巧克力囊腫是子宮內膜異位症,異位到卵巢上的一種表現。治療卵巢巧克力囊腫,可以選擇藥物治療或者是手術治療,藥物治療適用於有慢性盆腔痛,經期痛症狀明顯,並且有生育要求較大的卵巢囊腫患者。另外,如果卵巢囊腫體積巨大,並且沒有生育要求,可以做手術治療。藥物治療一般可以選擇口服避孕藥、口服孕激素或者是孕激素受體拮抗劑,比如米非司酮等等。另外,還可以選擇孕三烯酮、達那唑、促性腺激素,釋放激素激動劑等等。手術治療可以根據患者的年齡,有無生育要求而選擇是否功保留生育能力。

1、可採用藥物或（和）手術治療（保守性或根治性）

迄今為止，除根治性手術外，尚無一種理想的根治方法。

無論是藥物治療抑或保守性乎術均有相當高的複發率。因此，應根據患者年齡、症狀、體徵、病變範圍以及對生育要求等加以選擇，強調個體化治療。

症狀輕或無症狀的輕微病變選用期待治療；有生育要求的輕度患者明確診斷後先行藥物治療，病情重者行保留生育功能手術；年輕無生育要求的重症患者可行保留卵巢功能手術，並輔以藥物治療；症狀及病變均嚴重的無生育要求患者可行根治性手術。

　2、手術方式有開腹手術和經腹腔鏡手術

腹腔鏡手術是本病最佳處理方法。目前認為以腹腔鏡確診、手術+藥物為內異症治療的金標準。

有條件的醫院，腹腔鏡手術應為內異症的首選治療方法。但腹腔鏡手術的選擇及效果在很大程度取決於裝置、器械和手術者的經驗及技巧。開腹手術可用於腹腔鏡條件不具備或非常複雜的手術，如嚴重粘連和有多次手術史者。