第一世

中國明朝，當時有兩大特務組織：東廠、錦衣衛。錦衣衛北鎮撫司魯振一奉都督馬順之命，接兩廣總督韓雍女兒雪梅進京與馬成親。梅與義軍首領馮瑞兩情相悅，卻忌憚馬都督權勢，無奈答允婚事。魯振一密謀背叛馬都督，欲娶雪梅以奪取其父兵權，卻被恩師盧子真識破，盧子真捨身重創魯振一，時馮瑞趕至，混亂中雪梅誤殺馮瑞，魯振一亦將雪梅刺死。

第二世

連慶班經營不善，面臨散班危機，班主苗華堂遂向樂善好施的馬敬白求助。馬敬白與苗華堂師妹孟華苓一見鍾情。苗華堂看在眼，苦不堪言。馬母思想守舊，阻止白、苓交往，敬白為孟華苓被逐出家門。華苓感動，決定在演出後與白長相廝守，豈料苗華堂竟將華苓殺死。

第三世

漁夫楊秋生與兄長阿萬師相依為命，對其兄一直言聽計從。性格開朗的陸曼芬隨舞蹈團到訪，邂逅秋生，相處下互生情愫。阿萬師篤信鬼神，阻止生、芬交往。阿萬師意外辭世，秋生決繼承其兄法師之位，芬失望離去。數年後，秋生竟出現在芬跟前。

三世輪迴的情緣，從古代、民初到現代，從貴族、戲班、到市井小民，集結當年紅極一時的彭雪芬、姜厚任及石雋，鋪敘出兩男一女的跨世愛情悲劇。胡金銓執導第一世，來到他最擅長的明朝，英氣凜然的錦衣衛隊長護送總督之女的迎娶旅程，卻捲入她與反抗軍首領之間的愛情與復仇陰謀之中。一把魚腸劍，貫穿了三人的痴纏愛戀與家仇國恨。