天之痕的故事，發生在《軒轅劍叄》的一百五十年前，背景是中在公元601年，陳國遺民集結了數萬兵馬，興兵反抗，意圖復國。

隋文帝立即下令平亂，然而讓陳國反抗軍訝異的是：朝廷的平亂部隊竟然只有二十人不到之兵馬，而為首之人，竟是一位年僅十歲之少年！

這位身披斗篷的神秘少年，以一把神秘的「黃金之劍」，在僅僅一擊之間便將數萬陳國反抗軍馬一瞬消滅殆盡、灰飛煙滅。

神秘少年與天下無敵之黃金劍「軒轅劍」威名，自此令所有人聞之色變，再也沒人敢起兵反叛朝廷。

十六年後，隋煬帝時代，男主角「陳靖仇」奉師父之命，踏上尋找傳說中五樣中原上古神器之旅。

陳靖仇是陳國後裔，在襁褓時代隋朝四處搜捕陳國遺族時，他的師父陳輔犧牲了自己的孫兒，冒險將陳靖仇替代救出。

陳輔將自己復國的願望，全落在幼小的陳靖仇身上（陳靖仇之名，即是「靖北虜，復國仇」的意思）。

由於十六年前歷經那場驚心動魄之噩夢，師父深知自己絕對無法敵過那位手持軒轅劍的神秘少年，所以決心改換方式，開始四處尋找傳說中能讓人獲得天下之五樣上古神器：伏羲琴、神農鼎、崆峒印、崑崙鏡、女媧石，打算收齊它們，以它們的力量來複興故國

遊戲的主角陳靖仇，隨師傅陳輔至伏魔山尋找崑崙鏡時，不慎放出上古魔獸“饕餮”，陳輔將自己與其一同冰封於洞中，命陳靖仇到雷夏澤尋找公山師伯前來搭救。在經過月河村時，遇到了為救弟弟而自願當作祭品的白髮女孩於小雪，陳靖仇出於正義，救下小雪，但月河村民被憤怒的鮫精殺死大半。村中殘餘的老少一齊趕走二人，靖仇便與小雪一同展開旅程。陳靖仇找到公山師伯，卻得知其已被宇文拓打成重傷，於是陳靖仇決定尋找上古神器神農鼎煉藥，醫治師伯。

兩人行經黑山鎮，救下了被妖魔官兵擊倒的拓拔玉兒，但玉兒卻認為兩人與隋軍乃是一夥。此時張烈出現，款待兩人以示報答。原來神農鼎原是鮮卑族聖物，現卻已被宇文拓搶走。拓拔玉兒偷聽到張烈蒐集回的情報，得知神農鼎在龍舟上，決定冒險搶回神農鼎。眾人潛入龍舟上，並得知神農鼎其實是贗品。後來玉兒行刺隋煬帝未果，被陳靖仇救下跳運河逃生。靖仇、小雪與玉兒一同進入山寨奪鼎，不料卻被變身成宇文拓的獨孤寧珂帶走。三人為了調查鼎的下落而到了泰山，此時宇文拓的部隊在山頂發動“萬靈血陣”，將一座有六萬人口的城市完全摧毀。後來三人在河邊的小船上遇見獨孤寧珂，並拿回了神農鼎。

陳靖仇煉好了藥，公山師伯卻已病故，於是三人聽從師伯的建議前往海上求仙。海上航行時，被受驚的鯨魚神獸“巨海”吞入，誤闖了“氐人族”領地。在氐人族女王的求助下，三人幫忙除去了不斷吞食氐人族的黑龍王，但拓跋玉兒卻中了黑龍王的計謀，取下崆峒印，破壞了氐人族青春不老的結界。玉兒在極度愧疚下揮刀毀容，以致生命垂危，於是氐人女王帶三人前往仙山島。在仙山島山路中，拓跋玉兒突然發高燒，即使服用了神農鼎煉化的藥也未見起色，小雪為救夥伴毅然割臂獻肉終於令玉兒退燒。好不容易在對弈亭找到仙人，仙人卻不予理會。陳靖仇和小雪苦苦懇求，仙人終被三人的友誼所感動。隔日仙人命陳靖仇與小雪去取血露蟠桃，不料在取得血露蟠桃時，刑天突然出現，兩人不敵，刑天說必斬下一人手臂。兩人爭著砍自己手臂，此時御劍老仙人出現，原來這只是一個給摘桃者設下的考驗。終於，並由古月仙人醫好了玉兒，一行人來到伏魔山，救出了陳輔。

三人與陳輔離開仙界，途中遵照白鹿精指示來到長沙，再度遇到獨孤寧珂，並毅然決定支援三人阻止宇文拓。經過一連串爭奪後，因為宇文拓挾持了陳輔為人質，陳靖仇只好而交出了自己擁有的所有神器。後來宇文拓獨自去敦煌拿伏羲琴而將鼎、印、石三樣神器放到皇家寶庫，眾人終於在與寧珂郡主裡應外合下將神器全部盜出。於此同時小雪也因連日的劇烈頭疼而病倒。某日，小雪竟盜走神器投奔宇文拓而去。面臨了小雪的背叛，拓跋玉兒在寧珂郡主的幫助下，潛入太師府，向小雪詢問實情。原來小雪其實是女媧石轉世，而身為崑崙鏡轉世的宇文拓所作的一切都是為了修補“神州九天結界”。不料離去時，寧珂殺害了玉兒，並引來陳靖仇，將玉兒之死嫁禍給小雪。

陳靖仇帶著重傷的玉兒來到仙界，不料仙人外出，玉兒還是死去。陳靖仇心灰意冷，決定放棄。靖仇離開大興後遇見李世民，並與張烈重逢，並在他們的協助下再度對抗宇文拓。陳靖仇來到通天塔頂，打敗了宇文拓，還將其右臂砍下，寧珂趁機發動偷襲，西方魔界終於降臨，原來寧珂郡主是撒旦手下的女魔將，是一切陰謀背後的真正主導人。眾人到仙山島尋求幫助，眾人奪回琴、鼎、印，並在古月仙人幫助下列出失卻之陣，以宇文拓的崑崙鏡力量回到魔界降臨被劃破之前。之後一行人透過代替虛空之陣的巴別之路前往天上界，並順利到達赤貫核心修補“神州九天結界”。失卻之陣即將再次啟動時，寧珂再次出現，卻被眾人打倒。寧珂臨終前，說出了自己附身寧珂郡主的真相，最後在古月仙人幫助下，將靈魂封入伏羲琴中淨化。此時，誤以為陳靖仇背叛，並在獨孤寧珂唆使之下魔化的陳輔企圖破壞赤貫星，陳靖仇只好忍痛將之除去。

赤貫星成功封印，眾人回到人間，已是十年之後。