌皮部》(1969)等專著，對植物發育解剖學的發展，起到了推動的作用。
植物生理解剖學
從植物生理功能的角度，探討植物各種組織結構的學科。19世紀後期，德國G.哈貝蘭特的《植物生理解剖學》一書，將植物組織依據功能劃分成12個生理解剖系統：分生組織（系統）、皮系統（保護系統）、機械系統、吸收系統、光合系統、維管（或輸導）系統、貯藏系統、通氣系統、分泌和排洩系統、運動系統、感覺系統和刺激傳導系統，從而奠定了植物生理解剖學的基礎。但它沒有考慮組織的組成和發生來源，認為只要功能相同，也可以不連續地分散在植物體的各部分，因而難於反映出植物的整體性。近代植物生理解剖學重點討論了光合作用與光合組織（具有葉綠體的細胞）、各種激素對細胞和組織結構分化的影響、組織結構與吸收和輸導的關係、植物生長髮育中的組織變化，特別是成花過程中的結構變化等。
植物病理解剖學
研究植物細胞與組織的抗病機理及其結構變化的學科。20世紀初德國E.屈斯特爾在《植物病理解剖學》一書中，論述了彩斑現象、黃化及其相關現象、水腫組織、愈傷組織和再生與蟲癭等，也對組織發生、機械組織的發生、病理與生態的關係等，進行了比較系統的描述，還確定了細胞增生、細胞減生、細胞腫大和膨腫等一些植物病理解剖學的名詞。這些名詞一直沿用至今。20世紀50年代以後，在研究技術不斷更新和與植物抗病育種相結合的情況下，植物病理解剖學進一步揭示了種子植物在防病的結構變化中，或是增厚角質膜，或是延遲氣孔的開放，抵抗或避免病菌的侵入，以及被侵染後的細胞及其周圍的細胞能主動迅速死亡併產生毒素，從而阻止病菌的蔓延等。
植物生態解剖學
研究在不同生態條件下（旱生、水生、腐生等），植物細胞、組織結構的變化的學科。20世紀初，植物生態解剖學主要是對旱生、中生和水生植物的組織變化進行了研究，尤其著重於旱生植物的適應結構。如旱生植物的葉子，有的非常退化，成為鱗片狀或小刺。有的角質膜往往非常增厚，或者具有濃密的表皮毛。葉子表皮層上的氣孔也有各種飾變，以減少蒸騰作用。有的禾草類植物葉子的表皮層中，具有泡狀細胞，遇到乾旱時，可使葉子捲曲，以減少水分的喪失。還有的植物，其葉子可有不同程度的肉質化或變態。因而葉子的變異，一直是植物生態解剖學的研究要點。近年來，植物遭受有毒氣體與重金屬離子毒害的組織變化，與耐毒氣和河湖汙染的適應等方面研究，也日漸增多，已成為植物生態解剖學中的重要部分。
木材解剖學
又稱次生木質部解剖學。1858年C.W.von內格利在描述維管組織系統時，首先提出了木質部和韌皮部的概念。德國C.薩尼奧提出了“管胞”這一名詞，他對木材組織進行的研究工作，奠定了木材解剖學的基礎。20世紀30年代，木材解剖學已成為相當發達的一個植物解剖學的分支。1931年成立了《國際木材解剖學家協會(IAWA)》以後，木材解剖學成為植物解剖學中最直接聯絡生產的一個分支學科。木材解剖學的研究，大致趨向木材系統演化和親緣關係的理論研究，以及用作木材鑑定和利用的應用研究兩個方面。20年代以來，美國I.W.貝利等，對種子植物的木質部演化，作了較全面的論述，形成了木材解剖學中的“貝利學派”，這一學派一直影響到了現在。另一方面，美國S.J.雷科德從木材鑑別的角度，對次生木質部作了比較觀察，大大推動了國際範圍對木材應用的研究。
植物比較解剖學
從系統演化的觀點，比較各類群植物結構的異同的學科。這些結構特徵，可以作為植物分類學的依據。早期H.A.德巴里的著作，首先討論了各種組織的形態結構，然後說明了這些不同形狀的組織排列。後來的中柱學說，對這些內容作了進一步的概括。1908年德國H.索萊雷德發表的《被子植物系統解剖學》，以及1917年，美國E.C.傑弗裡發表的《木本植物的解剖學》，都相繼提出了一個比一個更日趨完善的比較系統。1950年，英國C.R.梅特卡夫與L.喬克合著的《被子植物解剖學（上、下冊）》對近代研究一直有影響。近年來，人們除了仍對維管組織，特別是次生木質部的解剖給予關注外，還由於掃描電子顯微鏡的應用，而對葉子的結構（如葉脈、角質膜、氣孔及表皮毛等），給予了較大的注意。
植物發育解剖學
從植物個體發育的觀點，說明植物的組織和器官發生發展過程的學科。一般從胚胎各部分的起源與發育開始，闡明植物體中分生組織的本質，各種組織的起源，初生生長和次生生長的各種結構變化以及各組織的結構和功能。基本上可將此分支的研究分為組織分化與器官形成兩個方面。前者包括頂端分生組織及其分化的表皮層、基本組織（薄壁組織、厚角組織和厚壁組織）、維管組織(韌皮部、木質部和維管形成層)以及分泌結構，傳遞細胞與周皮發生等。後者著重在根端分生組織的分化、側根的形成、根的次生生長和不定根的發生；莖端的分化，葉和芽的發生，莖的初生生長和次生生長；葉原基的發生和組織分化，以及幼葉的發育與變異等。美國K.埃紹在韌皮部的解剖學方面，工作成績顯著，相繼發表了《植物解剖學》（1950、1965）、《種子植物解剖學》(1960，1977)和《韌皮部》(1969)等專著，對植物發育解剖學的發展，起到了推動的作用。
植物生理解剖學
從植物生理功能的角度，探討植物各種組織結構的學科。19世紀後期，德國G.哈貝蘭特的《植物生理解剖學》一書，將植物組織依據功能劃分成12個生理解剖系統：分生組織（系統）、皮系統（保護系統）、機械系統、吸收系統、光合系統、維管（或輸導）系統、貯藏系統、通氣系統、分泌和排洩系統、運動系統、感覺系統和刺激傳導系統，從而奠定了植物生理解剖學的基礎。但它沒有考慮組織的組成和發生來源，認為只要功能相同，也可以不連續地分散在植物體的各部分，因而難於反映出植物的整體性。近代植物生理解剖學重點討論了光合作用與光合組織（具有葉綠體的細胞）、各種激素對細胞和組織結構分化的影響、組織結構與吸收和輸導的關係、植物生長髮育中的組織變化，特別是成花過程中的結構變化等。
植物病理解剖學
研究植物細胞與組織的抗病機理及其結構變化的學科。20世紀初德國E.屈斯特爾在《植物病理解剖學》一書中，論述了彩斑現象、黃化及其相關現象、水腫組織、愈傷組織和再生與蟲癭等，也對組織發生、機械組織的發生、病理與生態的關係等，進行了比較系統的描述，還確定了細胞增生、細胞減生、細胞腫大和膨腫等一些植物病理解剖學的名詞。這些名詞一直沿用至今。20世紀50年代以後，在研究技術不斷更新和與植物抗病育種相結合的情況下，植物病理解剖學進一步揭示了種子植物在防病的結構變化中，或是增厚角質膜，或是延遲氣孔的開放，抵抗或避免病菌的侵入，以及被侵染後的細胞及其周圍的細胞能主動迅速死亡併產生毒素，從而阻止病菌的蔓延等。
植物生態解剖學
研究在不同生態條件下（旱生、水生、腐生等），植物細胞、組織結構的變化的學科。20世紀初，植物生態解剖學主要是對旱生、中生和水生植物的組織變化進行了研究，尤其著重於旱生植物的適應結構。如旱生植物的葉子，有的非常退化，成為鱗片狀或小刺。有的角質膜往往非常增厚，或者具有濃密的表皮毛。葉子表皮層上的氣孔也有各種飾變，以減少蒸騰作用。有的禾草類植物葉子的表皮層中，具有泡狀細胞，遇到乾旱時，可使葉子捲曲，以減少水分的喪失。還有的植物，其葉子可有不同程度的肉質化或變態。因而葉子的變異，一直是植物生態解剖學的研究要點。近年來，植物遭受有毒氣體與重金屬離子毒害的組織變化，與耐毒氣和河湖汙染的適應等方面研究，也日漸增多，已成為植物生態解剖學中的重要部分。
木材解剖學
又稱次生木質部解剖學。1858年C.W.von內格利在描述維管組織系統時，首先提出了木質部和韌皮部的概念。德國C.薩尼奧提出了“管胞”這一名詞，他對木材組織進行的研究工作，奠定了木材解剖學的基礎。20世紀30年代，木材解剖學已成為相當發達的一個植物解剖學的分支。1931年成立了《國際木材解剖學家協會(IAWA)》以後，木材解剖學成為植物解剖學中最直接聯絡生產的一個分支學科。木材解剖學的研究，大致趨向木材系統演化和親緣關係的理論研究，以及用作木材鑑定和利用的應用研究兩個方面。20年代以來，美國I.W.貝利等，對種子植物的木質部演化，作了較全面的論述，形成了木材解剖學中的“貝利學派”，這一學派一直影響到了現在。另一方面，美國S.J.雷科德從木材鑑別的角度，對次生木質部作了比較觀察，大大推動了國際範圍對木材應用的研究。